最新版NAMD的编译安装

fhh2626

Amphibiouskii 发表于 2023-7-7 10:59
请问老师这一部分是需要自己先安装OpenMM的意思吗？如果我直接执行那个sh，会得到下面这样的输出：

之 ...

新版本colvars需要OpenMM里面自带的Lepton组件，无需安装OpenMM

下载OpenMM最新版的源代码后，解压，然后export OPENMM_SOURCE=xxxxxxxxx

接下来可以继续这个步骤进行编译

Amphibiouskii

fhh2626 发表于 2023-7-7 11:11
新版本colvars需要OpenMM里面自带的Lepton组件，无需安装OpenMM

下载OpenMM最新版的源代码后，解压， ...

那这个export OPENMM_SOURCE=后面就是跟上解压后得到的openmm文件目录的绝对路径还是说直接复制这行代码？
还有一个问题是下一步中需要解压的charm++包我在源码包中没有看到，尝试下载了Nightly version和最新的3.0b3都没有在解压后的根目录中看到，是需要自己下载然后移动到NAMD的目录里吗？

Amphibiouskii

想了一下还是贴一下图，解压后的NAMD目录里面只有一个Make.charm好像有点相关，难道是我的解压方式不对吗

fhh2626

Amphibiouskii 发表于 2023-7-7 15:09
那这个export OPENMM_SOURCE=后面就是跟上解压后得到的openmm文件目录的绝对路径还是说直接复制这行代码 ...

跟openmm目录

https://github.com/UIUC-PPL/charm/releases   下6.10.2

喵星大佬

Amphibiouskii 发表于 2023-7-7 15:57
想了一下还是贴一下图，解压后的NAMD目录里面只有一个Make.charm好像有点相关，难道是我的解压方式不对吗{: ...

去下一个，直接搜

Amphibiouskii

fhh2626 发表于 2023-7-8 16:18
跟openmm目录

https://github.com/UIUC-PPL/charm/releases   下6.10.2

好的，谢谢付老师！
还有一个问题是最后./config的时候显示如下警告：

1. CUDA detected: version 12.1
   
2. using Linux-x86_64.cuda11
   
3. Warning: CUDA build found is less than version 12.1

复制代码

似乎是我的cuda版本与cuda build不符，我进NAMD源文件目录下的arch文件夹看了一下，找不到Linux-x86_64.cuda12，只有Linux-x86_64.cuda11，进这个文件看了一下发现这个文件是写cuda gencode的，本想自己修改得到一个Linux-x86_64.cuda12，把文本里面的11都换成了12，还加入了新的Ada Lovelace架构的gencode（因为GPU是4080），自己编写的Linux-x86_64.cuda12内容如下：

1. # suppliment and override build definitions for CUDA 12
   
2.   
   
3. # set directory default for TCB file system, override by user config
   
4. CUDADIR=/usr/local/encap/cuda-12.1
   
5. 
   
6. # CUDA 12 has deprecated compute capability 3.x and 5.x
   
7. # limit CUDADLINKOPTS to architectures available in libcufft_static
   
8. 
   
9. CUDADLINKOPTS = \
   
10.   -gencode arch=compute_89,code=sm_89 \
    
11.   -gencode arch=compute_89,code=compute_89
    
12. 
    
13. CUDAGENCODE = \
    
14.   -gencode arch=compute_89,code=sm_89 \
    
15.   -gencode arch=compute_89,code=compute_89

复制代码

但make depends的时候还是出现了error：

1. checking dependencies for src/MigrationBondedCUDAKernel.cu
   
2. In file included from /usr/local/cuda/include/thrust/system/cuda/config.h:42,
   
3.                  from /usr/local/cuda/include/thrust/system/cuda/detail/execution_policy.h:35,
   
4.                  from /usr/local/cuda/include/thrust/iterator/detail/device_system_tag.h:23,
   
5.                  from /usr/local/cuda/include/thrust/iterator/detail/iterator_facade_category.h:22,
   
6.                  from /usr/local/cuda/include/thrust/iterator/iterator_facade.h:37,
   
7.                  from .rootdir/cub/namd_cub/device/../iterator/arg_index_input_iterator.cuh:48,
   
8.                  from .rootdir/cub/namd_cub/device/device_reduce.cuh:41,
   
9.                  from .rootdir/cub/namd_cub/cub.cuh:53,
   
10.                  from src/MigrationBondedCUDAKernel.cu:10:
    
11. /usr/local/cuda/include/cub/util_namespace.cuh:46:2: error: #error CUB requires a definition of CUB_NS_QUALIFIER when CUB_NS_PREFIX/POSTFIX are defined.
    
12. #error CUB requires a definition of CUB_NS_QUALIFIER when CUB_NS_PREFIX/POSTFIX are defined.
    
13. 
    
14. checking dependencies for src/MigrationCUDAKernel.cu
    
15. ......
    

复制代码

大概出现了13个这样的相似报错，报错信息完全一样，不同的是checking的项目不一样，但全是与cuda相关的（上面仅列出两个），这种情况是只能重装cuda吗？因为主要用gromacs，故安装了比较新的cuda12.1，没想到NAMD居然没有支持cuda12......
其实我用NAMD主要是想尝试一下BFEE2的蛋白-蛋白结合自由能计算，不知道能否直接使用binary版本？如果可以的话还是不编译安装了，重装cuda实在是太麻烦了
还有想请教一下付老师BFEE2计算糖蛋白（使用Charmm36m力场，CHARMM-GUI生成）的结合自由能效果如何？因为之前使用过gmx_MMPBSA感觉效果不是很好，所以想试试采样的方法看看会不会效果好一点

fhh2626

Amphibiouskii 发表于 2023-7-8 17:32
好的，谢谢付老师！
还有一个问题是最后./config的时候显示如下警告：

应该是可以直接使用最新的binary的

另外NAMD应该是可以用CUDA12.x编译的
./config Linux-x86_64-g++ --with-cuda --with-single-node-cuda --cuda-prefix /usr/local/cuda
用不到Linux-x86_64.cuda11这个文件

Amphibiouskii

fhh2626 发表于 2023-7-8 23:51
应该是可以直接使用最新的binary的

另外NAMD应该是可以用CUDA12.x编译的

非常感谢付老师的耐心回答！
但是如果我不自己在arch目录下创建一个Linux-x86_64.cuda12的话，在执行命令：

1. ./config Linux-x86_64-g++ --with-cuda --with-single-node-cuda --cuda-prefix /usr/local/cuda

复制代码

后在Terminal输出的信息中就会包含如下警告：

1. CUDA detected: version 12.1
   
2. using Linux-x86_64.cuda11
   
3. Warning: CUDA build found is less than version 12.1

复制代码

难道说是我找到的NAMD版本不对吗?
还有就是在我尝试删掉解压后的NAMD目录，重新解压走一遍流程的时候，在这一步：

1. sh ./colvars-master/update-colvars-code.sh ./NAMD_3.0b3_Source

复制代码

时，它会输出如下信息：

1. Detected NAMD source tree in ./NAMD_3.0b3_Source
   
2. Updating ....../colvars-master/update-colvars-code.sh: line 367: namd/Makefile.patch: No such file or directory
   
3. ...................................................................................... done.
   
4. 
   
5.   *************************************************
   
6.     Please run "make depends" in the NAMD tree.
   
7.   *************************************************
   

复制代码

然后我按照他的要求在文件夹NAMD_3.0b3_Source下运行了make denpends，返回报错：

1. Make.depends:9662: .rootdir/lepton/Make.depends: No such file or directory
   
2. make: *** No rule to make target '.rootdir/lepton/Make.depends'.  Stop.
   

复制代码

但我看了一下在NAMD_3.0b3_Source/lepton下是有Make.depends这个文件的，尝试Google和自己指定文件的绝对路径等各种方法后无效，暂时就卡在这里了。。。
不过既然老师说binary版本应该也能用，那我还是先使用binary版本试试吧。。。

shifan

请问 openmm如何安装

fhh2626

shifan 发表于 2024-2-21 12:50
请问 openmm如何安装

安装NAMD不需要安装OpenMM。如果你想用OpenMM软件的话，可以直接在conda里面安装

shifan

我在编译charm的时候出现以下报错
Charm++ NOT BUILT. Either cd into multicore-linux-x86_64-cuda/tmp and try
后来我尝试cuda那一项选择no，就可以正常编译，服务器中装的cuda版本是12，但是 NAMD的arc文件中最高支持的是11
但是由于磁盘空间不够了，无法再装低版本的cuda
请问这个怎么办？

fhh2626

shifan 发表于 2024-2-22 10:31
我在编译charm的时候出现以下报错
Charm++ NOT BUILT. Either cd into multicore-linux-x86_64-cuda/tmp a ...

编译charm++的时候不用链接CUDA，NAMD的话应该是可以在CUDA12的机器上编译的。

或者你可以直接下3.0b6的二进制文件来用，最近官网上二进制文件更新很频繁。一半是官网不怎么更新的时候再自己编译安装

simple123

老师您好，请问输入make -j16之后
显示：
make: *** [psfgen] Error 1
make: *** Waiting for unfinished jobs....
这样是指安装失败了吗，请问老师接下来该如何处理？
下载的软件有：NAMD_3.0b6_Source.tar.gz；openmm-8.1.1；colvars-master.tar.gz；NAMDlib.zip

fhh2626

simple123 发表于 2024-2-26 14:19
老师您好，请问输入make -j16之后
显示：
make: ***  Error 1

这个看不出来错误在哪。。你得找到由error开头的报错

1758924310

您好，我是Linux子系统Ubuntu安装NAMD，到了 make -j16这步之后显示

/usr/bin/ld: cannot find -ltcl8.6: No such file or directory
collect2: error: ld returned 1 exit status
make: *** [Makefile:552: psfgen] Error 1
make: *** Waiting for unfinished jobs....

请问这个问题怎么解决