[综合交流] 基于OpenBabel批量产生特定基团以任意方式接到苯上的结构的方法

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neocc

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发表于 Post on 2023-8-25 00:50:14 | 只看该作者 Only view this author

本帖最后由 neocc 于 2023-8-25 11:28 编辑

按照帖子的说明，将六行SMILES字符串复制保存到subben.smi文件
然后运行 obabel subben.smi -O out.pdb --gen3d -m
出现如下报错，请问应该如何解决呢？  （单独运行每一行smiles字符串都可以正常生成结构）

*** Open Babel Error  in OpenBabel::OBConversion::OpenAndSetFormat
  Cannot open subben.smi

后来在linux（Open Babel 3.0.0）可以运行，win版Open Babel 2.4.1就报错

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