关于scan的问题

lastzealot · 发表于 Post on 2015-5-13 13:57:17

在计算一个分子的稳定结构时，不知道其何时为最低点，何时为次稳态。
关键词里有一个scan，不知道是不是扫描全局稳定结构的。请问这个关键词怎么用？有啥用啊？对于找到最佳结构有啥帮助？
谢谢老师们。

lastzealot · 发表于 Post on 2015-5-13 22:11:10

呼唤sob老师！！！！！！！！

sobereva · 发表于 Post on 2015-5-13 22:32:27

多摆一些初始构型，优化得到不同极小点构型，能量最低的就是最稳态，能量更高的就是亚稳态。如果怕考虑不周全，可以用molclus/schrodinger/MOE/sybyl/hyperchem之类程序做构型/构象搜索。

scan是做势能面扫描用的。势能面扫描就是检验能量或其它性质性质随一个或多个几何结构的变化而发生的变化。要设定扫描哪些变量，扫描步长以及扫描的点数。但是除非极小的体系，用scan一般是没法确定最小/极小点结构的，因为要扫描的变量太多，根本算不动。

lastzealot · 发表于 Post on 2015-5-14 07:23:09

sobereva 发表于 2015-5-13 22:32
多摆一些初始构型，优化得到不同极小点构型，能量最低的就是最稳态，能量更高的就是亚稳态。如果怕考虑不周 ...

又学到了，谢谢sob老师细心回答

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