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[GROMACS] gmx clustsize分析结果中的尺寸分布怎么计算的

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发表于 2018-9-29 13:22:30 | 显示全部楼层 |阅读模式
如题,这个尺寸分布是怎么计算的,有没有公式可循?可否进行类似不同体系进行对比?

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发表于 2018-9-29 15:55:22 | 显示全部楼层
只要原子间距离小于3.5埃(数值可以用-cut设定),就被认为处于同一个簇中。
可以不同体系间对比
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 楼主| 发表于 2018-9-29 16:04:56 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2018-9-29 15:55
只要原子间距离小于3.5埃(数值可以用-cut设定),就被认为处于同一个簇中。
可以不同体系间对比

谢谢sob老师,可能我没说清楚,我指的是生成的文件中,histo-clust.xvg文件,里面的每个聚集体后面的数字是怎么算的?

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发表于 2018-9-29 21:43:53 | 显示全部楼层
苏玖染 发表于 2018-9-29 16:04
谢谢sob老师,可能我没说清楚,我指的是生成的文件中,histo-clust.xvg文件,里面的每个聚集体后面的数字 ...

诸如3后面的数字,就是指模拟过程中含有3个分子的簇的平均数目
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 楼主| 发表于 2018-9-30 09:23:30 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2018-9-29 21:43
诸如3后面的数字,就是指模拟过程中含有3个分子的簇的平均数目

好的,十分感谢sob老师

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 楼主| 发表于 2019-11-7 19:49:16 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2018-9-29 15:55
只要原子间距离小于3.5埃(数值可以用-cut设定),就被认为处于同一个簇中。
可以不同体系间对比

再请问下sob老师,这个cutoff选为3.5埃是怎么定的,或者说这个3.5埃是否是某个有特定物理意义的值。
我刚投了一篇文章,审稿人质疑这个cutoff。

我做的主要是有机小分子在水溶液中的团聚行为

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发表于 2019-11-11 11:15:06 | 显示全部楼层
苏玖染 发表于 2019-11-7 19:49
再请问下sob老师,这个cutoff选为3.5埃是怎么定的,或者说这个3.5埃是否是某个有特定物理意义的值。
我 ...

具体怎么来的开发者才知道
但从碳的Bondi范德华半径为1.7埃来看,这个3.5埃的标准差不多是倆碳的范德华半径和,因此有一定道理
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 楼主| 发表于 2019-11-11 11:50:31 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-11-11 11:15
具体怎么来的开发者才知道
但从碳的Bondi范德华半径为1.7埃来看,这个3.5埃的标准差不多是倆碳的范德华 ...

谢谢sob老师,我问了其它老师,他说,这个3.5A是SPC水之间rdf峰的距离,所以具体问题还是看实际情况选择cutoff值。我感觉我这里应该用3.4A好一些

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发表于 2019-11-11 12:07:08 | 显示全部楼层
苏玖染 发表于 2019-11-11 11:50
谢谢sob老师,我问了其它老师,他说,这个3.5A是SPC水之间rdf峰的距离,所以具体问题还是看实际情况选择c ...

这是我用SPC/E跑的,没看出有3.5埃
Clipboard01.png

如果是指O-O距离,拿这个当判据也意义不大,毕竟不同体系相互作用特征明显不同。


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 楼主| 发表于 2019-11-11 20:58:18 | 显示全部楼层
本帖最后由 苏玖染 于 2019-11-11 21:02 编辑
sobereva 发表于 2019-11-11 12:07
这是我用SPC/E跑的,没看出有3.5埃

嗯嗯,还是要考虑不同体系不一样吧,我猜测应该是对应于表面算rdf吧,就是在算rdf的时候加上-surf mol,因为毕竟single linkage判断方法是基于分子表面原子的

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发表于 2020-1-6 17:21:52 | 显示全部楼层
苏玖染 发表于 2019-11-11 20:58
嗯嗯,还是要考虑不同体系不一样吧,我猜测应该是对应于表面算rdf吧,就是在算rdf的时候加上-surf mol, ...

请问-cut的值不是径向分布函数的第一个极小值处x轴的坐标值吗?

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 楼主| 发表于 2020-1-7 09:20:10 | 显示全部楼层
LuckyLynn 发表于 2020-1-6 17:21
请问-cut的值不是径向分布函数的第一个极小值处x轴的坐标值吗?

上述只是我的猜测,好像没有定论

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发表于 2020-1-7 10:45:41 | 显示全部楼层
苏玖染 发表于 2020-1-7 09:20
上述只是我的猜测,好像没有定论

我还有问题想请教你,就是-cut的值你最终是怎么确定的?它的最大值是0.35吗?如果要调那个值的话只能往小调吗?

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 楼主| 发表于 2020-1-7 16:28:37 | 显示全部楼层
LuckyLynn 发表于 2020-1-7 10:45
我还有问题想请教你,就是-cut的值你最终是怎么确定的?它的最大值是0.35吗?如果要调那个值的话只能往小 ...

根据你的体系定,你可以用不同的cutoff值都算算看,然后看结果哪个更符合你的体系

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发表于 2020-1-7 17:05:48 | 显示全部楼层
苏玖染 发表于 2020-1-7 16:28
根据你的体系定,你可以用不同的cutoff值都算算看,然后看结果哪个更符合你的体系

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