请选择 进入手机版 | 继续访问电脑版

计算化学公社

 找回密码
 现在注册!
查看: 658|回复: 10

[GROMACS] gmx clustsize分析结果中的尺寸分布怎么计算的

[复制链接]

80

帖子

0

威望

1063

eV
积分
1143

Level 4 (黑子)

发表于 2018-9-29 13:22:30 | 显示全部楼层 |阅读模式
如题,这个尺寸分布是怎么计算的,有没有公式可循?可否进行类似不同体系进行对比?

2万

帖子

25

威望

2万

eV
积分
47759

管理员

公社社长

发表于 2018-9-29 15:55:22 | 显示全部楼层
只要原子间距离小于3.5埃(数值可以用-cut设定),就被认为处于同一个簇中。
可以不同体系间对比
北京科音自然科学研究中心:http://www.keinsci.com  致力于计算化学的发展和传播,不定期开办各层次量子化学、分子动力学、波函数分析与Multiwfn程序等主题的培训。欢迎加入“北京科音”微信公众号获取培训最新消息和计算化学资讯
思想家公社QQ群,1号:18616395,2号:466017436。约6000人,专门交流理论、计算化学。两个群讨论范畴相同,可加入任意其一但不可都加入,申请信息必须注明具体研究方向,否则一概不批。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(最流行的量子化学波函数分析程序)

此账号为诸Sobereva共用
Money and papers are rubbish, get a real life!

80

帖子

0

威望

1063

eV
积分
1143

Level 4 (黑子)

 楼主| 发表于 2018-9-29 16:04:56 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2018-9-29 15:55
只要原子间距离小于3.5埃(数值可以用-cut设定),就被认为处于同一个簇中。
可以不同体系间对比

谢谢sob老师,可能我没说清楚,我指的是生成的文件中,histo-clust.xvg文件,里面的每个聚集体后面的数字是怎么算的?

2万

帖子

25

威望

2万

eV
积分
47759

管理员

公社社长

发表于 2018-9-29 21:43:53 | 显示全部楼层
苏玖染 发表于 2018-9-29 16:04
谢谢sob老师,可能我没说清楚,我指的是生成的文件中,histo-clust.xvg文件,里面的每个聚集体后面的数字 ...

诸如3后面的数字,就是指模拟过程中含有3个分子的簇的平均数目
北京科音自然科学研究中心:http://www.keinsci.com  致力于计算化学的发展和传播,不定期开办各层次量子化学、分子动力学、波函数分析与Multiwfn程序等主题的培训。欢迎加入“北京科音”微信公众号获取培训最新消息和计算化学资讯
思想家公社QQ群,1号:18616395,2号:466017436。约6000人,专门交流理论、计算化学。两个群讨论范畴相同,可加入任意其一但不可都加入,申请信息必须注明具体研究方向,否则一概不批。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(最流行的量子化学波函数分析程序)

此账号为诸Sobereva共用
Money and papers are rubbish, get a real life!

80

帖子

0

威望

1063

eV
积分
1143

Level 4 (黑子)

 楼主| 发表于 2018-9-30 09:23:30 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2018-9-29 21:43
诸如3后面的数字,就是指模拟过程中含有3个分子的簇的平均数目

好的,十分感谢sob老师

80

帖子

0

威望

1063

eV
积分
1143

Level 4 (黑子)

 楼主| 发表于 6 天前 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2018-9-29 15:55
只要原子间距离小于3.5埃(数值可以用-cut设定),就被认为处于同一个簇中。
可以不同体系间对比

再请问下sob老师,这个cutoff选为3.5埃是怎么定的,或者说这个3.5埃是否是某个有特定物理意义的值。
我刚投了一篇文章,审稿人质疑这个cutoff。

我做的主要是有机小分子在水溶液中的团聚行为

2万

帖子

25

威望

2万

eV
积分
47759

管理员

公社社长

发表于 前天 11:15 | 显示全部楼层
苏玖染 发表于 2019-11-7 19:49
再请问下sob老师,这个cutoff选为3.5埃是怎么定的,或者说这个3.5埃是否是某个有特定物理意义的值。
我 ...

具体怎么来的开发者才知道
但从碳的Bondi范德华半径为1.7埃来看,这个3.5埃的标准差不多是倆碳的范德华半径和,因此有一定道理
北京科音自然科学研究中心:http://www.keinsci.com  致力于计算化学的发展和传播,不定期开办各层次量子化学、分子动力学、波函数分析与Multiwfn程序等主题的培训。欢迎加入“北京科音”微信公众号获取培训最新消息和计算化学资讯
思想家公社QQ群,1号:18616395,2号:466017436。约6000人,专门交流理论、计算化学。两个群讨论范畴相同,可加入任意其一但不可都加入,申请信息必须注明具体研究方向,否则一概不批。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(最流行的量子化学波函数分析程序)

此账号为诸Sobereva共用
Money and papers are rubbish, get a real life!

80

帖子

0

威望

1063

eV
积分
1143

Level 4 (黑子)

 楼主| 发表于 前天 11:50 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-11-11 11:15
具体怎么来的开发者才知道
但从碳的Bondi范德华半径为1.7埃来看,这个3.5埃的标准差不多是倆碳的范德华 ...

谢谢sob老师,我问了其它老师,他说,这个3.5A是SPC水之间rdf峰的距离,所以具体问题还是看实际情况选择cutoff值。我感觉我这里应该用3.4A好一些

2万

帖子

25

威望

2万

eV
积分
47759

管理员

公社社长

发表于 前天 12:07 | 显示全部楼层
苏玖染 发表于 2019-11-11 11:50
谢谢sob老师,我问了其它老师,他说,这个3.5A是SPC水之间rdf峰的距离,所以具体问题还是看实际情况选择c ...

这是我用SPC/E跑的,没看出有3.5埃
Clipboard01.png

如果是指O-O距离,拿这个当判据也意义不大,毕竟不同体系相互作用特征明显不同。


北京科音自然科学研究中心:http://www.keinsci.com  致力于计算化学的发展和传播,不定期开办各层次量子化学、分子动力学、波函数分析与Multiwfn程序等主题的培训。欢迎加入“北京科音”微信公众号获取培训最新消息和计算化学资讯
思想家公社QQ群,1号:18616395,2号:466017436。约6000人,专门交流理论、计算化学。两个群讨论范畴相同,可加入任意其一但不可都加入,申请信息必须注明具体研究方向,否则一概不批。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(最流行的量子化学波函数分析程序)

此账号为诸Sobereva共用
Money and papers are rubbish, get a real life!

80

帖子

0

威望

1063

eV
积分
1143

Level 4 (黑子)

 楼主| 发表于 前天 20:58 | 显示全部楼层
本帖最后由 苏玖染 于 2019-11-11 21:02 编辑
sobereva 发表于 2019-11-11 12:07
这是我用SPC/E跑的,没看出有3.5埃

嗯嗯,还是要考虑不同体系不一样吧,我猜测应该是对应于表面算rdf吧,就是在算rdf的时候加上-surf mol,因为毕竟single linkage判断方法是基于分子表面原子的

12

帖子

0

威望

51

eV
积分
63

Level 2 能力者

发表于 昨天 18:50 | 显示全部楼层
老师,请问g(r)的计算与模拟时间相关吗?是计算的最后稳定状态的情况吗?横坐标的距离最远是那个位置呢?
您需要登录后才可以回帖 登录 | 现在注册!

本版积分规则

手机版|北京科音自然科学研究中心|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949-1号 )

GMT+8, 2019-11-13 03:46 , Processed in 0.159661 second(s), 26 queries .

快速回复 返回顶部 返回列表