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楼主 Author: 渠梦楠
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[NAMD] 分子模拟时时间步长的选择问题

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发表于 Post on 2020-9-23 12:57:38 | 只看该作者 Only view this author
li447fan 发表于 2020-8-7 18:14
doi.org/10.1021/ct300491d  这篇文献说步长会对反应有较大影响额,步长真的不会对反应机理有很大影响吗 ...

只是原则上模拟足够长(实际不可能达到)时间没有影响,上面写了:过小的步长容易陷入能量局部最小(难以爬出势井),这是数值模拟缺陷造成的,实际研究中不能把“步长”看做一个影响因素

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发表于 Post on 2022-8-10 20:22:56 | 只看该作者 Only view this author
lgk890124 发表于 2018-11-5 14:06
首先说一下你的体系问题,真空跑平衡?为什么这么做?实际的实验也是真空?或者说是气态?如果说实验上是在 ...

您好,可以分享下《分子模拟的理论与实践》吗,我搜了好久没找到,zlibrary都没有

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发表于 Post on 2022-8-11 07:07:20 | 只看该作者 Only view this author
bxc 发表于 2022-8-10 20:22
您好,可以分享下《分子模拟的理论与实践》吗,我搜了好久没找到,zlibrary都没有

看Molecular modelling Principles and applications(Leach A.R.,2ed,2001)
那本书很多都是从这本上直接抄过去的
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