VMD-save coordinates 求解

鱼叉君 · 发表于 Post on 2018-11-13 14:50:13

大家好，我在VMD导入MD生成的.gro和.xtc文件，想考察某个分子以及周围的团簇，于是就用save coordinates ，选择原子为 “same residue as { type O1 and within 6 of resname CU} or resname CU”，也就是Cu和含有距离Cu6埃范围内的氧原子的分子，保存pdb文件，从1到最后3000帧，但是打开之后发现周围分子的序号从第一帧到最后一帧都是一样的那几个分子，就说明这个功能是制定了某一帧情况下距离铜6埃以内的分子，然后就是这些特定序号的分子在1到3000帧的坐标？那如果我想知道1-3000帧，每一帧距离铜6埃以内的分子的坐标，（这些分子肯定是动态变化），有什么好方法可以得到吗？谢谢大家！

sobereva · 发表于 Post on 2018-11-13 15:39:15

你得自己写tcl脚本来导出
直接用VMD的导出新文件的功能，肯定是每一帧的原子数都是相同的

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[VMD] VMD-save coordinates 求解

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