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[Gaussian/gview] 荧光激发计算第四步最后两行的坐标?

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楼主
用gaussian计算分子的发射荧光光谱,但第4步,最后两行是平面分子改动二面角后的坐标,这里有两个问题?
1)是第二步优化之后的分子,然后手动改变任意二面角之后,坐标拷贝到第4步gjf的后面吗?
2) 第4步最下面2行,分子坐标好像不是笛卡尔坐标?那用Gview生成什么坐标拷贝上去?谢谢!

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发表于 Post on 2015-5-19 19:17:16 | 只看该作者 Only view this author
没必要效仿手册。那个目仅仅是为了破坏结构的对称性,免得继续优化后维持原先的对称性而达不到实际极小点。
你只需要把上一步的结构随便扭转个二面角破坏平面对称即可。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-5-19 19:34:42 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lao7 于 2015-5-19 19:38 编辑
sobereva 发表于 2015-5-19 19:17
没必要效仿手册。那个目仅仅是为了破坏结构的对称性,免得继续优化后维持原先的对称性而达不到实际极小点。 ...

真及时,谢谢回复,我没有完全明白你的意思。
我所知道的是,把第2步优化好的文件,稍微扭动一下任意四个相邻原子的二面角,但是接下来的问题是:应该是把扭曲二面角分子的笛卡尔坐标文件替换到第4步的最后两行吗?
ps:请帮助删除其他几个重复发送,网络卡机了,重复点提交出现此类问题。

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发表于 Post on 2015-5-19 20:34:08 | 只看该作者 Only view this author
扭动一下二面角,保存成一个新的输入文件,然后把里面的坐标替换到所谓的第4步

PS:第几步什么的...很多人都这么说,感觉高斯手册的例子也真是害人不浅,看来必须写个帖子把这个问题彻底从头到尾明确一下了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-5-19 20:45:25 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lao7 于 2015-5-20 09:10 编辑
sobereva 发表于 2015-5-19 20:34
扭动一下二面角,保存成一个新的输入文件,然后把里面的坐标替换到所谓的第4步

PS:第几步什么的...很多 ...

谢谢!我把第二步搞优化后的分子,改变任意相邻四个原子的二面角,拷贝笛卡尔坐标的新坐标文件,替换第四步的最后两行,报错。    PS. 如果分子没有对称性,后面的两行坐标文件能否省略?



    请你写个帖子吧,高斯的说明书,太难搞了。我把gjf文件发给你,看看你逐步完成,给大家做个案例吧!
          还有,你的书尽快写,写好之后,如果适合,我给学生上课做教材用。这个研究手段需要向下普及一下,把量化和其他学科很好地结合一下。
你的工作做的很出色,比绝大多数教授都强!认真最好自己的事情就好了。其他不要有任何精神负担!

NF1.gjf

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发表于 Post on 2015-5-19 22:38:25 | 只看该作者 Only view this author
手册里scrf那个第四步是要算激发态,但你的这个文件只是算基态。

先别管手册第几步第几步,就先确定当前要算什么。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-5-20 09:10:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-5-19 22:38
手册里scrf那个第四步是要算激发态,但你的这个文件只是算基态。

先别管手册第几步第几步,就先确定当前 ...

这是感觉高斯手册做到的第四步。请查看!谢谢

NF4.gjf

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第四步

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发表于 Post on 2015-5-20 17:21:07 | 只看该作者 Only view this author
那么多关键词都是多余的而且有害无益,只需要写B3LYP/6-31+G(d,p) TD scrf opt足矣,这就是水溶剂下对激发态优化。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-5-22 15:58:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-5-20 17:21
那么多关键词都是多余的而且有害无益,只需要写B3LYP/6-31+G(d,p) TD scrf opt足矣,这就是水溶剂下对激发 ...

谢谢!在你的帮助下,我已经解决了这个问题。
ps:所谓的高斯荧光计算第四步,改变分子结构的二面角?是任意改变任何一个二面角吗?改变程度有无要求?例如原本180度的二面角改变成130度。
谢谢!

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发表于 Post on 2015-5-22 18:27:52 | 只看该作者 Only view this author
lao7 发表于 2015-5-22 15:58
谢谢!在你的帮助下,我已经解决了这个问题。
ps:所谓的高斯荧光计算第四步,改变分子结构的二面角?是 ...

随便改变一个二面角就行了。原先的体系是Cs对称的,但是激发态的对称性不是Cs,所以如果你不人为扰动一下结构破坏Cs对称性的话对称性会一直在激发态优化过程中维持,导致找不到实际的激发态极小点结构。
怎么扰动是很随意的。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-5-24 09:56:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-5-22 18:27
随便改变一个二面角就行了。原先的体系是Cs对称的,但是激发态的对称性不是Cs,所以如果你不人为扰动一下 ...

谢谢回复!我发觉改变二面角之后,计算所耗费的时间很长,一个30多个原子的小有机分子,普通优化频率计算一天完成,但进行发射光谱计算,第四步改变二面角计算时,三天还在仍旧计算,不知是否正常?人为改变二面角,还能达到优化能量的最低值吗?

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发表于 Post on 2015-5-24 10:27:25 | 只看该作者 Only view this author
lao7 发表于 2015-5-24 09:56
谢谢回复!我发觉改变二面角之后,计算所耗费的时间很长,一个30多个原子的小有机分子,普通优化频率计算 ...

你看看优化了多少步了。
激发态优化耗时远远高于基态优化。
你调整二面角只是设个没有对称性的初猜,优化完了该是什么样就是什么样。
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