计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 14469|回复 Reply: 9

[VASP] 单机安装vasp5.4.4,系统SUSE 12 SP3,编译器Intel_Parallel_Studio_XE_2019_Linux

[复制链接 Copy URL]

88

帖子

1

威望

1935

eV
积分
2043

Level 5 (御坂)

发表于 Post on 2018-11-29 18:01:40 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
本帖最后由 lindlar 于 2022-6-15 10:35 编辑

成功编译vasp5.4.4,不是一件容易事,网上很多都需要安装openmpi、fftw等,其实直接采用intel 编译器、intel mpi和mkl等,可以简化不少步骤,而且效率更高。本人系统SUSE 12 SP3,安装Intel_Parallel_Studio_XE_2019_Linux,已经成功编译了vasp5.4.4,步骤如下:

1、intel编译器、intel mpi和intel mkl数据库配置如下:
     #intel
     source /opt/intel/compilers_and_libraries_2019.0.117/linux/bin/compilervars.sh intel64
     source /opt/intel/compilers_and_libraries_2019.0.117/linux/mkl/bin/mklvars.sh intel64
     export MKL_HOME=/opt/intel/compilers_and_libraries_2019.0.117/linux/mkl
     export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/opt/intel/compilers_and_libraries_2019.0.117/linux/mkl/lib/intel64
     source /opt/intel/impi/2019.0.117/intel64/bin/mpivars.sh

2、编译Intel fftw3xf,使目录下含有 $(MKLROOT)/interfaces/fftw3xf/libfftw3xf_intel.a
      cd ~/.../interfaces/fftw3xf      

      make libintel64 compiler=intel64
3、打补丁patch.5.4.4.16052018.gz
     gunzip patch.5.4.4.16052018.gz
     cd vasp.5.4.4
     patch -p0 < ../patch.5.4.4.16052018

4、arch/makefile.include.linux_intel做为模板,修改makefile.include仅添加MKLROOT位置即可
      OFLAG      = -O2 -xhost (参考版主的意见)
      MKLROOT    =/opt/intel/compilers_and_libraries_2019.0.117/linux/mkl

5、执行编译
     make all
     编译完成后将在build目录下生成对应的版本的可执行程序:vasp_gamvasp_nclvasp_std

6、直接将vasp_std拷入/bin下,或者在~/.bashrc下添加路径即可计算

注意:
1、安装intel 2019,再安装openmpi-1.6.5/2.02/3.13/4.0.0,再编译vasp都会出错,都是BLACS      = -lmkl_blacs_openmpi_lp64的问题
2、安装intel 2015,再安装openmpi-1.6.5/2.02/3.13/4.0.0,再编译vasp也会出错,也是上面的问题

















评分 Rate

参与人数
Participants 2
威望 +1 eV +5 收起 理由
Reason
chrinide + 5 我很赞同
sobereva + 1

查看全部评分 View all ratings

4万

帖子

99

威望

4万

eV
积分
89888

管理员

公社社长+计算化学玩家

发表于 Post on 2018-11-29 18:21:14 | 显示全部楼层 Show all
如果编译出的程序只在本机运行,可以在OFLAG里用-xhost,这样就会用本机CPU目前能支持的最高档次的SIMD指令集,省得手动指定指令集了(考虑到有些人可能不知道当前机子的CPU最多支持到什么)
若用-ax,ifort会考虑到对非Intel CPU的兼容性,在编译出的程序里增加兼容其它CPU的执行路径,会导致文件体积增大。Intel的CPU如果直接明确指定指令集建议用-x
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班基础(中级)量子化学培训班分子动力学与GROMACS培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的最佳途径。培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取培训最新消息、避免错过网上最有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气最高、水准最高的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人,讨论范畴相同
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(最强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

88

帖子

1

威望

1935

eV
积分
2043

Level 5 (御坂)

 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-11-29 22:13:48 | 显示全部楼层 Show all
谢谢版主指导,哪几个参数是参考别人的

1

帖子

0

威望

7

eV
积分
8

Level 1 能力者

发表于 Post on 2019-11-1 21:15:59 | 显示全部楼层 Show all
您好,按照您的方法,编译出了如下错误
warning: libfabric.so.1, needed by /opt/intel/compilers_and_libraries_2019.0.117/linux/mpi/intel64/lib/release/libmpi.so, not found (try using -rpath or -rpath-link)
/opt/intel/compilers_and_libraries_2019.0.117/linux/mpi/intel64/lib/release/libmpi.so: undefined reference to `fi_tostr@FABRIC_1.0'
/opt/intel/compilers_and_libraries_2019.0.117/linux/mpi/intel64/lib/release/libmpi.so: undefined reference to `fi_dupinfo@FABRIC_1.1'
/opt/intel/compilers_and_libraries_2019.0.117/linux/mpi/intel64/lib/release/libmpi.so: undefined reference to `fi_strerror@FABRIC_1.0'
/opt/intel/compilers_and_libraries_2019.0.117/linux/mpi/intel64/lib/release/libmpi.so: undefined reference to `fi_getinfo@FABRIC_1.1'
/opt/intel/compilers_and_libraries_2019.0.117/linux/mpi/intel64/lib/release/libmpi.so: undefined reference to `fi_freeinfo@FABRIC_1.1'
/opt/intel/compilers_and_libraries_2019.0.117/linux/mpi/intel64/lib/release/libmpi.so: undefined reference to `fi_fabric@FABRIC_1.1'
makefile:145: recipe for target 'vasp' failed
make[2]: *** [vasp] Error 1
make[2]: Leaving directory '/home/simu/Documents/vasp.5.4.4/build/std'
cp: cannot stat 'vasp': No such file or directory
makefile:142: recipe for target 'all' failed
make[1]: *** [all] Error 1
make[1]: Leaving directory '/home/simu/Documents/vasp.5.4.4/build/std'
makefile:10: recipe for target 'std' failed
make: *** [std] Error 2
求指导,谢谢

4万

帖子

99

威望

4万

eV
积分
89888

管理员

公社社长+计算化学玩家

发表于 Post on 2019-11-2 08:49:33 | 显示全部楼层 Show all
wgwdhychg 发表于 2019-11-1 21:15
您好,按照您的方法,编译出了如下错误
warning: libfabric.so.1, needed by /opt/intel/compilers_and_l ...

严格照着这个视频操作
VASP的最简单的安装方法(含视频演示)
http://sobereva.com/455http://bbs.keinsci.com/thread-11812-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班基础(中级)量子化学培训班分子动力学与GROMACS培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的最佳途径。培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取培训最新消息、避免错过网上最有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气最高、水准最高的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人,讨论范畴相同
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(最强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

347

帖子

4

威望

2583

eV
积分
3010

Level 5 (御坂)

发表于 Post on 2019-11-2 10:58:53 | 显示全部楼层 Show all
难得见到一个用suse系统的。以前见到的都是centos/debian/ubuntu。

88

帖子

1

威望

1935

eV
积分
2043

Level 5 (御坂)

 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-7 21:14:18 | 显示全部楼层 Show all
wgwdhychg 发表于 2019-11-1 21:15
您好,按照您的方法,编译出了如下错误
warning: libfabric.so.1, needed by /opt/intel/compilers_and_l ...

你的系统是什么?把编译文件发过来看看

88

帖子

1

威望

1935

eV
积分
2043

Level 5 (御坂)

 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-7 21:17:56 | 显示全部楼层 Show all
万里云 发表于 2019-11-2 10:58
难得见到一个用suse系统的。以前见到的都是centos/debian/ubuntu。

之前一直用的是SUSE,后来觉得习惯了,就没有换系统

1852

帖子

1

威望

4098

eV
积分
5970

Level 6 (一方通行)

发表于 Post on 2019-11-8 12:38:31 | 显示全部楼层 Show all
也可以看看这个。
https://www.bilibili.com/video/a ... 4439882086510308069

全套视频,编译vasp 544
High-Performance Computing for You
为您专属定制的高性能计算解决方案

更多讯息,请访问:
App,  https://gitee.com/hpc4you/linux
hpc4you toolkit,  https://gitee.com/hpc4you/hpc
电邮hpc4you@163.com VX: hpc4you

247

帖子

0

威望

1217

eV
积分
1464

Level 4 (黑子)

发表于 Post on 2020-12-11 17:03:21 | 显示全部楼层 Show all
万里云 发表于 2019-11-2 10:58
难得见到一个用suse系统的。以前见到的都是centos/debian/ubuntu。

换用redhat ,目前版本7.9

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2023-2-2 23:19 , Processed in 0.214501 second(s), 28 queries .

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list