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[VASP] 单机安装vasp5.4.4,系统SUSE 12 SP3,编译器Intel_Parallel_Studio_XE_2019_Linux

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发表于 2018-11-29 18:01:40 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 lindlar 于 2019-3-29 11:35 编辑

成功编译vasp5.4.4,不是一件容易事,网上很多都需要安装openmpi、fftw等,其实直接采用intel 编译器、intel mpi和mkl等,可以简化不少步骤,而且效率更高。本人系统SUSE 12 SP3,安装Intel_Parallel_Studio_XE_2019_Linux,已经成功编译了vasp5.4.4,步骤如下:

1、intel编译器、intel mpi和intel mkl数据库配置如下:
     #intel
     source /opt/intel/compilers_and_libraries_2019.0.117/linux/bin/compilervars.sh intel64
     source /opt/intel/compilers_and_libraries_2019.0.117/linux/mkl/bin/mklvars.sh intel64
     export MKL_HOME=/opt/intel/compilers_and_libraries_2019.0.117/linux/mkl
     export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/opt/intel/compilers_and_libraries_2019.0.117/linux/mkl/lib/intel64
     source /opt/intel/impi/2019.0.117/intel64/bin/mpivars.sh

2、编译Intel fftw3xf,使目录下含有 $(MKLROOT)/interfaces/fftw3xf/libfftw3xf_intel.a
      cd ~/.../interfaces/fftw3xf      

      make libintel64=intel64
3、打补丁patch.5.4.4.16052018.gz
     gunzip patch.5.4.4.16052018.gz
     cd vasp.5.4.4
     patch -p0 < ../patch.5.4.4.16052018

4、arch/makefile.include.linux_intel做为模板,修改makefile.include仅添加MKLROOT位置即可
      OFLAG      = -O2 -xhost (参考版主的意见)
      MKLROOT    =/opt/intel/compilers_and_libraries_2019.0.117/linux/mkl

5、执行编译
     make all
     编译完成后将在build目录下生成对应的版本的可执行程序:vasp_gamvasp_nclvasp_std

6、直接将vasp_std拷入/bin下,或者在~/.bashrc下添加路径即可计算

注意:
1、安装intel 2019,再安装openmpi-1.6.5/2.02/3.13/4.0.0,再编译vasp都会出错,都是BLACS      = -lmkl_blacs_openmpi_lp64的问题
2、安装intel 2015,再安装openmpi-1.6.5/2.02/3.13/4.0.0,再编译vasp也会出错,也是上面的问题

















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发表于 2018-11-29 18:21:14 | 显示全部楼层
如果编译出的程序只在本机运行,可以在OFLAG里用-xhost,这样就会用本机CPU目前能支持的最高档次的SIMD指令集,省得手动指定指令集了(考虑到有些人可能不知道当前机子的CPU最多支持到什么)
若用-ax,ifort会考虑到对非Intel CPU的兼容性,在编译出的程序里增加兼容其它CPU的执行路径,会导致文件体积增大。Intel的CPU如果直接明确指定指令集建议用-x
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 楼主| 发表于 2018-11-29 22:13:48 | 显示全部楼层
谢谢版主指导,哪几个参数是参考别人的

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发表于 2019-11-1 21:15:59 | 显示全部楼层
您好,按照您的方法,编译出了如下错误
warning: libfabric.so.1, needed by /opt/intel/compilers_and_libraries_2019.0.117/linux/mpi/intel64/lib/release/libmpi.so, not found (try using -rpath or -rpath-link)
/opt/intel/compilers_and_libraries_2019.0.117/linux/mpi/intel64/lib/release/libmpi.so: undefined reference to `fi_tostr@FABRIC_1.0'
/opt/intel/compilers_and_libraries_2019.0.117/linux/mpi/intel64/lib/release/libmpi.so: undefined reference to `fi_dupinfo@FABRIC_1.1'
/opt/intel/compilers_and_libraries_2019.0.117/linux/mpi/intel64/lib/release/libmpi.so: undefined reference to `fi_strerror@FABRIC_1.0'
/opt/intel/compilers_and_libraries_2019.0.117/linux/mpi/intel64/lib/release/libmpi.so: undefined reference to `fi_getinfo@FABRIC_1.1'
/opt/intel/compilers_and_libraries_2019.0.117/linux/mpi/intel64/lib/release/libmpi.so: undefined reference to `fi_freeinfo@FABRIC_1.1'
/opt/intel/compilers_and_libraries_2019.0.117/linux/mpi/intel64/lib/release/libmpi.so: undefined reference to `fi_fabric@FABRIC_1.1'
makefile:145: recipe for target 'vasp' failed
make[2]: *** [vasp] Error 1
make[2]: Leaving directory '/home/simu/Documents/vasp.5.4.4/build/std'
cp: cannot stat 'vasp': No such file or directory
makefile:142: recipe for target 'all' failed
make[1]: *** [all] Error 1
make[1]: Leaving directory '/home/simu/Documents/vasp.5.4.4/build/std'
makefile:10: recipe for target 'std' failed
make: *** [std] Error 2
求指导,谢谢

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发表于 2019-11-2 08:49:33 | 显示全部楼层
wgwdhychg 发表于 2019-11-1 21:15
您好,按照您的方法,编译出了如下错误
warning: libfabric.so.1, needed by /opt/intel/compilers_and_l ...

严格照着这个视频操作
VASP的最简单的安装方法(含视频演示)
http://sobereva.com/455http://bbs.keinsci.com/thread-11812-1-1.html
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发表于 2019-11-2 10:58:53 | 显示全部楼层
难得见到一个用suse系统的。以前见到的都是centos/debian/ubuntu。

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 楼主| 发表于 2019-11-7 21:14:18 | 显示全部楼层
wgwdhychg 发表于 2019-11-1 21:15
您好,按照您的方法,编译出了如下错误
warning: libfabric.so.1, needed by /opt/intel/compilers_and_l ...

你的系统是什么?把编译文件发过来看看

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 楼主| 发表于 2019-11-7 21:17:56 | 显示全部楼层
万里云 发表于 2019-11-2 10:58
难得见到一个用suse系统的。以前见到的都是centos/debian/ubuntu。

之前一直用的是SUSE,后来觉得习惯了,就没有换系统

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发表于 7 天前 | 显示全部楼层
也可以看看这个。
https://www.bilibili.com/video/a ... 4439882086510308069

全套视频,编译vasp 544
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