求助，用packmol仿真CO2分子和O2分子的混合，为什么输出结果中CO2上自动带了个H原子

长颈鹿先森

我刚装上packmol，先用简单的模型跑一遍程序，所以我先用packmol建了个简单模型，900个CO2和100个O2，放到40*40*40的盒子里，但是packmol仿真完之后，用gview打开结果一看，CO2分子上添加了H原子，这是怎么回事呢？

wbn

用text editor 直接打开文件看又没有H原子。话说packmol现在还能仿真？越做越高级了啊

长颈鹿先森

wbn 发表于 2018-12-5 10:16
用text editor 直接打开文件看又没有H原子。话说packmol现在还能仿真？越做越高级了啊

谢谢您，我看了输出文件，并没有H原子。但是gview打开的输出结果中自动添加了H原子，是不是只看输出文件中的元素就行，不明白gview为啥会这样。另外，应该不能称为仿真，我第一次使用packmol,之前没做过，说的可能不对。

liyuanhe211

如上。
另外 Packmol 那顶多叫建模，不宜叫仿真

长颈鹿先森

liyuanhe211 发表于 2018-12-5 13:39
如上。
另外 Packmol 那顶多叫建模，不宜叫仿真

谢谢老师，我知道怎么设置了，但是我用的是gview5.0.9，只有三个选项，就只能选择no了。另外还有个问题，文件中没有发现H原子，gview自动给加H原子话，如果我不去option里修改，默认加H原子，那么用lammps模拟时，会有H原子吗？什么时候会选择加H原子呢？

wbn

长颈鹿先森 发表于 2018-12-5 15:40
谢谢老师，我知道怎么设置了，但是我用的是gview5.0.9，只有三个选项，就只能选择no了。另外还有个问题， ...

因为packmol的输出一般为pdb文件，这也是X射线衍射晶体解析常用的输出结构。X射线衍射无法确认H原子的位置，所以在有些pdb文件中，H原子是缺失的。因此GaussView有这个选项自动补全H原子。如果你激活了这个选项，读取了pdb文件再重新保存的话，H原子就会在里面了。如果用其他程序直接读取原来的pdb文件，就不会有这个问题。