vasp的MD后轨迹分析，键角和键长分布如何统计，N元环的占比

yeahhanpei · 发表于 Post on 2018-12-13 09:01:21

各位老师好，最近看到一篇文献中关于vasp的MD轨迹分析，因为是对平衡轨迹（6000帧）的统计分析，不可能手动来统计1.我想了解下如何才能够得到类似图1中键角分布的相关数据，即以某种元素（图中分别为Sb和Te）为键角中心的键角分布函数（BDF）? 有无相关的脚本或是程序？我所了解的是MS软件中有键角分布这一分析，不知道转换为MS可识别的轨迹文件进行分析，是否可行，恳请指正。

2. 关于N元环的统计（类似于图2，横坐标代表几圆环），文章中提到了一个软件RINGS code来进行分析，我想知道还有没有其他的软件或是方法可以得到这种结果？

谢谢老师

sobereva · 发表于 Post on 2018-12-13 19:16:22

M$里的那些分析跟VMD比都是小儿科
自己写个脚本，转化成最简单的xyz轨迹格式，就能弄到VMD里做各种轨迹分析，VMD的tcl分析脚本写起来极其容易

yeahhanpei · 发表于 Post on 2018-12-14 09:31:49

sobereva 发表于 2018-12-13 19:16
M$里的那些分析跟VMD比都是小儿科
自己写个脚本，转化成最简单的xyz轨迹格式，就能弄到VMD里做各种轨迹分 ...

谢谢老师，我已经转化成了xyz格式的。您能否推荐下学习写tcl脚本做类似轨迹分析的脚本例子，谢谢您

sobereva · 发表于 Post on 2018-12-14 19:05:32

yeahhanpei 发表于 2018-12-14 09:31
谢谢老师，我已经转化成了xyz格式的。您能否推荐下学习写tcl脚本做类似轨迹分析的脚本例子，谢谢您

VMD手册里给了编写脚本的例子，官网上也有很多别人的tcl脚本可以参考

archer · 发表于 Post on 2018-12-15 20:34:55

可以直接用fortran读取XDATCAR，计算需要的键长和键角即可

raolixiang · 发表于 Post on 2020-7-24 21:47:31

求方法

活性炭 · 发表于 Post on 2020-9-13 17:26:18

请问VASP跑完MD之后从哪个文件中分析轨迹呢？

麦克列 · 发表于 Post on 2020-11-30 10:22:06

请问楼主这个问题解决了吗？

hxd_yi · 发表于 Post on 2020-11-30 11:08:49

MS里也支持perl脚本，你可以自己写。不过可以先去MS的论坛找找有没有现成的脚本可以完成。
角度统计算法上还比较简单，环的统计算法感觉就没那么好实现了。

yeahhanpei · 发表于 Post on 2020-11-30 13:53:11

活性炭发表于 2020-9-13 17:26
请问VASP跑完MD之后从哪个文件中分析轨迹呢？

XDTCAR 用脚本转为xyz文件

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[VASP] vasp的MD后轨迹分析，键角和键长分布如何统计，N元环的占比