请选择 进入手机版 | 继续访问电脑版

计算化学公社

 找回密码
 现在注册!
查看: 233|回复: 3

[综合交流] 如何用PMF和BAR计算自由能?

[复制链接]

12

帖子

0

威望

263

eV
积分
275

Level 3 能力者

发表于 2018-12-18 23:47:49 | 显示全部楼层 |阅读模式
老师好,我最近在研究用PMF计算气相反应自由能和用BAR计算汽化自由能,请问能提供一些指导吗?

411

帖子

4

威望

2527

eV
积分
3018

Level 5 (御坂)

发表于 2018-12-19 00:19:10 | 显示全部楼层
这完全是不相干的两个东西
PMF是自由能沿反应坐标变化的曲线,计算PMF需要用重要性采样算法,比如伞状采样或者ABF,我有一个帖子介绍了在NAMD中使用ABF计算PMF的方法
BAR是对FEP结果进行后处理的方法,FEP是计算两个状态自由能差的算法,用FEP算气化自由能(溶解自由能?)需要构建热力学循环,NAMD的官方教程中有一个类似的例子

评分

参与人数 1eV +2 收起 理由
sobereva + 2

查看全部评分

12

帖子

0

威望

263

eV
积分
275

Level 3 能力者

 楼主| 发表于 2018-12-19 19:53:18 | 显示全部楼层
谢谢老师指导,我搜了您说的用FEP算汽化自由能的例子没有搜到,老师能帮忙发个链接吗?

98

帖子

0

威望

785

eV
积分
883

Level 4 (黑子)

发表于 2019-2-8 18:19:51 | 显示全部楼层
这是Gromacs中计算free energy的教程,一起学习一下。http://www.mdtutorials.com/gmx/free_energy/index.html
您需要登录后才可以回帖 登录 | 现在注册!

本版积分规则

手机版|北京科音自然科学研究中心|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949-1号 )

GMT+8, 2019-2-19 03:41 , Processed in 0.150115 second(s), 25 queries .

快速回复 返回顶部 返回列表