请选择 进入手机版 | 继续访问电脑版

计算化学公社

 找回密码
 现在注册!
查看: 1208|回复: 18

[VASP] VASP的最简单的安装方法(含全程视频演示)

[复制链接]

1万

帖子

25

威望

2万

eV
积分
37489

管理员

公社社长

发表于 2019-1-1 13:40:27 | 显示全部楼层 |阅读模式
VASP的最简单的安装方法

文/Sobereva   2019-Jan-1


目前计算化学公社论坛(http://bbs.keinsci.com)上的第一性原理板块里已经有多篇写得很好的关于VASP的编译方法的帖子了。笔者这里写一个初学者最易于理解的版本,不仅所需要的操作步骤是最少的,而且编译出来的VASP运行效率几乎是最高的。考虑到少数读者可能存在阅读理解能力障碍、极其不情愿看文字,本文的安装过程笔者录了完整的演示视频,见https://www.bilibili.com/video/av39616222/。我相信,哪怕是对Linux、VASP、编程零基础的读者,只要严格模仿演示视频,也一定可以非常顺利地安装。也希望这些零基础VASP用户看了此视频后不会再去花钱找人装VASP或者花钱买网上乱七八糟的VASP安装视频。

本文用的软件版本和系统都是撰文时的最新版。编译的是VASP 5.4.4,操作系统是CentOS 7.6,编译器和MPI/MKL库是Intel Parallel Studio XE 2019 Update 1,其中的ifort编译器就是19.0.1版。Intel编译器目前不是免费的,但可以获取试用版。CentOS是在笔者来看最适合计算化学研究者使用的Linux操作系统,免费、稳定、设计合理、用户规模庞大、兼容性好、安装各种计算化学程序省心,不仅是最流行的计算服务器用的操作系统,初学者使用起来也没任何压力。本文安装过程用的账户是root账户,如果你用的是普通用户,本文中的安装路径需要做相应的调整。如果读者用的系统、程序、编译器版本和此文的不同,也有极大可能无法按照此文的方法安装,请随机应变。另外,使用较新系统、程序版本的读者,不要再去参考网上众多年代较早的编译VASP的文章,要么编译过程繁琐,要么根本不适合当前情况。

如果读者不会装CentOS系统,或者之前装过但是是瞎装的,强烈建议严格效仿此视频里的方式安装:《在VMware 15中安装CentOS 7.6的完整过程视频演示》(http://sobereva.com/454),可以很容易地装好系统,而且之后编译安装各种计算化学程序也都会比较顺利。


1 安装Intel编译器和相关的库

将parallel_studio_xe_2019_update1_cluster_edition.tgz包拷贝到Linux里面,通过tar -xzf [文件名]将之解压。如果当前处于图形环境,就进入此目录,在命令行下运行./install_GUI.sh启动Intel Parallel Studio XE的图形界面的安装程序。如果你是在纯文本环境下,就运行./install.sh启动文本界面的安装程序,但是在自定义组件的时候操作比较繁琐。

对于root用户,默认的安装路径是/opt/intel,这里就用默认路径。如果你想省硬盘,安装过程中可以选择自定义,对于编译计算化学程序完全用不着的组件都可以不去装。其中IA32版的组件都不装,因为我们编译程序都是编译64bit版本。要装的组件里只有以下这些是必须的
·Intel Fortran Compiler
·Intel C++ Compiler
·Intel Math Kernel Library 2019 Update 1 for Fortran里的Intel MKL core libraries for Fortran、Fortran 95 interfaces for BLAS and LAPACK、Cluster support for Fortran
·Intel Math Kernel Library 2019 Update 1 for C/C++里的Intel MKL core libraries for C/C++、Cluster support for C/C++
·Intel MPI Library 2019 Update 1里的Intel MPI Library for applications...
·Intel Threading Building Blocks 2019(这是Intel C++ Compiler必须依赖的)
安装时可能会显示缺少32bit库之类,不用管,继续装即可。

装好后,使用比如gedit ~/.bashrc命令编辑当前用户目录下的.bashrc文件,这里面的内容是每次进入bash终端时自动运行的。把下面这行加入其中末尾,用来自动配置Intel Parallel Studio XE的运行环境
source /opt/intel/parallel_studio_xe_2019/psxevars.sh
(如果你之前装了其它MPI库,应当把.bashrc里相应配置在开头加上#注释掉,免得造成冲突)
然后重新进入终端,运行ifort -V,如果显示出了编译器的版本,说明编译器已经可以正常使用了。

然后进入/opt/intel/compilers_and_libraries_2019.1.144/linux/mkl/interfaces/fftw3xf,运行make libintel64命令,过一会儿当前目录下会产生libfftw3xf_intel.a库文件。


2 编译VASP

解压VASP包,得到vasp.5.4.4目录。进入此目录,把arch/makefile.include.linux_intel拷到上一级目录下改名为makefile.include,里面的配置专门适合Intel编译器。打开此文件,把其中的OFLAG参数里加入-xhost,这样编译器会使得编译出的程序能够利用当前机子CPU能支持的最高档次的指令集以加速计算,也因此就没必要手动添加其它一些VASP编译教程里诸如-xAVX、-mSSE4.2之类的选项了。

之后运行make all命令开始编译。一般半个小时到一个小时可以编译完毕。

编译完成后,在vasp.5.4.4/bin目录下出现了vasp_gam、vasp_ncl、vasp_std三个可执行文件,分别是Gamma only版,非共线版和标准版。为了使用方便,可以把最常用的vasp_std改名为vasp。然后在~/.bashrc末尾加入以下这行,使得此目录加入到操作系统寻找可执行文件的路径中:
export PATH=$PATH:/sob/vasp.5.4.4/bin
之后重新进入终端,VASP就可以用了。


3 测试VASP

下载测试任务包http://sobereva.com/attach/455/benchmark.Hg.tar.gz,这是个含50个Hg原子的标准测试任务。将之解压,会看到IN-short和IN-long,分别是一个耗时较短和一个耗时较长任务的INCAR文件。这里将IN-short改名为INCAR,进入此目录,输入mpirun -np 4 vasp测试调用四个核心执行此任务,然后检查得到的OUTCAR看是否内容正常,没异常的话就说明完全装好了!

评分

参与人数 11eV +51 收起 理由
Adair + 5 谢谢分享
alios + 3 赞!
chempeng + 5 谢谢
DJY + 3 好物!
啦啦黑还黑 + 5 赞!
yeahhanpei + 5 好物!
airyang + 5 为了小白sob老师操碎了心
obaica + 5
alonewolfyang + 5 好物!
lsing + 5 赞!
yygong + 5 赞!

查看全部评分

北京科音自然科学研究中心:http://www.keinsci.com  致力于计算化学的发展和传播,不定期开办各层次量子化学、分子动力学、波函数分析与Multiwfn程序等主题的培训。欢迎加入“北京科音”微信公众号获取培训最新消息和计算化学资讯
思想家公社QQ群1号:18616395,2号:466017436。超过4000人,用于交流理论、计算化学。两个群讨论范畴相同,可加入任意其一但不可都加入,申请信息必须注明具体研究方向,否则一概不批。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(最流行的量子化学波函数分析程序)

此账号为诸Sobereva共用
Money and papers are rubbish, get a real life!

35

帖子

0

威望

97

eV
积分
132

Level 2 能力者

发表于 2019-1-1 14:53:02 | 显示全部楼层
太给力了,全是针对我这种零基础的人的,谢谢社长!

25

帖子

0

威望

278

eV
积分
303

Level 3 能力者

发表于 2019-1-1 15:21:18 | 显示全部楼层
sob老师,intel2019的 parallel_studio_x.lic 文件怎么才能得到呀,多谢老师

16

帖子

0

威望

1023

eV
积分
1039

Level 4 (黑子)

发表于 2019-1-1 16:01:49 | 显示全部楼层
啦啦黑还黑 发表于 2019-1-1 15:21
sob老师,intel2019的 parallel_studio_x.lic 文件怎么才能得到呀,多谢老师

154

帖子

0

威望

2266

eV
积分
2420

Level 5 (御坂)

发表于 2019-1-1 23:44:06 | 显示全部楼层
啦啦黑还黑 发表于 2019-1-1 15:21
sob老师,intel2019的 parallel_studio_x.lic 文件怎么才能得到呀,多谢老师

Intel_Parallel_Studio_XE_2019_Update1_Linux版:http://bbs.keinsci.com/thread-11614-1-1.html

43

帖子

1

威望

717

eV
积分
780

Level 4 (黑子)

发表于 2019-1-2 09:40:28 | 显示全部楼层
Sob君,我要给你点赞啊

21

帖子

0

威望

201

eV
积分
222

Level 3 能力者

发表于 2019-1-2 21:46:45 | 显示全部楼层
啦啦黑还黑 发表于 2019-1-1 15:21
sob老师,intel2019的 parallel_studio_x.lic 文件怎么才能得到呀,多谢老师

用高校邮箱可以免费申请,还有其他的免费申请,比如开源项目

7

帖子

0

威望

763

eV
积分
770

Level 4 (黑子)

发表于 2019-1-4 17:00:18 | 显示全部楼层
”然后进入/opt/intel/compilers_and_libraries_2019.1.144/linux/mkl/interfaces/fftw3xf,运行make libintel64命令,过一会儿当前目录下会产生libfftw3xf_intel.a库文件。“
老师 请问做这一步是为什么,后面需要用到吗?

59

帖子

0

威望

207

eV
积分
266

Level 3 能力者

发表于 2019-1-4 17:36:07 | 显示全部楼层
老师,您能分享一下VASP5.4.4.4的文件夹吗?感谢!

1万

帖子

25

威望

2万

eV
积分
37489

管理员

公社社长

 楼主| 发表于 2019-1-5 09:20:41 | 显示全部楼层
胡说 发表于 2019-1-4 17:00
”然后进入/opt/intel/compilers_and_libraries_2019.1.144/linux/mkl/interfaces/fftw3xf,运行make libin ...

因为VASP需要用FFT库
北京科音自然科学研究中心:http://www.keinsci.com  致力于计算化学的发展和传播,不定期开办各层次量子化学、分子动力学、波函数分析与Multiwfn程序等主题的培训。欢迎加入“北京科音”微信公众号获取培训最新消息和计算化学资讯
思想家公社QQ群1号:18616395,2号:466017436。超过4000人,用于交流理论、计算化学。两个群讨论范畴相同,可加入任意其一但不可都加入,申请信息必须注明具体研究方向,否则一概不批。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(最流行的量子化学波函数分析程序)

此账号为诸Sobereva共用
Money and papers are rubbish, get a real life!

7

帖子

0

威望

763

eV
积分
770

Level 4 (黑子)

发表于 2019-1-5 10:03:37 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-1-5 09:20
因为VASP需要用FFT库

明白了 多谢老师

113

帖子

0

威望

296

eV
积分
409

Level 3 能力者

发表于 2019-1-8 11:43:35 | 显示全部楼层
请教一下老师,附带的vasp.5.lib.tar.gz和 potpaw_PBE.54.tar.gz,这2个包有什么作用,如何进行安装呢?谢谢

1万

帖子

25

威望

2万

eV
积分
37489

管理员

公社社长

 楼主| 发表于 2019-1-9 00:00:25 | 显示全部楼层
xaomidaxue 发表于 2019-1-8 11:43
请教一下老师,附带的vasp.5.lib.tar.gz和 potpaw_PBE.54.tar.gz,这2个包有什么作用,如何进行安装呢?谢 ...

前者用不着。后者是PAW势库,自行构建输入文件时候用,看一眼手册第二章就明白了
北京科音自然科学研究中心:http://www.keinsci.com  致力于计算化学的发展和传播,不定期开办各层次量子化学、分子动力学、波函数分析与Multiwfn程序等主题的培训。欢迎加入“北京科音”微信公众号获取培训最新消息和计算化学资讯
思想家公社QQ群1号:18616395,2号:466017436。超过4000人,用于交流理论、计算化学。两个群讨论范畴相同,可加入任意其一但不可都加入,申请信息必须注明具体研究方向,否则一概不批。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(最流行的量子化学波函数分析程序)

此账号为诸Sobereva共用
Money and papers are rubbish, get a real life!

113

帖子

0

威望

296

eV
积分
409

Level 3 能力者

发表于 2019-1-9 14:21:44 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-1-9 00:00
前者用不着。后者是PAW势库,自行构建输入文件时候用,看一眼手册第二章就明白了

非常感谢老师,谢谢,测试已经ok,基本上用虚拟机搞定了大部分量化软件的安装,torque安装也成功了,接下去就是进行集群组建工作了。

1

帖子

0

威望

11

eV
积分
12

Level 1 能力者

发表于 2019-1-10 10:51:45 | 显示全部楼层
老师你好,我按照你的方法编译完成后,运行时出现/opt/intel/compilers_and_libraries_2019.1.144/linux/mpi/intel64/bin/mpirun: line 103: 16799 Segmentation fault      (core dumped) mpiexec.hydra "$@" 0<&0
请问一下,如何解决,谢谢老师
您需要登录后才可以回帖 登录 | 现在注册!

本版积分规则

手机版|北京科音自然科学研究中心|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949-1号 )

GMT+8, 2019-1-20 18:03 , Processed in 0.238316 second(s), 25 queries .

快速回复 返回顶部 返回列表