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[VASP] VASP的最简单的安装方法(含全程视频演示)

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发表于 Post on 2020-6-20 11:27:18 | 只看该作者 Only view this author
dt97511 发表于 2019-4-14 17:42
终于抽空把系统由换回了centos7.6试了一下,但去掉-xhost,-O2改成O1,O0都不行,执行命令ulimit -s unlim ...

遇到了同样的问题, 提示是g++和gcc未安装,root用户下分别输入yum install gcc    yum install gcc-c++安装之,然后删除vasp文件夹build里面的文件再来一次make all即可继续编译

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发表于 Post on 2020-6-29 10:39:08 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 风飞 于 2020-6-29 11:24 编辑

老师,您好,根据您的帖子在编译VASP过程中出现如下错误,请问该怎样处理呢?系统是Centos 7.8   VASP的版本是6.1   使用的编译器是inter

1.JPG (219.4 KB, 下载次数 Times of downloads: 88)

1.JPG

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发表于 Post on 2020-7-27 14:20:17 | 只看该作者 Only view this author
卢老师,Intel编译器已正常安装,编译VASP运行make all命令后,遇到了如下的错误提示。请问该如何解决?
mkdir build/std ; \
cp src/makefile src/.objects makefile.include build/std ; \
make -C build/std VERSION=std all
mkdir: cannot create directory ‘build/std’: File exists
make[1]: Entering directory `/opt/vasp.5.4.4/build/std'
rsync -ru ../../src/lib .
cp makefile.include lib
make -C lib -j1
make[2]: Entering directory `/opt/vasp.5.4.4/build/std/lib'
make libdmy.a
make[3]: Entering directory `/opt/vasp.5.4.4/build/std/lib'
make[3]: `libdmy.a' is up to date.
make[3]: Leaving directory `/opt/vasp.5.4.4/build/std/lib'
make[2]: Leaving directory `/opt/vasp.5.4.4/build/std/lib'
rsync -ru ../../src/parser .
cp makefile.include parser
make -C parser -j1
make[2]: Entering directory `/opt/vasp.5.4.4/build/std/parser'
make libparser.a
make[3]: Entering directory `/opt/vasp.5.4.4/build/std/parser'
make[3]: `libparser.a' is up to date.
make[3]: Leaving directory `/opt/vasp.5.4.4/build/std/parser'
make[2]: Leaving directory `/opt/vasp.5.4.4/build/std/parser'
rsync -u ../../src/*.F ../../src/*.inc .
rm -f vasp ; make vasp ; cp vasp ../../bin/vasp_std
make[2]: Entering directory `/opt/vasp.5.4.4/build/std'
mpiifort -free -names lowercase -assume byterecl -w -O2 -xhost -I/opt/intel/compilers_and_libraries_2019.1.144/linux/mkl/include/fftw -c mpi.f90
mpi.F(95): error #5102: Cannot open include file 'mpif.h'
      INCLUDE "mpif.h"
--------------^
mpi.F(120): error #6404: This name does not have a type, and must have an explicit type.   [MPI_SUCCESS]
      IF ( ierror /= MPI_success ) THEN
---------------------^
mpi.F(129): error #6404: This name does not have a type, and must have an explicit type.   [MPI_COMM_WORLD]
      COMM%MPI_COMM= MPI_comm_world
---------------------^
mpi.F(237): error #6404: This name does not have a type, and must have an explicit type.   [MPI_UNDEFINED]
      color=MPI_UNDEFINED
------------^
mpi.F(247): error #6404: This name does not have a type, and must have an explicit type.   [MPI_COMM_NULL]
      IF (COMM_INTER%MPI_COMM /= MPI_COMM_NULL) THEN
---------------------------------^
mpi.F(312): error #6404: This name does not have a type, and must have an explicit type.   [MPI_CHARACTER]
            CALL MPI_bcast(pname,MPI_MAX_PROCESSOR_NAME,MPI_CHARACTER,I-1,COMM%MPI_COMM,ierror)
--------------------------------------------------------^
mpi.F(277): error #7915: A specification expression object must be a dummy argument, a COMMON block object, or an object accessible through host or use association - may be used in multiple contained procedures.   [MPI_MAX_PROCESSOR_NAME]
      CHARACTER*(MPI_MAX_PROCESSOR_NAME) myname,pname
-----------------^
mpi.F(277): error #6404: This name does not have a type, and must have an explicit type.   [MPI_MAX_PROCESSOR_NAME]
      CHARACTER*(MPI_MAX_PROCESSOR_NAME) myname,pname
-----------------^
mpi.F(429): error #6404: This name does not have a type, and must have an explicit type.   [MPI_COMM_TYPE_SHARED]
      CALL MPI_Comm_split_type(COMM%MPI_COMM,MPI_COMM_TYPE_SHARED,0,MPI_INFO_NULL,COMM_intra%MPI_COMM,ierror)
---------------------------------------------^
mpi.F(429): error #6404: This name does not have a type, and must have an explicit type.   [MPI_INFO_NULL]
      CALL MPI_Comm_split_type(COMM%MPI_COMM,MPI_COMM_TYPE_SHARED,0,MPI_INFO_NULL,COMM_intra%MPI_COMM,ierror)
--------------------------------------------------------------------^
mpi.F(463): error #6404: This name does not have a type, and must have an explicit type.   [MPI_INTEGER]
         CALL MPI_bcast(ID,1,MPI_INTEGER,I-1,COMM%MPI_COMM,ierror)
-----------------------------^
mpi.F(570): error #7002: Error in opening the compiled module file.  Check INCLUDE paths.   [MPIMY]
      USE mpimy
----------^
mpi.F(526): error #6457: This derived type name has not been declared.   [COMMUNIC]
      TYPE(communic) COMM
-----------^
mpi.F(534): error #6404: This name does not have a type, and must have an explicit type.   [MPI_SUCCESS]
      IF ( ierror /= MPI_success ) &
---------------------^
mpi.F(550): error #7002: Error in opening the compiled module file.  Check INCLUDE paths.   [MPIMY]
      USE mpimy
----------^
mpi.F(559): error #6404: This name does not have a type, and must have an explicit type.   [MPI_COMM_WORLD]
      call MPI_abort(MPI_comm_world , 1, ierror )
---------------------^
mpi.F(568): error #7002: Error in opening the compiled module file.  Check INCLUDE paths.   [MPIMY]
      USE mpimy
----------^
mpi.F(577): error #6404: This name does not have a type, and must have an explicit type.   [MPI_COMM_WORLD]
      call MPI_abort(MPI_comm_world , 1, ierror )
---------------------^
mpi.F(596): error #7002: Error in opening the compiled module file.  Check INCLUDE paths.   [MPIMY]
      USE mpimy
----------^
mpi.F(600): error #6457: This derived type name has not been declared.   [COMMUNIC]
      TYPE(communic) COMM
-----------^
mpi.F(606): error #6404: This name does not have a type, and must have an explicit type.   [MPI_INTEGER]
      call MPI_send( ivec(1), n, MPI_integer, node-1, 200, &
---------------------------------^
mpi.F(607): error #6404: This name does not have a type, and must have an explicit type.   [COMM]
     &               COMM%MPI_COMM, ierror )
---------------------^
mpi.F(607): error #6460: This is not a field name that is defined in the encompassing structure.   [MPI_COMM]
     &               COMM%MPI_COMM, ierror )
--------------------------^
mpi.F(608): error #6404: This name does not have a type, and must have an explicit type.   [MPI_SUCCESS]
      IF ( ierror /= MPI_success ) &
---------------------^
mpi.F(604): error #6279: A specification expression object must be a dummy argument, a COMMON block object, or an object accessible through host or use association.   [MPI_STATUS_SIZE]
      INTEGER status(MPI_status_size), ierror
---------------------^
mpi.F(604): error #6404: This name does not have a type, and must have an explicit type.   [MPI_STATUS_SIZE]
      INTEGER status(MPI_status_size), ierror
---------------------^
mpi.F(622): error #7002: Error in opening the compiled module file.  Check INCLUDE paths.   [MPIMY]
      USE mpimy
----------^
mpi.F(626): error #6457: This derived type name has not been declared.   [COMMUNIC]
      TYPE(communic) COMM
-----------^
mpi.F(631): error #6404: This name does not have a type, and must have an explicit type.   [MPI_INTEGER]
      call MPI_recv( ivec(1), n, MPI_integer , node-1, 200, &
---------------------------------^
mpi.f90(1212): catastrophic error: Too many errors, exiting
compilation aborted for mpi.f90 (code 1)
make[2]: *** [mpi.o] Error 1
make[2]: Leaving directory `/opt/vasp.5.4.4/build/std'
cp: cannot stat ‘vasp’: No such file or directory
make[1]: *** [all] Error 1
make[1]: Leaving directory `/opt/vasp.5.4.4/build/std'
make: *** [std] Error 2

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-28 05:47:40 | 只看该作者 Only view this author
冷零 发表于 2020-7-27 14:20
卢老师,Intel编译器已正常安装,编译VASP运行make all命令后,遇到了如下的错误提示。请问该如何解决?
m ...

提示很明了mpi.F(95): error #5102: Cannot open include file 'mpif.h'
MPI库的问题
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发表于 Post on 2020-7-28 13:19:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-7-28 05:47
提示很明了mpi.F(95): error #5102: Cannot open include file 'mpif.h'
MPI库的问题

谢谢您,我重装MPI库试试。

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发表于 Post on 2020-8-12 12:12:32 | 只看该作者 Only view this author
零基础的小白,非常受用,成功一部分了。

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发表于 Post on 2020-9-22 19:56:19 | 只看该作者 Only view this author
亲测有用,感谢分享

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发表于 Post on 2021-3-12 09:51:40 | 只看该作者 Only view this author
使用centos7编译intel编译器2020的时候,没法联网认证软件。有没有这样问题的同学

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发表于 Post on 2021-3-18 13:03:22 | 只看该作者 Only view this author
yeahhanpei 发表于 2020-3-24 10:10
请问您的问题解决了吗?我是在服务器安装的,单核计算没问题。但是多核的时候就会出现和与您一样的错误提 ...

您好请问您当时那个编译vasp后,单核可以正常运行,多核就mpi报错的问题是怎么解决的呀?
打扰啦

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发表于 Post on 2021-3-21 12:00:19 | 只看该作者 Only view this author
老师请问为什么使用命令mpirun -np 6 vasp就错误,mpirun -np 4 vasp就可以正常输出。 9600kf cpu

[root@localhost ghl]# tar -xzf benchmark.Hg.tar.gz
[root@localhost ghl]# cd vasp.Hg/
[root@localhost vasp.Hg]# mpirun -np 6 vasp
running on    6 total cores
distrk:  each k-point on    6 cores,    1 groups
M_divide: can not subdivide            6 nodes by           4
M_divide: can not subdivide            6 nodes by           4
M_divide: can not subdivide            6 nodes by           4
M_divide: can not subdivide            6 nodes by           4
M_divide: can not subdivide            6 nodes by           4
M_divide: can not subdivide            6 nodes by           4
Abort(671748869) on node 5 (rank 5 in comm 0): Fatal error in PMPI_Topo_test: Invalid communicator, error stack:
PMPI_Topo_test(120): MPI_Topo_test(MPI_COMM_NULL, topo_type=0x7fffd01bba84) failed
PMPI_Topo_test(73).: Null communicator
forrtl: error (78): process killed (SIGTERM)
Image              PC                Routine            Line        Source            
vasp               00000000016562D4  Unknown               Unknown  Unknown
libpthread-2.17.s  00007FECA34845D0  Unknown               Unknown  Unknown
libmpi.so.12.0.0   00007FECA3D1AF18  Unknown               Unknown  Unknown
libmpi.so.12.0.0   00007FECA3E71AB9  Unknown               Unknown  Unknown
libmpi.so.12.0.0   00007FECA4479CEC  Unknown               Unknown  Unknown
libmpi.so.12.0.0   00007FECA446E59A  Unknown               Unknown  Unknown
libmpi.so.12.0.0   00007FECA43E034F  MPI_Cart_create       Unknown  Unknown
libmpifort.so.12.  00007FECA6E125EC  MPI_CART_CREATE       Unknown  Unknown
vasp               0000000000414941  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               000000000043D304  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               0000000001475369  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               000000000040E2E2  Unknown               Unknown  Unknown
libc-2.17.so       00007FECA2DC83D5  __libc_start_main     Unknown  Unknown
vasp               000000000040E1E9  Unknown               Unknown  Unknown
forrtl: error (78): process killed (SIGTERM)
Image              PC                Routine            Line        Source            
vasp               00000000016562D4  Unknown               Unknown  Unknown
libpthread-2.17.s  00007F59AEC6D5D0  Unknown               Unknown  Unknown
libmpi.so.12.0.0   00007F59AFC58A5E  Unknown               Unknown  Unknown
libmpi.so.12.0.0   00007F59AFBC934F  MPI_Cart_create       Unknown  Unknown
libmpifort.so.12.  00007F59B25FB5EC  MPI_CART_CREATE       Unknown  Unknown
vasp               0000000000414941  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               000000000043D304  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               0000000001475369  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               000000000040E2E2  Unknown               Unknown  Unknown
libc-2.17.so       00007F59AE5B13D5  __libc_start_main     Unknown  Unknown
vasp               000000000040E1E9  Unknown               Unknown  Unknown
forrtl: error (78): process killed (SIGTERM)
Image              PC                Routine            Line        Source            
vasp               00000000016562D4  Unknown               Unknown  Unknown
libpthread-2.17.s  00007F9EA3E375D0  Unknown               Unknown  Unknown
libmpi.so.12.0.0   00007F9EA46CD80D  Unknown               Unknown  Unknown
libmpi.so.12.0.0   00007F9EA4824AB9  Unknown               Unknown  Unknown
libmpi.so.12.0.0   00007F9EA4E2CCEC  Unknown               Unknown  Unknown
libmpi.so.12.0.0   00007F9EA4E2159A  Unknown               Unknown  Unknown
libmpi.so.12.0.0   00007F9EA4D9334F  MPI_Cart_create       Unknown  Unknown
libmpifort.so.12.  00007F9EA77C55EC  MPI_CART_CREATE       Unknown  Unknown
vasp               0000000000414941  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               000000000043D304  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               0000000001475369  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               000000000040E2E2  Unknown               Unknown  Unknown
libc-2.17.so       00007F9EA377B3D5  __libc_start_main     Unknown  Unknown
vasp               000000000040E1E9  Unknown               Unknown  Unknown
[root@localhost vasp.Hg]# mpirun -np 4 vasp
running on    4 total cores
distrk:  each k-point on    4 cores,    1 groups
distr:  one band on    1 cores,    4 groups
using from now: INCAR     
vasp.5.4.4.18Apr17-6-g9f103f2a35 (build Mar 21 2021 19:07:18) complex         
  
POSCAR found :  1 types and      50 ions
scaLAPACK will be used

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发表于 Post on 2021-4-16 02:01:48 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 zzuljy 于 2021-4-16 02:12 编辑

老师您好,编辑后出现以下状况,请问是什么原因。root@localhost sob]# tar -xzf parallel_studio_xe_2019_update1_cluster_edition.tgz
gzip: stdin: unexpected end of file
tar: Unexpected EOF in archive
tar: Unexpected EOF in archive
tar: Error is not recoverable: exiting now
[root@localhost sob]#

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-4-16 09:15:29 | 只看该作者 Only view this author
zzuljy 发表于 2021-4-16 02:01
老师您好,编辑后出现以下状况,请问是什么原因。root@localhost sob]# tar -xzf parallel_studio_xe_2019_ ...

压缩包没拷完整
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发表于 Post on 2021-4-21 16:18:40 | 只看该作者 Only view this author

谢谢sob老师,CentOS7.9不能复制文件问题,通过重装CentOS7.6解决,vasp5.4.4测试成功,老师的方法对于小白的我实在是太友好了。

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发表于 Post on 2021-5-4 17:08:57 | 只看该作者 Only view this author
请问AMD(7 4000)用这种方法也可以成功编译吗,谢谢

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发表于 Post on 2021-5-8 21:27:38 | 只看该作者 Only view this author
[proxy:0:0@localhost.localdomain] HYD_spawn (../../../../../src/pm/i_hydra/libhydra/spawn/hydra_spawn.c:113): execvp error on file vasp (No such file or directory)
[proxy:0:0@localhost.localdomain] HYD_spawn (../../../../../src/pm/i_hydra/libhydra/spawn/hydra_spawn.c:113): execvp error on file vasp (No such file or directory)
[proxy:0:0@localhost.localdomain] HYD_spawn (../../../../../src/pm/i_hydra/libhydra/spawn/hydra_spawn.c:113): execvp error on file vasp (No such file or directory)
[proxy:0:0@localhost.localdomain] HYD_spawn (../../../../../src/pm/i_hydra/libhydra/spawn/hydra_spawn.c:113): execvp error on file vasp (No such file or directory)

老师你好 ,我在测试的时候弹出这些是为什么?需要怎么修改呢?谢谢老师

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