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[GROMACS] GROMACS 2019已发布

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发表于 2019-1-2 06:35:11 | 显示全部楼层 |阅读模式
2019版正式版已经发布,并没啥新功能,主要还是进一步改进GPU加速代码,并且在细枝末节上缝缝补补。release note见http://manual.gromacs.org/2019/release-notes/index.html
程序可以在此下载:ftp://ftp.gromacs.org/pub/gromacs/gromacs-2019.tar.gz
手册在此下载:ftp://ftp.gromacs.org/manual/manual-2019.pdf

2019版的手册倒是焕然一新,从2018.4的270页增加到614页,膨胀这么多主要是把之前版本手册里被砍掉而弄到网站上的mdp参数介绍、子程序的用法介绍都恢复了。这样好,之前砍掉这些重要内容纯粹给用户添麻烦,用户还得去官网看,没网的时候就麻烦了。而且手册里添加了对开发者的信息,还把之前网站上七零八碎的技巧、术语说明、FAQ之类的信息都整合到了手册里。

新版本把隐式溶剂模型的功能给砍了(理由是Since nobody wants to fix it, the feature has been removed),这简直是倒退,N年来gmx一直在新功能上没啥作为,QMMM接口一直不给整好了,还把之前残缺不全的接口给砍了。

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欢迎加入人气最高、水准最高的综合性理论与计算化学交流QQ群:思想家公社QQ群1号:18616395,2号:466017436。合计6000人。两个群讨论范畴相同,可加入任意其一但不可都加入,申请信息必须注明具体研究方向,否则一定会被拒绝加入。
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发表于 2019-1-2 09:31:12 | 显示全部楼层
谢谢老师!
上海交通大学计算化学与分子生物信息实验室
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发表于 2019-1-2 11:28:19 | 显示全部楼层
国内下载老是不会动,无奈只有挂上梯子f墙了,不知道是不是只有我的网络是这种情况?

另外,为了方便墙内和我一样被困扰的人,传个到网盘吧,需要的自取。

链接:https://pan.baidu.com/s/1lm4F10GcyNGLoqJy6j0wTQ 密码:ct3u

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发表于 2019-1-2 11:30:55 | 显示全部楼层
gsbear 发表于 2019-1-2 11:28
国内下载老是不会动,无奈只有挂上梯子翻墙了,不知道是不是只有我的网络是这种情况?

另外,为了方便墙 ...

注:墙外无法访问网盘共享,刚才挂着梯子忘记关,说是测试一下链接,结果就......404了

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发表于 2019-3-28 09:06:11 | 显示全部楼层
我下载了GROMACS 2019这个文件夹,但是并没有找到应用程序,求问应用程序长什么样子啊

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 楼主| 发表于 2019-3-28 23:13:53 | 显示全部楼层
hyj 发表于 2019-3-28 09:06
我下载了GROMACS 2019这个文件夹,但是并没有找到应用程序,求问应用程序长什么样子啊

看不懂你的问题
怎么安装看
GROMACS的原生Windows版的编译和安装方法
http://sobereva.com/458http://bbs.keinsci.com/thread-11848-1-1.html
GROMACS的安装方法(含全程视频演示)
http://sobereva.com/457http://bbs.keinsci.com/thread-11821-1-1.html
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发表于 2019-3-29 21:49:47 | 显示全部楼层
谢谢社长,我去看看

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Nerv

发表于 2019-3-30 10:01:40 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-3-28 23:13
看不懂你的问题
怎么安装看
GROMACS的原生Windows版的编译和安装方法

Sob老师,想请教您一下,现在使用2018.6版本有必要升级到2019吗,谢谢~
No problem is insoluble in all conceivable circumstances.

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 楼主| 发表于 2019-3-30 11:43:40 | 显示全部楼层
naoki 发表于 2019-3-30 10:01
Sob老师,想请教您一下,现在使用2018.6版本有必要升级到2019吗,谢谢~

没必要
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