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楼主 Author: sobereva
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[GROMACS] GROMACS的原生Windows版的编译和安装方法(支持GPU加速)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-9 03:03:57 | 只看该作者 Only view this author
@Bruce 发表于 2019-7-8 19:30
老师好,请问为什么我用VS2019编译的fftw-3.3.8和gromacs-2019.3都没有bin文件夹?是过程出问题了吗?

不清楚
反正用VS2017,严格按文中的做法编译,肯定有bin目录
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发表于 Post on 2019-7-9 08:16:35 | 只看该作者 Only view this author
好的,我用VS2017试试,谢谢老师

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发表于 Post on 2019-7-9 17:04:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-7-6 17:09
本贴里编译好的gromacs 2019.1版下载链接已更新为了gromacs 2019.3版

恳请社长测试下windows版gpu加速的gromacs与Linux下gpu加速的区别,因为到目前也不确定在windows下跑支持cuda的gromacs速度衰减是不是很显著,谢谢谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-10 08:38:32 | 只看该作者 Only view this author
308866814 发表于 2019-7-9 17:04
恳请社长测试下windows版gpu加速的gromacs与Linux下gpu加速的区别,因为到目前也不确定在windows下跑支持 ...

我目前手头没条件测试

gmx 2019里已经把几乎所有耗时的部分全都挪到GPU了,而windows和linux下GPU代码部分都是用的相同的nvidia的编译器,原理上不会有多少速度差异
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发表于 Post on 2019-8-19 15:03:59 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 tjuptz 于 2019-12-23 14:03 编辑

之前的错误认识,已删除

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发表于 Post on 2019-8-19 17:23:40 | 只看该作者 Only view this author
tjuptz 发表于 2019-8-19 15:03
第5节环境变量设置win10下为;C:\gmx2018.4\bin\,少了最后的\就没法识别

不存在这个问题。

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发表于 Post on 2019-8-19 17:36:05 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 tjuptz 于 2019-8-19 19:14 编辑
liuyuje714 发表于 2019-8-19 17:23
不存在这个问题。

经核验确实是。

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发表于 Post on 2019-10-13 16:42:12 | 只看该作者 Only view this author
谢谢老师分享,下载了试试去

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发表于 Post on 2019-12-23 12:12:51 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lao7 于 2019-12-23 13:19 编辑
tjuptz 发表于 2019-8-19 17:36
经核验确实是。

我加了之后仍旧提示错误:提示为:gmx不是内部或者外部命令,也不是可运行的程序或批处理文件。
安装的是win 10下的CPU版本。

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发表于 Post on 2019-12-23 13:17:21 | 只看该作者 Only view this author
tjuptz 发表于 2019-8-19 15:03
经核验,确实不需要×第5节环境变量设置win10下为;C:\gmx2018.4\bin\,少了最后的\就没法识别×

× 是个什么东西?

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发表于 Post on 2019-12-23 14:04:19 | 只看该作者 Only view this author
lao7 发表于 2019-12-23 13:17
× 是个什么东西?

这是我之前的错误认识,你的问题可能重启一下就行了,使环境变量生效

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-1-11 01:00:00 | 只看该作者 Only view this author
更新了本文提供的预编译的gmx版本,给出了2018.8纯CPU版和2019.5 CUDA GPU加速版
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发表于 Post on 2020-1-12 14:53:36 | 只看该作者 Only view this author
社长大人,能否编译一个基于AVX2指令集编译的gromacs5.1.5 的原生windows CUDA GPU加速版?因为很多程序新版本的不兼容,期待有老版本的WindowsGPU加速版!

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夏一天 发表于 2020-1-12 14:53
社长大人,能否编译一个基于AVX2指令集编译的gromacs5.1.5 的原生windows CUDA GPU加速版?因为很多程序新 ...

目前没这个编译打算
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发表于 Post on 2020-1-12 20:27:02 | 只看该作者 Only view this author
夏一天 发表于 2020-1-12 14:53
社长大人,能否编译一个基于AVX2指令集编译的gromacs5.1.5 的原生windows CUDA GPU加速版?因为很多程序新 ...

下面链接是基于AVX2_256编译的GROMACS 5.1.5的GPU加速版本,里面有说明,请尽快下载以免链接过期。

https://c-t.work/s/6d35e8dc4f5741

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