GROMACS的原生Windows版的编译和安装方法（支持GPU加速）

夏一天 · 发表于 Post on 2020-1-13 16:36:30

liuyuje714 发表于 2020-1-12 20:27
下面链接是基于AVX2_256编译的GROMACS 5.1.5的GPU加速版本，里面有说明，请尽快下载以免链接过期。

ht ...

大神！请受小弟一拜！真的非常崇拜您！太感谢您的帮助了！小弟跪谢！

夏一天 · 发表于 Post on 2020-1-20 22:14:21

liuyuje714 发表于 2020-1-12 20:27
下面链接是基于AVX2_256编译的GROMACS 5.1.5的GPU加速版本，里面有说明，请尽快下载以免链接过期。

ht ...

大神您好，最近我在编译基于avx2_256指令的gromacs2019.5的windowsGPU版时，cuda总是连接不上去。网上说AVX2_256比AVX_256快很多，说可以三路交叉什么的，一直想尝试比较一下，但本人水平有限，请教您能否有时间帮忙编译一下？非常感谢！

liuyuje714 · 发表于 Post on 2020-1-20 22:21:01

夏一天发表于 2020-1-20 22:14
大神您好，最近我在编译基于avx2_256指令的gromacs2019.5的windowsGPU版时，cuda总是连接不上去。网上说A ...

听谁说快很多的？在win下不存在快很多，也不懂你说的交叉是什么东西，win下一般也是单机，多显卡并行显然不要用win，linux才是最好的选择。下面网址是我提供的各种版本的gmx，除了4.6.7，其他都是avx2_256，你如果对性能感兴趣可以自行测试，我并不认为会有大幅提升。https://liuyujie714.com/15.html

sobereva · 发表于 Post on 2020-1-21 01:02:27

夏一天发表于 2020-1-20 22:14
大神您好，最近我在编译基于avx2_256指令的gromacs2019.5的windowsGPU版时，cuda总是连接不上去。网上说A ...

直接用我文中提供的编译好的2019.5就完了，完全没必要自己编译。
本来GPU大部分计算量就在GPU上，根本没必要编译成AVX2版。更何况我在文中也明确说了AVX2版并不会比AVX版性能有什么明显提升。

夏一天 · 发表于 Post on 2020-1-21 14:44:57

liuyuje714 发表于 2020-1-20 22:21
听谁说快很多的？在win下不存在快很多，也不懂你说的交叉是什么东西，win下一般也是单机，多显卡并行显然 ...

多谢大神指导！听网上说的，只是想亲测一下，没有其他意思！多谢您提供的版本链接！

夏一天 · 发表于 Post on 2020-1-21 14:47:52

sobereva 发表于 2020-1-21 01:02
直接用我文中提供的编译好的2019.5就完了，完全没必要自己编译。
本来GPU大部分计算量就在GPU上，根本没 ...

是的，多谢您的指点，网上看了很多杂七杂八的帖子，现在明白了，确实计算是在GPU上，和指令集无关。受教了！

lao7 · 发表于 Post on 2020-4-2 22:38:58

这里面有个疑问：楼主用的虚拟机装的Gromacs。那么进行GPU显卡加速的时候，VM里面的显卡似乎是虚拟出来的？如何让Gromacs直接调用硬件上的加速显卡呢？是不是linux版本的显卡驱动需要另行安装？

sobereva · 发表于 Post on 2020-4-4 05:06:53

lao7 发表于 2020-4-2 22:38
这里面有个疑问：楼主用的虚拟机装的Gromacs。那么进行GPU显卡加速的时候，VM里面的显卡似乎是虚拟出来的？ ...

VMware里面虽然支持硬件加速显示3D物体（性能大打折扣），但完全不支持CUDA GPU加速，没法在vmware里直接用GPU加速跑gmx

huangjin · 发表于 Post on 2020-4-4 20:33:08

感谢老师的分享，老师辛苦了。

一起搞科研 · 发表于 Post on 2020-7-21 17:26:27

tjuptz 发表于 2019-12-23 14:04
这是我之前的错误认识，你的问题可能重启一下就行了，使环境变量生效

您好，我用win10，重启了也还是不行，总是提示为：gmx不是内部或者外部命令，也不是可运行的程序或批处理文件。

tjuptz · 发表于 Post on 2020-7-21 18:53:05

一起搞科研发表于 2020-7-21 17:26
您好，我用win10，重启了也还是不行，总是提示为：gmx不是内部或者外部命令，也不是可运行的程序或批处理 ...

严格按照社长的视频教程做，再有问题得具体把你的操作步骤贴出来了

一起搞科研 · 发表于 Post on 2020-7-21 23:06:05

tjuptz 发表于 2020-7-21 18:53
严格按照社长的视频教程做，再有问题得具体把你的操作步骤贴出来了

问题解决了。下次我注意提问方式。谢谢提醒。

sobereva · 发表于 Post on 2020-8-16 17:34:19

文中第五节新加入了2019.6 GPU win64版，这是2019系列的最终版本。还加入了2020.3 GPU win64版，这是当下最新版本。

永远的奇风镇 · 发表于 Post on 2020-9-9 15:30:24

“5 笔者预编译的原生Windows版的安装方法这里提供笔者编译好的GROMACS Windows 64bit版，在Win7、Win10下经测试都可以用，都可以单机并行，是基于AVX指令集编译的，FFT库都是用的FFTW”
请问这个方法需要提前编译好FFT库吗？还是只用安装好93MB的包就行了？

sobereva · 发表于 Post on 2020-9-10 03:43:16

永远的奇风镇发表于 2020-9-9 15:30
“5 笔者预编译的原生Windows版的安装方法这里提供笔者编译好的GROMACS Windows 64bit版，在Win7、Win10下 ...

不用自己装FFTW。直接用我编译的gmx就完了

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