GROMACS的原生Windows版的编译和安装方法（支持GPU加速）

永远的奇风镇 · 发表于 Post on 2020-9-10 09:20:31

sobereva 发表于 2020-9-10 03:43
不用自己装FFTW。直接用我编译的gmx就完了

谢谢sob大神

cheviax · 发表于 Post on 2020-10-5 21:07:28

本帖最后由 cheviax 于 2020-10-6 13:18 编辑

sob老师，我在运行第四行命令时报错说Could not create named generator Visual Studio 2019 Win64
安装的版本是vs2019，cudav11.1，gromacs20.3，
会不会是我改错了？
cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=C:\soft\gmx2020.3_GPU -DGMX_FFT_LIBRARY=fftpack -G "Visual Studio 2019 Win64" -DGMX_GPU=ON -DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR=C:\Program Files\NVIDIA GPU Computing Toolkit\CUDA\v11.1

liuyuje714 · 发表于 Post on 2020-10-6 08:14:53

cheviax 发表于 2020-10-5 21:07
sob老师，我在运行第四行命令时报错说Could not create named generator Visual Studio 2019 Win64
安装的 ...

你犯了两个错误。第一，用vs2019默认的generator是Visual Studio 16 2019，
64位和32位可以用-A选项指定但如果你用的是x64的那个vs终端，就不需要，甚至你不用指定-G选项也可以，默认的就是这个；第二，你用的cuda11，它废除了sm30的支持，你必须修改nvcc cmake那个文件，删掉与30有关的部分才能够编译通过。

cheviax · 发表于 Post on 2020-10-6 14:37:06

liuyuje714 发表于 2020-10-6 08:14
你犯了两个错误。第一，用vs2019默认的generator是Visual Studio 16 2019，
64位和32位可以用-A选项指定 ...

感谢，改成vs 16 2019后确实能往下进行了
不过run.nvcc.cmake文件里搜不到sm或者30，就没管它
然后出现了Configuring incomplete, errors occurred，让看一个log文件，但是log文件里错误和警告都是0……
暂时放弃了，直接用sob老师编译好的那个了

海人1213 · 发表于 Post on 2020-12-17 11:43:22

sob老师，我使用了win10的机子，按照视频演示先解压编译好的gmx2019.6_GPU，然后在Path环境变量后面加分号，再把bin的地址复制过去。用win+r的方式打开命令行窗口，但是输入gmx的时候一直不成功，显示的内容如图。下面我该怎么办呀

mekelleche · 发表于 Post on 2020-12-17 15:00:49

How to make the program support the 4 CPU of my PC, in the compilation process.

mekelleche · 发表于 Post on 2020-12-17 18:56:51

How to compile the program in purpose to use all the CPU in my PC.

sobereva · 发表于 Post on 2020-12-18 06:04:04

mekelleche 发表于 2020-12-17 18:56
How to compile the program in purpose to use all the CPU in my PC.

You do not need to do any special thing, the compiled GROMACS utilizes all CPU cores in you machine by default, and you can use -nt option to customize how many cores will be used in the calculation.

sobereva · 发表于 Post on 2020-12-18 06:06:05

海人1213 发表于 2020-12-17 11:43
sob老师，我使用了win10的机子，按照视频演示先解压编译好的gmx2019.6_GPU，然后在Path环境变量后面加分号 ...

重启再试。还不行的话，输入echo %Path%命令看看到底gmx.exe所在目录加入到Path环境变量没有，没有的话肯定是环境变量没设对，没其它的原因。

海人1213 · 发表于 Post on 2020-12-18 20:33:39

sobereva 发表于 2020-12-18 06:06
重启再试。还不行的话，输入echo %Path%命令看看到底gmx.exe所在目录加入到Path环境变量没有，没有的话肯 ...

sob老师，我按您说的方法看了一下，环境变量应该是添加上了，如图。
我这种情况还有救吗？

snljty · 发表于 Post on 2020-12-18 20:45:46

海人1213 发表于 2020-12-18 20:33
sob老师，我按您说的方法看了一下，环境变量应该是添加上了，如图。
我这种情况还有救吗？

不知道你怎么编辑的环境变量，你双引号用的不对。Win10的话此电脑→右键单击→属性→高级系统蛇者→环境变量→上面的用户变量或者下面的系统变量→Path→编辑，自己调整一下。先把双引号去了。你这个情况没必要用双引号。

牧生 · 发表于 Post on 2020-12-22 09:14:42

本帖最后由牧生于 2020-12-22 09:17 编辑

海人1213 发表于 2020-12-18 20:33
sob老师，我按您说的方法看了一下，环境变量应该是添加上了，如图。
我这种情况还有救吗？

可以更简单易懂的，不用管分号。
不要用中文路径

海人1213 · 发表于 Post on 2020-12-27 09:39:11

谢谢各位老师的指点，我已经按照牧生提供的方法给解决了。

薛定谔没有定 · 发表于 Post on 2021-3-13 17:04:52

老师你好，我是纯小白，我按照您的步骤安装后，打开bin文件夹中的gmx，可是只会闪过一个黑框，还是打不开，请问这该怎么解决

牧生 · 发表于 Post on 2021-3-13 22:01:38

薛定谔没有定发表于 2021-3-13 17:04
老师你好，我是纯小白，我按照您的步骤安装后，打开bin文件夹中的gmx，可是只会闪过一个黑框，还是打不开， ...

似乎你双击图标了吧？？

如果是win10系统，参照57楼，操作结束后，在任意英文路径下，按住shift点右键，打开命令窗口，输入gmx就会有提示了

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