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楼主 Author: sobereva
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[GROMACS] GROMACS的原生Windows版的编译和安装方法(支持GPU加速)

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发表于 Post on 2021-3-13 22:01:38 | 只看该作者 Only view this author
薛定谔没有定 发表于 2021-3-13 17:04
老师你好,我是纯小白,我按照您的步骤安装后,打开bin文件夹中的gmx,可是只会闪过一个黑框,还是打不开, ...

似乎你双击图标了吧??

如果是win10系统,参照57楼,操作结束后,在任意英文路径下,按住shift点右键,打开命令窗口,输入gmx就会有提示了
又菜又爱玩

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发表于 Post on 2021-6-1 12:05:00 | 只看该作者 Only view this author
PrepareForBuild:
  正在创建目录“x64\Release\release-version-info\”。
  正在创建目录“x64\Release\release-version-info\release-.3F9F699C.tlog\”。
InitializeBuildStatus:
  正在创建“x64\Release\release-version-info\release-.3F9F699C.tlog\unsuccessfulbuild”,因为已指定“AlwaysCreate”。
CustomBuild:
  Generating release version information
  CMake Error at cmake/gmxGenerateVersionInfoRelease.cmake:121 (file):
    file failed to open for reading (No such file or directory):

      C:/gromacs-2020/computed_checksum


C:\Program Files (x86)\Microsoft Visual Studio\2017\Community\Common7\IDE\VC\VCTargets\Microsoft.CppCommon.targets(209,
5): error MSB6006: “cmd.exe”已退出,代码为 1。 [C:\gromacs-2020\build\release-version-info.vcxproj]
已完成生成项目“C:\gromacs-2020\build\release-version-info.vcxproj”(默认目标)的操作 - 失败。




求助,编译2020.6版本,这个 C:/gromacs-2020/computed_checksum是什么梗

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发表于 Post on 2021-8-20 18:58:42 | 只看该作者 Only view this author
确实要重启一下才行,谢谢大神分享!

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发表于 Post on 2021-9-17 16:49:49 | 只看该作者 Only view this author
非常受用,谢谢社长分享

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发表于 Post on 2021-9-27 17:12:19 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-1-5 09:26
我每次写帖子都是考虑到初学者理解能力的底限来写的,甚至还担心有人不懂都录了视频。但仍然经常有人不能 ...

请问老师gromacs2021版有windows版本吗

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-27 19:58:09 | 只看该作者 Only view this author
sun666 发表于 2021-9-27 17:12
请问老师gromacs2021版有windows版本吗

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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喵星人

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发表于 Post on 2021-10-15 03:39:32 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 喵星大佬 于 2021-10-15 05:53 编辑

在Win下纯CPU跑就用WSL2就好了,速度和直接用Linux几乎没啥差,只不过注意跑的时候目录一定要是Linux的目录,所以其实如果跑MD的话只用Win+WSL2是完全OK的

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发表于 Post on 2022-5-14 15:05:13 | 只看该作者 Only view this author
卢老师,下载您预编译的“2020.6 CUDA GPU加速版,AVX2指令集”解压并按文章设置环境变量后,运行时显示gromacs是modified的版本,而“2019.6 CUDA GPU加速版,AVX指令集”则在同样操作后没有出现这一显示,请问这个是我环境变量设置的问题吗?(我电脑上的CUDA Toolkit版本是v11.7,fftw版本是3.3.8)

1652511500(1).png (27.82 KB, 下载次数 Times of downloads: 189)

1652511500(1).png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-14 16:37:15 | 只看该作者 Only view this author
moxxi 发表于 2022-5-14 15:05
卢老师,下载您预编译的“2020.6 CUDA GPU加速版,AVX2指令集”解压并按文章设置环境变量后,运行时显示gro ...

不用管这个
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-5-14 18:04:32 | 只看该作者 Only view this author

哦哦,好的,谢谢老师

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发表于 Post on 2022-9-18 20:13:44 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,win11能否安装

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-19 00:36:47 | 只看该作者 Only view this author
joke122 发表于 2022-9-18 20:13
请问老师,win11能否安装

just try
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发表于 Post on 2022-9-28 16:18:21 | 只看该作者 Only view this author
2018.8 CPU版,AVX指令集(15 MB):http://sobereva.com/soft/gmx/gmx2018.8_AVX_win64.rar
2019.6 CUDA GPU加速版,AVX指令集(93 MB):http://sobereva.com/soft/gmx/gmx2019.6_AVX_CUDA_win64.rar
2020.3 CUDA GPU加速版,AVX指令集(93 MB):http://sobereva.com/soft/gmx/gmx2020.3_AVX_CUDA_win64.rar
2020.6 CUDA GPU加速版,AVX2指令集(88 MB):http://sobereva.com/soft/gmx/gmx2020.6_AVX2_CUDA_win64.rar(nVidia显卡驱动需>=471.11版)
请问@sobereva 老师,这三种加速版(尤其最后一种)文中说的是需要N卡才能提供加速还是只有N卡才能正常运行呀,不是N卡的是直接不能用吗,还是只是不能用GPU加速呢?

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发表于 Post on 2022-9-28 19:10:41 | 只看该作者 Only view this author
希望@sobereva 老师继续补充2021 CUDA GPU加速版、2022 CUDA GPU加速版等win版gromacs,完善win平台gromacs软件

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-29 04:28:31 | 只看该作者 Only view this author
夏一天 发表于 2022-9-28 19:10
希望@sobereva 老师继续补充2021 CUDA GPU加速版、2022 CUDA GPU加速版等win版gromacs,完善win平台gromacs ...

新版本gmx在windows下由于编译器兼容性问题不便于编译
用太新的版本也没多大必要
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