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楼主 Author: sobereva
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[GROMACS] GROMACS的原生Windows版的编译和安装方法(支持GPU加速)

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发表于 Post on 2022-9-29 10:24:23 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-9-29 04:31
有nVidia的GPU(而且不是性能特烂的低端型号)就用这里的CUDA GPU加速版,没有就用CPU版

嗯嗯好的 谢谢老师

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发表于 Post on 2022-11-10 10:51:04 | 只看该作者 Only view this author
使用第5步预编译的原生Windows版的安装方法里面的2020.6 CUDA GPU加速版,AVX2指令集(88 MB)版本的GROMACS 是不是就不需要经过第2/3/4步的操作,只要设置好环境变量之后就可以直接使用是吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-10 11:16:57 | 只看该作者 Only view this author
raymond 发表于 2022-11-10 10:51
使用第5步预编译的原生Windows版的安装方法里面的2020.6 CUDA GPU加速版,AVX2指令集(88 MB)版本的GROMAC ...

是。文中说得很明确
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-11-10 11:25:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-11-10 11:16
是。文中说得很明确

好的,非常感谢老师

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发表于 Post on 2023-11-22 10:52:06 | 只看该作者 Only view this author
社长有没有编译好的 gmx2023.1 windows版本,工作站上是linux版的gmx2023.1,运行完把结果拷回来,分析处理时用gmx2020.6处理轨迹是,报版本不兼容错误Fatal error:
reading tpx file (md_0_1.tpr) version 127 with version 119 program

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-22 19:15:52 | 只看该作者 Only view this author
yaoshi1206 发表于 2023-11-22 10:52
社长有没有编译好的 gmx2023.1 windows版本,工作站上是linux版的gmx2023.1,运行完把结果拷回来,分析处理 ...

没有
虚拟机里装个2023就完了
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发表于 Post on 2023-11-22 23:15:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-11-22 19:15
没有
虚拟机里装个2023就完了

已按社长的博文方法(http://bbs.keinsci.com/thread-11848-1-1.html)编译好windows下cpu版的gmx2023.1,多谢指点!

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发表于 Post on 2023-12-7 07:58:26 | 只看该作者 Only view this author
感谢大神!

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发表于 Post on 2023-12-25 10:46:48 | 只看该作者 Only view this author
yaoshi1206 发表于 2023-11-22 23:15
已按社长的博文方法(http://bbs.keinsci.com/thread-11848-1-1.html)编译好windows下cpu版的gmx2023.1 ...

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发表于 Post on 2024-4-2 18:13:27 | 只看该作者 Only view this author
我按照第5项下载安装的windows版,里面各种力场文件都有吗》还是自己去下载?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-3 02:12:50 | 只看该作者 Only view this author
wilely 发表于 2024-4-2 18:13
我按照第5项下载安装的windows版,里面各种力场文件都有吗》还是自己去下载?

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发表于 Post on 2024-4-3 16:15:42 | 只看该作者 Only view this author

哦,谢谢。我笔记本cpu8核的,要设置吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-3 16:57:53 | 只看该作者 Only view this author
wilely 发表于 2024-4-3 16:15
哦,谢谢。我笔记本cpu8核的,要设置吗?

语义不明

如果是指做动力学用的核数设置,mdrun结合恰当的选项就完了,对windows和linux一样。所有这类常识知识在北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html)里都有详细说明
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发表于 Post on 2024-5-19 18:08:19 | 只看该作者 Only view this author
刚学习使用,问个简单问题,模拟所需的top,gro,itp文件都准备好了,要把它们放在在该程序哪个目录下运行了。

1.jpg (29.41 KB, 下载次数 Times of downloads: 43)

1.jpg

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发表于 Post on 2024-5-19 19:57:30 | 只看该作者 Only view this author
我安装的软件top目录下,很多itp文件(像ffG431,ffG432)等打开出现error。 。要怎么办》

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