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[NAMD] 分子动力学模拟过程中cutoff值的选取问题

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发表于 2019-1-9 21:00:09 | 显示全部楼层 |阅读模式
各位前辈好,我在真空中跑三个环组成的环肽纳米管,管子的大小为[18,18,15]。文献中cutoff值一般都是12,但我看到cutoff选取时应该是小于盒子大小的一半,我的config文件如附件所示。cutoff选择12或者9发现跑出来的结果不太一样,请问我设置为9是否合理?希望各位帮忙解答一下,谢谢!!!

eq.conf

3.61 KB, 下载次数: 1

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发表于 2019-1-9 21:59:25 | 显示全部楼层
真空中由于没有PME考虑长程相互作用,cutoff需要设得大一些,12甚至14都是合理的值

另外charmm力场拟合的时候cutoff的默认值为12,只有在计算资源非常紧张的时候才建议降到10或者9

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 楼主| 发表于 2019-1-9 22:18:23 | 显示全部楼层
fhh2626 发表于 2019-1-9 21:59
真空中由于没有PME考虑长程相互作用,cutoff需要设得大一些,12甚至14都是合理的值

另外charmm力场拟合 ...

明白了,谢谢您的回答。
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