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[综合交流] 请教:Lammps与GROMACS的重要区别是什么?

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发表于 Post on 2019-2-2 09:44:43 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
大家好,请问Lammps与GROMACS的重要区别是什么?我记得一个区别是Lammps有ReaxFF反应力场但GROMACS没有。
谢谢。
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发表于 Post on 2019-2-2 11:53:45 | 显示全部楼层 Show all
正解,另外lammps里有一些金属相互作用的多体势gmx里没有

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发表于 Post on 2019-2-2 17:34:07 | 显示全部楼层 Show all
两个软件都用。都是很优秀的软件,感觉两者相互不可替代,lammps里面支持的势很丰富,兼容目前大多数的势能模型,在固体、材料领域用起来很方便;gromacs计算效率高,在生物大分子体系模拟方面很方便。经验是:最好不要反过来使用,否则的话是自找麻烦。

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发表于 Post on 2019-2-2 19:00:15 | 显示全部楼层 Show all
只要能用gmx很好模拟的问题,建议一律用gmx,速度快。有一些人以为gmx只能模拟生物体系,实际上不是。溶液体系、气相小分子、纳米体系、聚合物、部分类型金属单质、部分类型无机固体等等全都能搞。gmx能模拟什么,最主要取决于有没有对应的力场而且是gmx支持的势函数的形式。lammps支持的势函数形式更丰富,其中有很多是gmx不支持但又是专门适合某些类型无机体系模拟的,导致lammps在无机固体材料模拟方面用处很大,而且也和gmx没有什么竞争关系。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-29 10:53:00 | 显示全部楼层 Show all
老师好,大家好,我有个问题想请教:lammps和gromacs哪个需要更多的时间学会?
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-18 13:46:21 | 显示全部楼层 Show all
本帖最后由 yihanxu 于 2019-9-17 23:48 编辑
sobereva 发表于 2019-2-2 05:00
只要能用gmx很好模拟的问题,建议一律用gmx,速度快。有一些人以为gmx只能模拟生物体系,实际上不是。溶液 ...

老师好,想要用分子动力学模拟高分子膜对铅离子、镉离子的吸附,能用GROMACS吗?如果不能用的话,该怎么办呢?谢谢!
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发表于 Post on 2019-9-18 18:33:02 | 显示全部楼层 Show all
yihanxu 发表于 2019-9-18 13:46
老师好,想要用分子动力学模拟高分子膜对铅离子、镉离子的吸附,能用GROMACS吗?如果不能用的话,该怎么 ...

Pd、Cd离子都不是gmx自带力场内置的参数。你去搜相关文章,如果有人用gmx模拟的,肯定文中提到参数是哪来的,把参数补进gmx里就可以模拟

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-19 13:47:15 | 显示全部楼层 Show all
sobereva 发表于 2019-9-18 04:33
Pd、Cd离子都不是gmx自带力场内置的参数。你去搜相关文章,如果有人用gmx模拟的,肯定文中提到参数是哪来 ...

老师好,请问用LAMMPS可以不补参数直接模拟高分子膜对铅离子、镉离子的吸附吗?
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发表于 Post on 2019-9-19 16:16:51 | 显示全部楼层 Show all
yihanxu 发表于 2019-9-19 13:47
老师好,请问用LAMMPS可以不补参数直接模拟高分子膜对铅离子、镉离子的吸附吗?

不清楚

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发表于 Post on 2021-7-17 10:30:10 | 显示全部楼层 Show all
老师好,若要是研究镉与dsDNA两者之间的结合情况,可以用gromacs做计算研究吗?

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sobereva 发表于 2019-9-18 18:33
Pd、Cd离子都不是gmx自带力场内置的参数。你去搜相关文章,如果有人用gmx模拟的,肯定文中提到参数是哪来 ...

老师好,若要研究Cd 与 dsDNA之间的结合情况,相互作用,gromacs可以很好的呈现吗?

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发表于 Post on 2021-7-17 15:33:53 | 显示全部楼层 Show all
yuanen 发表于 2021-7-17 10:32
老师好,若要研究Cd 与 dsDNA之间的结合情况,相互作用,gromacs可以很好的呈现吗?

可以,而且是首选之一
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sobereva 发表于 2021-7-17 15:33
可以,而且是首选之一

那若要更深的考虑,Cd和链内碱基的可能?比如ssDNA适配体这种?

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发表于 Post on 2021-7-19 21:44:58 | 显示全部楼层 Show all
yuanen 发表于 2021-7-19 09:19
那若要更深的考虑,Cd和链内碱基的可能?比如ssDNA适配体这种?

“Cd和链内碱基的可能?”病句
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发表于 Post on 2021-7-19 22:15:02 | 显示全部楼层 Show all
sobereva 发表于 2021-7-19 21:44
“Cd和链内碱基的可能?”病句

老师,我是想问关于Cd与ssDNA的碱基之间的可能结合情况能不能很好描述?

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