简谈Gaussian里找过渡态的关键词opt=TS和QST2、3

欢乐多

sobereva 发表于 2020-6-17 11:16
从TS跑IRC，直接连通哪个就把哪个当这一步的反应物

谢谢老师！

欢乐多

sobereva 发表于 2020-6-17 11:16
从TS跑IRC，直接连通哪个就把哪个当这一步的反应物

老师，您好，
图中E即是我要的产物。从IRC1跑的结果再次优化，得到C；从IRC2跑的结果，再次优化得到D，但是C与D的构象不一样，并且C构象也不能优化到D构象去，我的理解是：
1，以上TS1、C、D、TS2等找的都对。图中C与D构象可以互变，若以C为TS1和TS2的中间体时，TS2的能垒为E4；若以D为中间体时，TS2的能垒为E3，TS1的生成能垒为E1，
2，如果1理解错误，可能就是http://sobereva.com/400博文中提到的“(2)优化的时候由于走得步子太大，或者Hessian矩阵不准确，导致优化到了其它邻近的极小点去。......先把IRC跑得尽量长一些，使两端结构尽可能接近极小点时再做几何优化”，就是说TS1、TS2找对了，但是极小点C或D找的不对。
老师，您看理解是否有问题?

sobereva

欢乐多 发表于 2020-6-19 16:45
老师，您好，
图中E即是我要的产物。从IRC1跑的结果再次优化，得到C；从IRC2跑的结果，再次优化得到D， ...

当成C和D之间构象变化也需要经历过渡态，作为整个反应中的组成部分