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[molclus] 灵活易用的分子构象与团簇构型搜索程序Molclus 1.6版发布!

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发表于 2019-2-13 12:30:31 | 显示全部楼层 |阅读模式
北京科音自然科学研究中心开发的灵活易用的分子构象与团簇构型搜索程序Molclus 1.6版现已发布,可以去程序主页 http://www.keinsci.com/research/molclus.html 免费下载最新版本。Molclus的详细介绍见《使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索》(http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html)。

1.6版的改进和变化:

·molclus的改进:
支持了xtb的2019-Feb-08版本,对老版本xtb不再支持。

·gentor组件的改进:
支持了让某个(或某些)扭转项与另一个扭转项同步旋转(或反方向同步旋转)的功能,通过在gentor.ini里利用s选项来设定。相关说明和例子见已更新的《gentor:扫描方式做分子构象搜索的便捷工具》(http://bbs.keinsci.com/thread-2388-1-1.html)。

·genmer组件的改进在于增加了genmer.ini里的选项,可以令genmer产生更多类型、更有意义的初始结构,明显增加了灵活性,细节如下:
加入了cenxyz选项,可以直接指定单体的中心位置的坐标,而之前版本只能用单体的几何中心作为其中心坐标。
加入了norot选项,用于要求单体不做随机旋转,而之前版本里单体是随机旋转的。
加入了rmax选项,可以指定产生的单体中心位置最多只能距离体系原点多远,用以避免单体出现在无意义的区域。
支持了对原子半径设定scale factor的功能。
加入了选择是否将产生的团簇的几何中心挪到原点(0,0,0)的选项。
加入了是否让每次运行gentor产生的构型都相同的选项。
文件格式变得明显更简洁、易读易改。
以上改进的具体说明已经体现在了更新后的《genmer:生成团簇初始构型的超便捷工具》(http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html)一文中,其中的例子也做了更新和补充。

新版本的gentor、genmer组件和.ini文件皆与老版本不兼容。

有关于molclus相关的问题欢迎在计算化学公社论坛的分子模拟或量子化学版发帖讨论。molclus的介绍见《使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索》(http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html)。

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发表于 2019-3-3 17:14:09 | 显示全部楼层
Sob老师,您好,请问genmer能否构键Fe2H12O8+6H2O或者是Fe2(OH)6·4H2O这种分子团簇吗?就像文献中这样的。然后我在使用molclus进行筛选能量最低的构型去gaussian里优化?类似团簇构键我还看到很多相关文献,但是我自己构建初猜构型时,总是算不下去,要么不收敛,要么原子之间的键长键角不正确,导致,计算结果的键断开。顺便再问一下,这里构建好后,选电荷数charge和自旋数spin应该如何选,按照这里文章中说的是S=5/2,根据2S+1得到是6,但是这是不可能的,根本不能运行。所以就想请教您一下,到底应该怎么设定这个spin?
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 楼主| 发表于 2019-3-4 00:27:39 | 显示全部楼层
yq1123088 发表于 2019-3-3 17:14
Sob老师,您好,请问genmer能否构键Fe2H12O8+6H2O或者是Fe2(OH)6·4H2O这种分子团簇吗?就像文献中这样的 ...

genmer不是用于生成分子结构的,而是用于产生团簇结构的。你应当手动摆,结构应该比较容易想象。

电荷显然为0。你设的是整个体系的自旋多重度,而不是单个Fe。如果当成两个Fe自旋方向平行,应当是11重态,但也可以尝试计算反铁磁性耦合态(对称破缺的单重态)
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发表于 2019-3-5 14:38:50 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-3-4 00:27
genmer不是用于生成分子结构的,而是用于产生团簇结构的。你应当手动摆,结构应该比较容易想象。

电荷 ...

谢谢 Sob老师,我尝试一下
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