DFT-D4色散校正的简介与使用

sobereva

michaelm 发表于 2019-3-5 22:20
独立的dft-d4没有片段之间的选项。用super molecule的方法算的话，是-0.81。我还没有仔细读d4的paper。不知 ...

supramolecular方式结果看来合理。预感早晚会给dftd4加上计算片段间项的功能，毕竟dftd4刚出来。原理上讲supramolecular算片段间D4校正能是不妥的。
这和BSSE问题没有直接联系

hzamber

使用orca进行DFT-D4计算，orca版本：Program Version 4.1.1  - RELEASE  -
输入文件：
!b3lyp d4 def2-tzvp  pal2
*xyz 0 1
O                 -1.29527542   -0.95244604   -0.08439711
H                 -1.96684629   -1.20450472    0.55440905
H                 -1.21891600    0.01667075   -0.01273795
O                  1.47586351   -0.63755538   -0.07513260
H                  2.03414372   -1.07560919    0.57227133
H                  0.61081072   -1.08144807   -0.01749750
O                 -0.17970784    1.59357918    0.12071627
H                 -0.09171077    2.24303363   -0.58191728
H                  0.62465016    1.04596562    0.06646441
*

计算结果：
-------------------------------------------------------------------------------
                          DFT DISPERSION CORRECTION                           
                                                                              
                                 DFTD4 V1.0                                    
-------------------------------------------------------------------------------
The B3LYP functional is recognized
Active option DFTDOPT                   ...         5   

-------------------------   ----------------
Dispersion correction            0.000000000
-------------------------   ----------------


-------------------------   --------------------
FINAL SINGLE POINT ENERGY      -229.305319165147
-------------------------   --------------------
计算结果并没有进行D4校正计算，计算设置有问题？

yflchx

michaelm 发表于 2019-3-2 14:06
问个土问题：这个色散校正能，理论上应该怎么正确地得到？是比较dft和更高级的计算方法例如ccsd之间的能差 ...

Ec(VV10) = Ec(nl) + βN          nl即为nonlocal

β是与b有关的参数，N是电子数；上述两项之和为正。Ec(nl)为负，可以与-D相类比。其实，单纯作为色散校正Ec(nl)即可。

sobereva

hzamber 发表于 2019-5-11 20:59
使用orca进行DFT-D4计算，orca版本：Program Version 4.1.1  - RELEASE  -
输入文件：
!b3lyp d4 def2-tz ...

你得确保dftd4模块正常运行了才行，比如没出现找不到库文件之类。如果没正常运行，返回的数值就为0。

-------------------------------------------------------------------------------
                          DFT DISPERSION CORRECTION                           
                                                                              
                                 DFTD4 V1.0                                    
-------------------------------------------------------------------------------
The B3LYP functional is recognized
Active option DFTDOPT                   ...         5   

OMP: Warning #181: OMP_STACKSIZE: ignored because KMP_STACKSIZE has been defined
normal termination of dftd4
-------------------------   ----------------
Dispersion correction           -0.004195560
-------------------------   ----------------


-------------------------   --------------------
FINAL SINGLE POINT ENERGY      -229.309514679398
-------------------------   --------------------

hzamber

sobereva 发表于 2019-5-12 10:27
你得确保dftd4模块正常运行了才行，比如没出现找不到库文件之类。如果没正常运行，返回的数值就为0。

...

使用批处理脚本进行的计算，没有注意到提示，确实有提示没有找到库文件，如下：
error while loading shared libraries: libmkl_intel_lp64.so
: cannot open shared object file: No such file or directory
需要安装intel编译器?

sobereva

hzamber 发表于 2019-5-12 14:48
使用批处理脚本进行的计算，没有注意到提示，确实有提示没有找到库文件，如下：
error while loading s ...

是。或者从别人那里把这个文件拷过来

hzamber

sobereva 发表于 2019-5-12 17:01
是。或者从别人那里把这个文件拷过来

谢谢社长回复。
这个文件是否可以跨平台使用，如Centos的编译文件复制到Suse linux中使用？

sobereva

hzamber 发表于 2019-5-12 18:43
谢谢社长回复。
这个文件是否可以跨平台使用，如Centos的编译文件复制到Suse linux中使用？

可能可以

Novice

社长果然厉害，ORCA4.2版The charge dependent atom-pairwise dispersion correction (keyword ! D4) is using the D4(EEQ)-ATM dispersion model [123], other D4 versions, using tight-binding partial charges, are currently only available with the standalone DFT-D4 program.

sobereva

Novice 发表于 2019-8-10 18:06
社长果然厉害，ORCA4.2版The charge dependent atom-pairwise dispersion correction (keyword ! D4) is us ...

实测，4.2版的D4对应的确实是D4(EEQ)-ATM结果。但程序输出有个bug，一开头显示的仍是
Your calculation utilizes the atom-pairwise dispersion correction
based on tight binding partial charges (D4)
Cite in your paper:
E.Caldeweyher, C.Bannwarth, S.Grimme, J.Chem.Phys., (2017), 147, 034112.
E.Caldeweyher, S.Ehlert, A.Hansen, H.Neugebauer, S.Grimme, J.Chem.Phys., (2018), in progress.
这很有误导性

Reminder

Sob老师您好，请问dftd4是否不支持86号元素以后的，即包含锕系元素的部分？

sobereva

Reminder 发表于 2020-11-27 19:26
Sob老师您好，请问dftd4是否不支持86号元素以后的，即包含锕系元素的部分？

不支持。原文摘要部分就已经写明了：J. Chem. Phys. 150, 154122 (2019)

lao7

orca能管理好自己的内存使用就好了，有时候设置内存不合理，会导致算了一段时间，到振动分析时中断报错。这点确实不如Gaussian。

scottwu

想问一下各位大神，DFT-D4算出来的校正能，和总能”直接相加“就可以了吧？（是相加关系，不用改变符号了吧？）

wzkchem5

scottwu 发表于 2020-12-22 17:37
想问一下各位大神，DFT-D4算出来的校正能，和总能”直接相加“就可以了吧？（是相加关系，不用改变符号了吧 ...

对，一般如果一个能量项为负，这个负号在程序输出的数值里就会带着