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[GROMACS] 求助:关于如何利用pdb2gmx产生聚合物的top文件的问题(.pdb文件相关)

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发表于 2019-2-26 15:14:23 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 yihanxu 于 2019-2-26 02:19 编辑

老师好,大家好,我试了一下这个PE的例子: https://mailman-1.sys.kth.se/pip ... 9-March/040125.html ,但是链上有12个C的时候就不行了,请问是我的.pdb格式错了(比如哪列没有对齐)吗?而且用gview产生的.pdb在这种情况下感觉不太好用,比如会有多余的列,要手动处理一下,若是文件长的时候就很麻烦,请问怎么样能直接生成好用的.pdb格式文件呢?
谢谢指教。

PE.pdb

695 Bytes, 下载次数: 8

ffoplsaa.hdb

131 Bytes, 下载次数: 1

ffoplsaa.rtp

1.3 KB, 下载次数: 1

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发表于 2019-2-26 16:27:18 | 显示全部楼层
pdb格式对列有严格的要求,看http://www.wwpdb.org/documentati ... /format33/v3.3.html。某些列可以没有(比如元素),但不能错位。你的pdb明显存在错位。利用ultraedit等程序的列模式进行修改很容易。

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 楼主| 发表于 2019-2-27 02:28:31 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-2-26 02:27
pdb格式对列有严格的要求,看http://www.wwpdb.org/documentation/file-format-content/format33/v3.3.html ...

谢谢老师。用gview画碳链,碳原子被标记为HETATM,是为什么呢?要手动改成ATOM,感觉麻烦呢,能直接生成高分子pdb的时候就是ATOM吗?
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发表于 2019-2-27 02:44:47 | 显示全部楼层
yihanxu 发表于 2019-2-27 02:28
谢谢老师。用gview画碳链,碳原子被标记为HETATM,是为什么呢?要手动改成ATOM,感觉麻烦呢,能直接生成 ...

没什么麻烦的,用ultraedit列模式五秒钟就搞定了
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 楼主| 发表于 2019-2-27 02:58:38 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-2-26 12:44
没什么麻烦的,用ultraedit列模式五秒钟就搞定了

谢谢老师
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 楼主| 发表于 2019-3-1 09:37:29 | 显示全部楼层
本帖最后由 yihanxu 于 2019-2-28 20:48 编辑

老师好,用gmx pdb2gmx命令后,会让选择力场,用的GAFF并没被列出来,请问这时候应该怎么办呢?选择 6: AMBER99SB-ILDN protein, nucleic AMBER94是好方法吗?谢谢。
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发表于 2019-3-1 11:55:28 | 显示全部楼层
yihanxu 发表于 2019-3-1 09:37
老师好,用gmx pdb2gmx命令后,会让选择力场,用的GAFF并没被列出来,请问这时候应该怎么办呢?选择 6: AMB ...

本来就不会被列出来,只有把xxx.ff放到了top目录下才会在选择力场时出现xxx。得把机制搞清楚
当前用GAFF的参数,和这里选什么毫无关系
如果你基于GAFF自己写了rtp,应当新建个力场目录,比如叫GAFF.ff
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 楼主| 发表于 2019-3-1 13:32:09 | 显示全部楼层
本帖最后由 yihanxu 于 2019-2-28 23:57 编辑
sobereva 发表于 2019-2-28 21:55
本来就不会被列出来,只有把xxx.ff放到了top目录下才会在选择力场时出现xxx。得把机制搞清楚
当前用GAFF ...

谢谢老师。我把gaff.ff文件夹放在top目录里了,gaff.ff文件夹里有两个文件:gaff.hdb和gaff.rtp。但是使用pdb2gmx命令时备选力场里没有gaff,是怎么回事呢?

gaff.hdb

634 Bytes, 下载次数: 0

gaff.rtp

5.06 KB, 下载次数: 0

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 楼主| 发表于 2019-3-1 14:42:14 | 显示全部楼层
老师好,GROMACS官网给的聚乙烯的例子中.rtp文件中没有[bondedtypes]字段,但是看GROMACS手册说这是强制的,这是怎么回事呢?哪里可以查到下面各项的定义呢?谢谢。
[ bondedtypes ]
; bonds  angles  dihedrals  impropers all_dihedrals nrexcl HH14 RemoveDih
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yihanxu 发表于 2019-3-1 13:32
谢谢老师。我把gaff.ff文件夹放在top目录里了,gaff.ff文件夹里有两个文件:gaff.hdb和gaff.rtp。但是使 ...

照着其它.ff里的内容去写。明显你还没设置forcefield.doc

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yihanxu 发表于 2019-3-1 14:42
老师好,GROMACS官网给的聚乙烯的例子中.rtp文件中没有字段,但是看GROMACS手册说这是强制的,这是怎么回事 ...

如果rtp里直接定义了参数,则bondedtypes虽然有,但内容可以留空,反正也不需要了。直接定义了参数的情况程序就不会再自动从bondedtypes里试图找匹配的参数

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 楼主| 发表于 2019-3-2 15:40:50 | 显示全部楼层
老师好,请问蛋白质和高分子为什么不能用antechamber生成拓扑文件,而要用pdb2gmx命令?
谢谢。
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发表于 2019-3-2 15:49:35 | 显示全部楼层
yihanxu 发表于 2019-3-2 15:40
老师好,请问蛋白质和高分子为什么不能用antechamber生成拓扑文件,而要用pdb2gmx命令?
谢谢。

本来antechamber就是搞小分子的
巨大的分子本身超过了antechamber程序设计角度能处理的极限,而且其调用SQM进行半经验优化、计算AM1电荷的步骤,对于几千原子体系也根本算不动。
更何况antechamber产生的拓扑文件是基于GAFF力场的,对于蛋白质有明显更适合的蛋白质专用力场。

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 楼主| 发表于 2019-3-4 12:58:32 | 显示全部楼层
本帖最后由 yihanxu 于 2019-3-5 11:49 编辑

老师好,生成的高分子的.top文件中没有bond、angle、dihedral等成键参数。为了获得GAFF下的这些参数,我是用antechamber+acpype.py生成了低聚物的.itp文件,然后手动修改低聚物的.itp文件得到的高聚物的成键参数。但是这样耗时有点多,尤其是把低聚物.itp文件中原子序号替换成原子类型时很累眼睛,请问有更好、更快捷的办法吗?谢谢。
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发表于 2019-9-9 22:38:01 | 显示全部楼层
请问楼主后来找到更好的方法了吗?我最近也在编rtp,但我的重复单元里分子数有点多,好像从acpype生成的itp改rtp很不容易……
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