“第10届量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班将于5月4-8日于北京举办,这是一次性完整、系统学习波函数分析的各种理论知识和全面掌握强大的Multiwfn波函数分析程序使用的最不可错过的机会!请点击此链接查看详情和报名方式,欢迎参加!

“第18届北京科音分子动力学与GROMACS培训班” 将于5月23-26日于北京举办。这是一次性全面、系统学习分子动力学模拟知识和最流行的分子动力学程序GROMACS的关键机会!报名正在进行中,请点击此链接查看详情,欢迎参加!

计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 7371|回复 Reply: 0
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[其它程序] 求助:用phonopy从原胞扩展超胞时报错

[复制链接 Copy URL]

19

帖子

0

威望

248

eV
积分
267

Level 3 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
如图,想画声子谱,用phonopy扩展超胞的时候有如下报错。上网查了一下,说是局部变量冲突,想请大家帮忙看下这个问题出在哪,以及怎么解决。非常感谢!!


(base) [root@localhost Fe(SO4)]# phonopy -d --dim 2 2 2
        _
  _ __ | |__   ___  _ __   ___   _ __  _   _
| '_ \| '_ \ / _ \| '_ \ / _ \ | '_ \| | | |
| |_) | | | | (_) | | | | (_) || |_) | |_| |
| .__/|_| |_|\___/|_| |_|\___(_) .__/ \__, |
|_|                            |_|    |___/
                                       2.1.0

Traceback (most recent call last):
  File "/home/Conda/bin/phonopy", line 439, in <module>
    symprec=args.symprec)
  File "/home/Conda/lib/python3.7/site-packages/phonopy/cui/collect_cell_info.py", line 118, in collect_cell_info
    return "\n".join(msg_list)
UnboundLocalError: local variable 'msg_list' referenced before assignment
--------------------分割线--------------------------
以下是我的POSCAR文件,按理来说,问题不应该出在这吧。


Fe2 S3 O12
1.0
        8.2362003326         0.0000000000         0.0000000000
       -4.1181001663         7.1327587187         0.0000000000
        0.0000000000         0.0000000000        22.1786003113
   Fe    S    O
   12   18   72
Direct
     0.000000000         0.000000000         0.144109994
     0.000000000         0.000000000         0.855890036
     0.666666687         0.333333343         0.477443337
     0.666666687         0.333333343         0.189223334
     0.333333343         0.666666687         0.810776651
     0.333333343         0.666666687         0.522556663
     0.000000000         0.000000000         0.350699991
     0.000000000         0.000000000         0.649299979
     0.666666687         0.333333343         0.684033334
     0.666666687         0.333333343         0.982633352
     0.333333343         0.666666687         0.017366657
     0.333333343         0.666666687         0.315966666
     0.290439993         0.288179994         0.250719994
     0.709560037         0.711820006         0.749279976
     0.711820006         0.002260000         0.250719994
     0.288179994         0.997740030         0.749279976
     0.997740030         0.709560037         0.250719994
     0.002260000         0.290439993         0.749279976
     0.957106650         0.621513307         0.584053338
     0.376226664         0.045153338         0.082613342
     0.378486663         0.335593343         0.584053338
     0.954846680         0.331073344         0.082613342
     0.664406657         0.042893339         0.584053338
     0.668926656         0.623773336         0.082613342
     0.623773336         0.954846680         0.917386651
     0.042893339         0.378486663         0.415946662
     0.045153338         0.668926656         0.917386651
     0.621513307         0.664406657         0.415946662
     0.331073344         0.376226664         0.917386651
     0.335593343         0.957106650         0.415946662
     0.194299996         0.204799995         0.193820000
     0.805700004         0.795199990         0.806180000
     0.795199990         0.989499986         0.193820000
     0.204799995         0.010499999         0.806180000
     0.010499999         0.805700004         0.193820000
     0.989499986         0.194299996         0.806180000
     0.860966682         0.538133323         0.527153313
     0.472366661         0.128533334         0.139513329
     0.461866677         0.322833329         0.527153313
     0.871466637         0.343833327         0.139513329
     0.677166641         0.139033332         0.527153313
     0.656166673         0.527633309         0.139513329
     0.527633309         0.871466637         0.860486686
     0.139033332         0.461866677         0.472846657
     0.128533334         0.656166673         0.860486686
     0.538133323         0.677166641         0.472846657
     0.343833327         0.472366661         0.860486686
     0.322833329         0.860966682         0.472846657
     0.224000007         0.145600006         0.298429996
     0.776000023         0.854399979         0.701570034
     0.854399979         0.078400001         0.298429996
     0.145600006         0.921599984         0.701570034
     0.921599984         0.776000023         0.298429996
     0.078400001         0.224000007         0.701570034
     0.890666664         0.478933334         0.631763339
     0.442666650         0.187733322         0.034903336
     0.521066666         0.411733329         0.631763339
     0.812266648         0.254933327         0.034903336
     0.588266671         0.109333329         0.631763339
     0.745066643         0.557333350         0.034903336
     0.557333350         0.812266648         0.965096653
     0.109333329         0.521066666         0.368236661
     0.187733322         0.745066643         0.965096653
     0.478933334         0.588266671         0.368236661
     0.254933327         0.442666650         0.965096653
     0.411733329         0.890666664         0.368236661
     0.492199987         0.363400012         0.243579999
     0.507799983         0.636600018         0.756420016
     0.636600018         0.128799975         0.243579999
     0.363400012         0.871200025         0.756420016
     0.871200025         0.507799983         0.243579999
     0.128799975         0.492199987         0.756420016
     0.158866659         0.696733356         0.576913357
     0.174466684         0.969933331         0.089753337
     0.303266644         0.462133318         0.576913357
     0.030066678         0.204533353         0.089753337
     0.537866712         0.841133356         0.576913357
     0.795466661         0.825533330         0.089753337
     0.825533330         0.030066678         0.910246670
     0.841133356         0.303266644         0.423086673
     0.969933331         0.795466661         0.910246670
     0.696733356         0.537866712         0.423086673
     0.204533353         0.174466684         0.910246670
     0.462133318         0.158866659         0.423086673
     0.252700001         0.439300001         0.265899986
     0.747300029         0.560699999         0.734099984
     0.560699999         0.813400030         0.265899986
     0.439300001         0.186600000         0.734099984
     0.186600000         0.747300029         0.265899986
     0.813400030         0.252700001         0.734099984
     0.919366658         0.772633314         0.599233329
     0.413966656         0.894033313         0.067433350
     0.227366671         0.146733329         0.599233329
     0.105966665         0.519933343         0.067433350
     0.853266656         0.080633335         0.599233329
     0.480066657         0.586033344         0.067433350
     0.586033344         0.105966665         0.932566643
     0.080633335         0.227366671         0.400766671
     0.894033313         0.480066657         0.932566643
     0.772633314         0.853266656         0.400766671
     0.519933343         0.413966656         0.932566643
     0.146733329         0.919366658         0.400766671



本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-4-16 14:39 , Processed in 0.226252 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list