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[GROMACS] 水的含频介电谱模拟求助

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发表于 7 天前 | 显示全部楼层 |阅读模式
大家好,
最近我重复J. Chem. Phys. 148, 024508 (2018); https://doi.org/10.1063/1.5001928 的介电谱的计算
使用的是tip4p-ew 水分子在5*5*5的周期性盒子中先进行了能量最小化 NPT平衡 后跑的1ns 的NVT
然后使用如下命令获取了矫正后的dipcorr.xvg 文件
gmx dipoles -corr total -c -f md-nvt.trr -s md-nvt.tpr
其中输出的偶极矩 e0   Epsilon = 62.9141  是符合文献的
下一步使用了gmx dielectric -f dipcorr.xvg -eps0 62.9  -ffn aexp  计算介电常数  输出的epsw 完全偏离文献值 甚至完全不合理

QQ20190314-141922@2x.png


然后试图通过手动拟合dipcorr.xvg中前段指数衰减的部分0-10ps 用文献的Debye relaxation model公式手动计算e' 和e''

QQ20190314-145500@2x.png
似乎的到了合理的结果
Google了 gmx dielectric 这个功能似乎没有多少人讨论过 最为含糊的是-epsRF 这个参数  不指定好像就是inf  感觉哪里不对
这个功能引用的J. Chem. Phys. 108 (1998) pp. 10220-10230  的确用的是不同的公式
附件是gmx dielectric 产生的 deriv.xvg文件 适合软件拟合的很差
不知道有没有人知道我哪里做错了吗?
deriv.xvg (8.3 KB, 下载次数: 0)
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