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楼主 Author: sobereva
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[Molclus] 将多帧xyz文件转化成量子化学输入文件的工具:xyz2QC

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发表于 Post on 2019-5-15 22:39:56 | 只看该作者 Only view this author
hzamber 发表于 2019-5-14 16:59
批处理脚本,满足你的要求。
http://bbs.keinsci.com/thread-13238-1-1.html

谢谢,谢谢!

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发表于 Post on 2019-5-15 22:40:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-5-15 20:42
刚更新了Molclus 1.8.2版,这次的xyz2QC组件产生独立的Gaussian和ORCA输入文件时已经允许用户输入前缀了 ...

非常感谢Sob老师,这就去下载新版本!

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发表于 Post on 2019-6-19 15:43:58 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-5-7 08:12
template.gjf里根本就没有结构信息,结构信息部分被[GEOMETRY]所代替

感谢sob老师的回复,谢谢您!

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发表于 Post on 2019-10-12 16:08:13 | 只看该作者 Only view this author
想请教下楼主,cluster.xyz中有三个团簇结构,为什么用xyz2QC只生成了一个Gaussian.gif,而且Gaussian.gif中也只有一个团簇结构。

xyz2QC.gif (31.59 KB, 下载次数 Times of downloads: 57)

xyz2QC.gif

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发表于 Post on 2019-10-12 16:25:07 | 只看该作者 Only view this author
litangcheng 发表于 2019-10-12 16:08
想请教下楼主,cluster.xyz中有三个团簇结构,为什么用xyz2QC只生成了一个Gaussian.gif,而且Gaussian.gif ...

我知道了,看了下Viewfile,明白了

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发表于 Post on 2019-11-5 17:20:20 | 只看该作者 Only view this author
想请问一下sob老师,在molclus套件里有没有xyz2QC的反向操作QC2xyz啊?
就是用处理xyz2QC运行完的结果 然后把他变成可以用isostat处理的isomer.xyz文件。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-11 11:29:22 | 只看该作者 Only view this author
wuzhiyi 发表于 2019-11-5 17:20
想请问一下sob老师,在molclus套件里有没有xyz2QC的反向操作QC2xyz啊?
就是用处理xyz2QC运行完的结果 然 ...

想法有意思,计划加入下一个版本

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发表于 Post on 2019-11-11 18:28:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-11-11 11:29
想法有意思,计划加入下一个版本

谢谢sob老师

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发表于 Post on 2019-11-19 17:17:53 | 只看该作者 Only view this author
发现如果第一行大于80个字符会被强行截断到80个字符
比如我有一个orca的模板
第一行是! DLPNO-CCSD(T) tightPNO aug-cc-pVTZ aug-cc-pVTZ/C tightSCF noautostart miniprint nopop
xyz2QC生产的结果就是前80个字符
! DLPNO-CCSD(T) tightPNO aug-cc-pVTZ aug-cc-pVTZ/C tightSCF noautostart miniprin

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-20 01:26:44 | 只看该作者 Only view this author
我用的2019-Sep-23版的xyz2QC没发现这个问题
模板文件和产生的文件都附上了。当xyz2QC里选择的是ORCA而不是Gaussian的情况,读取和写入的字符上限都是200个字符

template.inp

169 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 3

ORCA.inp

9.19 KB, 下载次数 Times of downloads: 4

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发表于 Post on 2019-11-20 04:52:12 | 只看该作者 Only view this author
谢谢sob老师 发现是1.88版的问题 用最新版就解决了

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发表于 Post on 2020-6-4 14:13:24 | 只看该作者 Only view this author
提个小建议,单独QC文件的命名是按帧号来的,这样的话只有很少构象的情况,比如5个构象,文件名也可能会是00005.gjf。有没有方法,比如输出100个文件,文件名自动从001到100,输出前1000个话,就是0001到1000,等等

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-6 10:53:24 | 只看该作者 Only view this author
Evanwill 发表于 2020-6-4 14:13
提个小建议,单独QC文件的命名是按帧号来的,这样的话只有很少构象的情况,比如5个构象,文件名也可能会是0 ...

我觉得统一格式更好点,之后写额外的处理的程序的时候更方便
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发表于 Post on 2020-6-6 16:11:11 | 只看该作者 Only view this author
卢老师,请问您的QC2xyz程序开发还有打算么?感觉从molclus中提取一部分代码改一下就好了,但是应该是个很实用的工具。谢谢您!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-6 18:43:41 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2020-6-6 16:11
卢老师,请问您的QC2xyz程序开发还有打算么?感觉从molclus中提取一部分代码改一下就好了,但是应该是个很 ...

等2.0的时候一并提供。最近太忙,有更重要的事需要做
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