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[Gaussian/gview] 详谈使用Gaussian做势能面扫描

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发表于 2019-4-1 05:38:25 | 显示全部楼层 |阅读模式

详谈使用Gaussian做势能面扫描
http://sobereva.com/474


由于图太多,30多张,三万字,懒得这里再贴一遍了。推荐所有Gaussian用户和研究内容与势能面扫描有关的人阅读。如果有文章相关的问题可以在此帖咨询

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发表于 2019-4-1 08:47:17 | 显示全部楼层
大赞,关于"4 使用gentor结合Gaussian做二面角的刚性扫描", 曾经我就思考过乙烷分子怎么刚性扫描,然后百思不得解,然后就没有然后了。

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发表于 2019-4-1 09:10:00 | 显示全部楼层
本帖最后由 Novice 于 2019-4-1 09:41 编辑
Novice 发表于 2019-4-1 08:47
大赞,关于"4 使用gentor结合Gaussian做二面角的刚性扫描", 曾经我就思考过乙烷分子怎么刚性扫描,然后百思 ...

用Atom List Editor修改内坐标定义要扫描的两面角

1    显示原子编号,以便观察两面角    GaussView View > Labels
2018021411595565.png
这里我们需要扫描的两面角是7-6-2-1。 GaussView Tools > Atom List 如下:
2018021411572217.png
在Atom List Editor对话框里,我们很容易发现第7行是我们关注的:“Show”后面的7  C  6  2  1,它的含义是编号为7的原子为C原子,它的位置由编号为6  2  1的原子定义。而我们要扫描的二面角也正是7-6-2-1。但注意到第8行,分子右半部分中的一个氢原子(编号为8)也是由6  2  1号原子定义。这意味着在扫描势能面的过程中二面角8-6-2-1是不变的,这样导致的结果是8号原子与右半部分其他原子的相对位置发生改变,从而得不到想要的扫描结果。为此我们需要重新定义内坐标,使得用右半部分的原子定义8号原子的位置不发生冲突。

2   内坐标的重新定义
首先,我们将8号氢原子的编号由8改为10,可以看到图形中的原子编号也在实时变化(一个原子的位置只能由具有更小序号的原子定义)。在这里,我们将这个氢原子(此时序号已经变为10)的位置由6  7  8号原子定义,因此在第8行中把原来的原子编号改成新的原子编号,如下图所示。
2018021412090523.png
保存文件,需要注意的是为了保存成内坐标的形式,必须取消“write cartesians”的勾选。现在,你就可以用准备好的内坐标文件做刚性扫描了。

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小范范1989 + 3 赞!之前做的时候,确实有这个问题。

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发表于 2019-4-1 10:12:39 | 显示全部楼层
早上就迫不及待地把帖子看完了,赞
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发表于 2019-4-1 10:34:23 | 显示全部楼层
老师 请教个问题:“4 使用gentor结合Gaussian做二面角的刚性扫描”,这部分里的动图里的帧号是怎么加上的?

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 楼主| 发表于 2019-4-1 11:50:15 | 显示全部楼层
胡说 发表于 2019-4-1 10:34
老师 请教个问题:“4 使用gentor结合Gaussian做二面角的刚性扫描”,这部分里的动图里的帧号是怎么加上的?

使VMD播放轨迹时同步显示帧号
http://sobereva.com/13
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发表于 2019-4-1 16:40:19 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-4-1 11:50
使VMD播放轨迹时同步显示帧号
http://sobereva.com/13

多谢老师

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发表于 2019-4-1 19:50:53 | 显示全部楼层
多谢老师分享

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发表于 2019-4-3 09:50:13 | 显示全部楼层
请教老师一个问题:
Gaussian做柔性扫描时,每一步都是以上一步的结果作为初始结构。
我经常需要同时扫描两个键长,比如
A-B:1.2 1.4 1.6 1.8
C-D:1.0 1.1 1.2 1.3
扫描时就会先固定C-D键长1.0,然后A-B键长1.2 --> 1.8;然后C-D键长固定为1.1,A-B键长由1.8变回1.2,如此反复。但当C-D=1.0,A-B=1.8时,A-B键一优化就断裂了,生成了别的分子,无法恢复了。所以后面的扫描就没有意义了。不知这个问题有办法解决吗?
谢谢老师

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 楼主| 发表于 2019-4-3 10:30:37 | 显示全部楼层
霜晨月 发表于 2019-4-3 09:50
请教老师一个问题:
Gaussian做柔性扫描时,每一步都是以上一步的结果作为初始结构。
我经常需要同时扫描 ...

那就自己拆成多个一维扫描任务
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发表于 2019-4-3 16:55:20 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-4-3 10:30
那就自己拆成多个一维扫描任务

嗯,看来只有这样了,只是比较麻烦

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发表于 2019-5-21 17:31:05 | 显示全部楼层
谢谢老师分享,货及其干

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发表于 2019-6-29 14:22:59 | 显示全部楼层
老师,您好,请问关于“考察SAPT能量分解的能量项随分子二聚体间距变化的简单方法”的帖子有中文版的吗,谢谢老师

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 楼主| 发表于 2019-7-1 10:50:57 | 显示全部楼层
xxzj 发表于 2019-6-29 14:22
老师,您好,请问关于“考察SAPT能量分解的能量项随分子二聚体间距变化的简单方法”的帖子有中文版的吗,谢 ...

没有
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发表于 2019-7-24 14:34:28 | 显示全部楼层
老师,您好,我有一个问题没有理解,就是我如果设计两个X型结构的分子,其中一个分子的给体单元外面进行4个受体单元连接时,如果4个受体单元相同,我能否定义该分子是各向同性的分子结构,如果4个受体单元不同,是不是就可以定义成该分子是各向异性的分子结构,就是单纯从分子结构上定义,可以吗
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