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[Gaussian/gview] 详谈使用Gaussian做势能面扫描

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发表于 Post on 2019-4-1 05:38:25 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model

详谈使用Gaussian做势能面扫描
http://sobereva.com/474


由于图太多,30多张,三万字,懒得这里再贴一遍了。推荐所有Gaussian用户和研究内容与势能面扫描有关的人阅读。如果有文章相关的问题可以在此帖咨询

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发表于 Post on 2019-4-1 08:47:17 | 显示全部楼层 Show all
大赞,关于"4 使用gentor结合Gaussian做二面角的刚性扫描", 曾经我就思考过乙烷分子怎么刚性扫描,然后百思不得解,然后就没有然后了。

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发表于 Post on 2019-4-1 09:10:00 | 显示全部楼层 Show all
本帖最后由 Novice 于 2019-4-1 09:41 编辑
Novice 发表于 2019-4-1 08:47
大赞,关于"4 使用gentor结合Gaussian做二面角的刚性扫描", 曾经我就思考过乙烷分子怎么刚性扫描,然后百思 ...

用Atom List Editor修改内坐标定义要扫描的两面角

1    显示原子编号,以便观察两面角    GaussView View > Labels
2018021411595565.png
这里我们需要扫描的两面角是7-6-2-1。 GaussView Tools > Atom List 如下:
2018021411572217.png
在Atom List Editor对话框里,我们很容易发现第7行是我们关注的:“Show”后面的7  C  6  2  1,它的含义是编号为7的原子为C原子,它的位置由编号为6  2  1的原子定义。而我们要扫描的二面角也正是7-6-2-1。但注意到第8行,分子右半部分中的一个氢原子(编号为8)也是由6  2  1号原子定义。这意味着在扫描势能面的过程中二面角8-6-2-1是不变的,这样导致的结果是8号原子与右半部分其他原子的相对位置发生改变,从而得不到想要的扫描结果。为此我们需要重新定义内坐标,使得用右半部分的原子定义8号原子的位置不发生冲突。

2   内坐标的重新定义
首先,我们将8号氢原子的编号由8改为10,可以看到图形中的原子编号也在实时变化(一个原子的位置只能由具有更小序号的原子定义)。在这里,我们将这个氢原子(此时序号已经变为10)的位置由6  7  8号原子定义,因此在第8行中把原来的原子编号改成新的原子编号,如下图所示。
2018021412090523.png
保存文件,需要注意的是为了保存成内坐标的形式,必须取消“write cartesians”的勾选。现在,你就可以用准备好的内坐标文件做刚性扫描了。

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小范范1989 + 3 赞!之前做的时候,确实有这个问题。

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发表于 Post on 2019-4-1 10:12:39 | 显示全部楼层 Show all
早上就迫不及待地把帖子看完了,赞
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发表于 Post on 2019-4-1 10:34:23 | 显示全部楼层 Show all
老师 请教个问题:“4 使用gentor结合Gaussian做二面角的刚性扫描”,这部分里的动图里的帧号是怎么加上的?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-4-1 11:50:15 | 显示全部楼层 Show all
胡说 发表于 2019-4-1 10:34
老师 请教个问题:“4 使用gentor结合Gaussian做二面角的刚性扫描”,这部分里的动图里的帧号是怎么加上的?

使VMD播放轨迹时同步显示帧号
http://sobereva.com/13
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班基础(中级)量子化学培训班分子动力学与GROMACS培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的最佳途径。培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2019-4-1 16:40:19 | 显示全部楼层 Show all
sobereva 发表于 2019-4-1 11:50
使VMD播放轨迹时同步显示帧号
http://sobereva.com/13

多谢老师

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发表于 Post on 2019-4-1 19:50:53 | 显示全部楼层 Show all
多谢老师分享

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发表于 Post on 2019-4-3 09:50:13 | 显示全部楼层 Show all
请教老师一个问题:
Gaussian做柔性扫描时,每一步都是以上一步的结果作为初始结构。
我经常需要同时扫描两个键长,比如
A-B:1.2 1.4 1.6 1.8
C-D:1.0 1.1 1.2 1.3
扫描时就会先固定C-D键长1.0,然后A-B键长1.2 --> 1.8;然后C-D键长固定为1.1,A-B键长由1.8变回1.2,如此反复。但当C-D=1.0,A-B=1.8时,A-B键一优化就断裂了,生成了别的分子,无法恢复了。所以后面的扫描就没有意义了。不知这个问题有办法解决吗?
谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-4-3 10:30:37 | 显示全部楼层 Show all
霜晨月 发表于 2019-4-3 09:50
请教老师一个问题:
Gaussian做柔性扫描时,每一步都是以上一步的结果作为初始结构。
我经常需要同时扫描 ...

那就自己拆成多个一维扫描任务
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发表于 Post on 2019-4-3 16:55:20 | 显示全部楼层 Show all
sobereva 发表于 2019-4-3 10:30
那就自己拆成多个一维扫描任务

嗯,看来只有这样了,只是比较麻烦

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发表于 Post on 2019-5-21 17:31:05 | 显示全部楼层 Show all
谢谢老师分享,货及其干

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发表于 Post on 2019-6-29 14:22:59 | 显示全部楼层 Show all
老师,您好,请问关于“考察SAPT能量分解的能量项随分子二聚体间距变化的简单方法”的帖子有中文版的吗,谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-1 10:50:57 | 显示全部楼层 Show all
xxzj 发表于 2019-6-29 14:22
老师,您好,请问关于“考察SAPT能量分解的能量项随分子二聚体间距变化的简单方法”的帖子有中文版的吗,谢 ...

没有
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发表于 Post on 2019-7-24 14:34:28 | 显示全部楼层 Show all
老师,您好,我有一个问题没有理解,就是我如果设计两个X型结构的分子,其中一个分子的给体单元外面进行4个受体单元连接时,如果4个受体单元相同,我能否定义该分子是各向同性的分子结构,如果4个受体单元不同,是不是就可以定义成该分子是各向异性的分子结构,就是单纯从分子结构上定义,可以吗

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