详谈使用Gaussian做势能面扫描

wwjun · 发表于 Post on 2022-3-19 16:14:23

老师好，请问我怎么对一个分子的HOMO能量随二面角的变化进行扫描？谢谢老师

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-3-19 17:54:38

wwjun 发表于 2022-3-19 09:14
老师好，请问我怎么对一个分子的HOMO能量随二面角的变化进行扫描？谢谢老师

按http://sobereva.com/474的方法做扫描，再对扫描出来的每个结构分别画HOMO

wwjun · 发表于 Post on 2022-3-19 19:00:29

wzkchem5 发表于 2022-3-19 17:54
按http://sobereva.com/474的方法做扫描，再对扫描出来的每个结构分别画HOMO

好的，谢谢老师

sobereva · 发表于 Post on 2022-3-20 14:21:23

wwjun 发表于 2022-3-19 16:14
老师好，请问我怎么对一个分子的HOMO能量随二面角的变化进行扫描？谢谢老师

一种做法是按照下文，设置非标准路径，使得扫描的每一步都经过L601模块，此模块会输出轨道能量。之后写个脚本批量提取
Gaussian的Link、IOp与非标准计算路径
http://sobereva.com/57

还一种办法是把扫描轨迹拆分成单点输入文件，然后批量执行再批量提取
产生Gaussian的IRC和SCAN任务每个点的波函数文件的工具：IRCsplit和SCANsplit
http://sobereva.com/199

ginlpein · 发表于 Post on 2022-3-20 21:44:16

老师好，柔性扫描的结果输出文件过大导致gaussview打开时出错是否有什么办法解决？
由于结构比较大，经常有200~500原子，即使不加Additional Print的选项，计算结果输出的log/out文件也经常在1G以上，偶尔超过2G。超大的输出文件在gaussview中打开会出现以下两种情况的错误：1. 点选Result-Scan后绘制出来的势能面各数据点坐标不对，或者选中数据点显示出来的结构与数据点变量不符。 2. 计算完全成功后，gaussview读取不完全。比如二维扫描设置了10*10的100个点，服务器计算全部成功，但是使用gaussview打开时只能读取出最前的3*10的30个结构。
这些问题做的少的时候可以自己重新从log文件中挨个把数据点和结构抠出来，但大量做的时候实在是有点效率低下，也不利于观察结构变化，请问老师有什么便捷的解决办法？

snljty · 发表于 Post on 2022-3-20 21:52:04

ginlpein 发表于 2022-3-20 21:44
老师好，柔性扫描的结果输出文件过大导致gaussview打开时出错是否有什么办法解决？
由于结构比较大，经常 ...

试试http://bbs.keinsci.com/thread-16684-1-1.html

sobereva · 发表于 Post on 2022-3-21 07:25:04

ginlpein 发表于 2022-3-20 21:44
老师好，柔性扫描的结果输出文件过大导致gaussview打开时出错是否有什么办法解决？
由于结构比较大，经常 ...

尝试用#T

ginlpein · 发表于 Post on 2022-3-25 23:15:59

snljty 发表于 2022-3-20 21:52
试试http://bbs.keinsci.com/thread-16684-1-1.html

十分感谢！您的xyz批量提取输出的软件十分好用！

ginlpein · 发表于 Post on 2022-5-18 22:48:30

很大很复杂的结构进行二维扫描时，各点扫描顺序不同会导致结果势能面会产生很大差异，特别在远离势能面极小值的地方尤为明显。请问老师，这种情况该如何解决？是否有什么便捷办法避免这种情况？

sobereva · 发表于 Post on 2022-5-19 22:42:47

ginlpein 发表于 2022-5-18 22:48
很大很复杂的结构进行二维扫描时，各点扫描顺序不同会导致结果势能面会产生很大差异，特别在远离势能面极小 ...

没法解决，原理上注定如此

Elden、Lord · 发表于 Post on 2022-6-22 15:52:00

请问老师，扫描完成后，该如何将参数拟合到力场文件中？

sobereva · 发表于 Post on 2022-6-22 16:00:34

Elden、Lord 发表于 2022-6-22 15:52
请问老师，扫描完成后，该如何将参数拟合到力场文件中？

用origin等直接提供拟合的程序，或者自己写程序做拟合

Elden、Lord · 发表于 Post on 2022-6-28 09:04:48

请问Sob老师，我用高斯做了二面角的扫描，然后从log文件中提取了21个构像生成了xyz文件，想用Gromacs的rerun来跑一下每个构像的单点能，我找不到完整的命令，还有命令中的topol该用什么文件呢？

snljty2 · 发表于 Post on 2022-6-28 09:09:54

Elden、Lord 发表于 2022-6-28 09:04
请问Sob老师，我用高斯做了二面角的扫描，然后从log文件中提取了21个构像生成了xyz文件，想用Gromacs的reru ...

一个我个人使用的方法，不一定是最佳的。用VMD载入多帧xyz，设置好【每一帧】的盒子尺寸，然后保存成tpr。然后gmx mdrun后面参数除了-f *.mdp -c *.gro -p *.top等以外再加上-rerun *.tpr（上面的*要换成实际的文件名）。得到edr以后用gmx energy提取potential即可。

Elden、Lord · 发表于 Post on 2022-6-28 09:30:32

snljty2 发表于 2022-6-28 09:09
一个我个人使用的方法，不一定是最佳的。用VMD载入多帧xyz，设置好【每一帧】的盒子尺寸，然后保存成tpr ...

感谢老师，我最初就是在您的帖子中看到这种方法的，但是去找rerun也没找到很详细的说明。请问老师，命令中的mdp文件应该使用哪一种呢？

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