详谈使用Gaussian做势能面扫描

snljty2

Elden、Lord 发表于 2022-6-28 09:30
感谢老师，我最初就是在您的帖子中看到这种方法的，但是去找rerun也没找到很详细的说明。请问老师，命令 ...

随便弄一个就行了，因为不是跑动力学，大部分设置会失效。唯独有一点是由于盒子有巨大的真空区而且计算量极小，个人建议DispCorr设为none，静电和vdW都用cut-off计算并且把cut-off设成足够大。

Elden、Lord

snljty2 发表于 2022-6-28 14:45
随便弄一个就行了，因为不是跑动力学，大部分设置会失效。唯独有一点是由于盒子有巨大的真空区而且计算量 ...

请问老师，我把盒子设置成10 10 10 然后用的是npt.tpr，输入 gmx mdrun -s npt.tpr -rerun *.trr
然后会提示盒子太小   Rerun trajectory frame step 0 time 0.000000 has too small box dimensions  
请问老师这种情况该怎么处理呢？

Elden、Lord

snljty2 发表于 2022-6-28 09:09
一个我个人使用的方法，不一定是最佳的。用VMD载入多帧xyz，设置好【每一帧】的盒子尺寸，然后保存成tpr ...

老师，我保存为trr文件后，再用vmd打开，里面看不到构像。

snljty2

Elden、Lord 发表于 2022-6-29 16:59
老师，我保存为trr文件后，再用vmd打开，里面看不到构像。

trr缺乏原子类型信息，不能直接被VMD查看。这部分你rerun的时候是从tpr里面读的。随便找个有这些信息的文件，比如那个xyz的第一帧，加载到VMD，然后再用addfile把trr加载到这个结构文件里，再删掉第0帧就能看了。上面那个报错，是不是因为你只设了某一帧的盒子尺寸，没有对整个轨迹都设？可以加个循环解决。

Elden、Lord

snljty2 发表于 2022-6-29 18:34
trr缺乏原子类型信息，不能直接被VMD查看。这部分你rerun的时候是从tpr里面读的。随便找个有这些信息的文 ...

老师，我用您说的办法可以看trr了，然后我的盒子尺寸在21个构像中都加了，但是还提示盒子太小。是我的命令有问题吗？我用的gmx -s npt.tpr -rerun *.trr 。

Dolantin

求问在柔性扫描实例4中“由于涉及到共价键断裂，所以关键词必须用guess(mix,always)”。为啥在柔性扫描实例3：辅助寻找乙醇脱水的过渡态 没有加上关键词guess(mix,always)，实例3中不是也涉及到共价键的断裂吗

sobereva

Dolantin 发表于 2022-12-8 22:02
求问在柔性扫描实例4中“由于涉及到共价键断裂，所以关键词必须用guess(mix,always)”。为啥在柔性扫描实例 ...

绝对不是所有涉及共价键断裂的反应过程都会涉及到对称破缺单重态。乙醇脱水整个反应过程都是闭壳层，旧的共价键断裂时还形成了新的共价键。

Dolantin

sobereva 发表于 2022-12-9 05:19
绝对不是所有涉及共价键断裂的反应过程都会涉及到对称破缺单重态。乙醇脱水整个反应过程都是闭壳层，旧的 ...

学到了，谢谢卢老师

a-Student

老师，打扰您一下，有个小问题就不单独发帖了，如图，在做势能曲线时采用柔性扫描，基态势能曲线极小点到激发态极小点之间，这个过程是不是激发能，我有几个理解：
1.如果选择的都是基态优化好的结构，基于这个结构去分别扫描基态和激发态的势能曲线，则对应的是激发能。
2.如果基态势能曲线用的基态优化好的结构去扫描，而激发态势能曲线用激发态优化好的结构去扫描，则对应的是绝热激发能。
但是在博文473中描述，在柔性扫描中，每次按照你的要求而改变特定几何参数时，做的不是单点计算而是限制性优化，即没有被扫描的变量都会被优化以使得体系能量尽可能低，相当于允许这些变量自发地弛豫（relax），意思是柔性扫描实际上是对分子做限制性优化，那么扫描基态和激发态势能曲线无论选择哪一态（基态还是激发态）结构作为基础结构扫描，对应的应该都是绝热激发能了。（1）请问老师，我这样理解是否正确？柔性扫描时.
（2）如果是基于基态优化好的结构进行td opt=modredundant，Gaussian计算的顺序是先几何变化一步就优化一次基态结构在进行计算td energy 能量计算吗？
请老师指正。谢谢老师

wzkchem5

a-Student 发表于 2023-4-11 13:17
老师，打扰您一下，有个小问题就不单独发帖了，如图，在做势能曲线时采用柔性扫描，基态势能曲线极小点到激 ...

绝热激发能要求的是非限制性优化。一般说优化默认指完全不做任何限制的优化。
td opt优化的是激发态结构，不涉及优化基态结构（这个和是否有=modredundant无关）

a-Student

wzkchem5 发表于 2023-4-11 20:30
绝热激发能要求的是非限制性优化。一般说优化默认指完全不做任何限制的优化。
td opt优化的是激发态结构 ...

谢谢您，老师我还有一个问题，在做激发能计算时，在基态结构基础上算td energy单点任务得到的是激发能，那上面那个图激发态势能曲线我用的优化好激发态结构做的，基态势能曲线用的是优化好的基态结构做的，那这两个极小点能量之差是激发能吗？因为您说绝热激发能要求的是非限制性优化，柔性扫描是限制性优化，所以我由点不明白，再次麻烦您。

wzkchem5

a-Student 发表于 2023-4-11 14:44
谢谢您，老师我还有一个问题，在做激发能计算时，在基态结构基础上算td energy单点任务得到的是激发能， ...

当扫描步长无限小时，两条势能曲线的极小值点的差是绝热激发能。此时相当于你虽然做的所有计算都是限制性优化，但是你限制的那个方向改为用“画出势能曲线然后用肉眼找极小值点”这种原始方法做了优化，所以每个方向上都做了优化，结果等价于非限制性优化。
实际上扫描步长不是无限小，因此两条势能曲线的极小值点的差近似等于绝热激发能，但一般不严格等于。

赤赤媛

Novice 发表于 2019-4-1 09:10
用Atom List Editor修改内坐标定义要扫描的两面角

1    显示原子编号,以便观察两面角    GaussView Vi ...

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一条君

老师，请问2.5 刚性扫描实例4：同时扫描水分子的键长与键角中，用B3LYP/def2SVP得到的水的键角是103度，我用B3LYP/6-311g**在真空或水溶剂中也是103度，但是公认的键角是104.5左右，这种结构优化的误差是可以接受的吗？
方法改成B3LYP/def2tzvp后，水溶剂中水的键角为104.3，是否说明一般建议的结构优化方法应该建议B3LYP/def2tzvp呢？

sobereva

一条君 发表于 2023-7-17 11:22
老师，请问2.5 刚性扫描实例4：同时扫描水分子的键长与键角中，用B3LYP/def2SVP得到的水的键角是103度，我 ...

水相中水的键角实验没法测
相差1度根本不算什么事。def2-TZVP那么昂贵的基组用Gaussian优化50原子体系以上都老费劲了。若对精度要求高、嫌def2-SVP low，对于较大体系撑死了用def2-TZVP(-f)或def-TZVP也就够了。而且没有任何理论方法没有误差，讨论基组本身精度必须结合精度尽可能高的理论方法，只结合B3LYP不能说明问题，或者去跟接近完备基组极限的基组对比，例如和def2-QZVP对比。