CentOS7下安装GROMACS（GPU+AVX512）的经历分享

wolfli369 · 发表于 Post on 2019-7-11 10:32:26

本帖最后由 wolfli369 于 2019-7-11 10:40 编辑

你好，我是做膜分离的，刚接触gromacs, 能否交个朋友

mol · 发表于 Post on 2019-7-16 19:14:36

lz您好，帮你补充下，安装好gcc后需要重启下才管用^_^

wolfli369 · 发表于 Post on 2019-7-18 09:45:24

您好，我是做无机膜分离的，能认识一下吗？

naoki · 发表于 Post on 2019-7-23 12:53:24

EdwardLimit 发表于 2019-6-12 10:39
您好，我也是做膜过程分子模拟的，现在也是出于win舒适区向linux过度的阶段，能加个好友交流吗？

欢迎交流讨论~我也是个新手

naoki · 发表于 Post on 2019-7-23 12:54:44

wolfli369 发表于 2019-7-18 09:45
您好，我是做无机膜分离的，能认识一下吗？

欢迎交流讨论~无机膜我也不太懂

wolfli369 · 发表于 Post on 2019-8-1 09:23:18

仍然谢谢你

Daniel_Arndt · 发表于 Post on 2019-10-30 08:40:31

sobereva 发表于 2019-5-7 08:58
可以测试都用openmp和threadMPI的情况（分别用-ntomp和-ntmpi指定多少核用这两种方式并行）。threadMPI是 ...

请问一下，我在超算上编译gromacs时使用了超算工作人员提供的openmp 2.0.2。编译gromacs时使用了“-DGMX_MPI=ON”。我发现编译过程中的输出里面有这么一句：“MPI is not compatible with thread-MPI. Disabling thread-MPI”，是不是就意味着我编译出来的gmx_mpi不可以使用“-ntmpi”这个参数了？

sobereva · 发表于 Post on 2019-10-31 06:19:00

Daniel_Arndt 发表于 2019-10-30 08:40
请问一下，我在超算上编译gromacs时使用了超算工作人员提供的openmp 2.0.2。编译gromacs时使用了“-DGMX_ ...

是

lao7 · 发表于 Post on 2019-12-2 16:42:09

naoki 发表于 2019-5-6 16:48
GROMACS官网：“AVX_512 Skylake-X desktop and Skylake-SP Xeon processors (2017); it will generally ...

我的处理器只支持AVX2_64

lao7 · 发表于 Post on 2019-12-4 21:42:54

我的CPU不支持！第三代V3太老了！

laoman · 发表于 Post on 2019-12-6 08:00:44

gcc的编译有时还会遇到提示说找不到gmp、mpfr和mpc这三个玩意，以前老是傻傻的在网上一个个搜了下载编译，但其实gcc目录下面有个contrlib目录，里面有自动下载依赖库的脚本，直接执行就好了：
[jhli@n78 gcc-5.4.0]$ ./contrib/download_prerequisites

naoki · 发表于 Post on 2019-12-16 10:54:35

laoman 发表于 2019-12-6 08:00
gcc的编译有时还会遇到提示说找不到gmp、mpfr和mpc这三个玩意，以前老是傻傻的在网上一个个搜了下载编译， ...

谢谢补充~

naoki · 发表于 Post on 2019-12-16 10:56:09

lao7 发表于 2019-12-4 21:42
我的CPU不支持！第三代V3太老了！

我们组还有两颗二代的

lao7 · 发表于 Post on 2019-12-17 20:11:21

naoki 发表于 2019-12-16 10:56
我们组还有两颗二代的

凑乎用吧！懒得折腾换来换去。一年也就用那么两次！开机也就2个月。

jluZ · 发表于 Post on 2020-9-9 18:04:29

你好博主。
因为是新手，所以不是很理解您编译gcc5.5.0的时候，后面语句的意义。
您看您是否愿意给一些注释。或者推荐我一两个网页自己去学习理解。
非常感谢！

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] CentOS7下安装GROMACS（GPU+AVX512）的经历分享

评分 Rate

浏览过的版块