NPT过程水分子越过活性剂跑到真空层里了

realjun.zhou · 发表于 Post on 2019-4-4 11:37:14

本帖最后由 realjun.zhou 于 2019-4-4 11:42 编辑

我模拟的是活性剂分子界面行为，初始结构如图2，运行NPT10n后盒子成了图1。水分子充满了整个盒子，和我之前的结果完全不同。

这次模拟压力耦合改成semiisotropic, 详细见附件3，这么设置主要是想限制盒子在z方向的伸缩。我要怎么设置才能够使水分子处于活性剂下方呢？

wbn · 发表于 Post on 2019-4-5 04:10:19

用NVT啊，用NPT的话那它肯定要把真空部分压缩掉啊

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[GROMACS] NPT过程水分子越过活性剂跑到真空层里了