新手求助MM/PBSA可以在小分子全部电荷为0的时候计算结合能吗

potato · 发表于 Post on 2019-4-12 09:09:31

利用MM/PBSA计算蛋白与配体的结合能，小分子所有原子电荷设为0，我在计算的时候报如下错误IGB (100) must be 0,1,2,5,6,7,8 or 10.，但是IGB的确设为2，此时小分子部分不能进行计算，请问有大神知道该怎么办吗？

sobereva · 发表于 Post on 2019-4-12 10:10:39

“小分子所有原子电荷设为0”毫无意义
如果你不想考虑静电和溶剂贡献部分，读取数据时候不考虑就完了

potato · 发表于 Post on 2019-4-12 10:42:00

sobereva 发表于 2019-4-12 10:10
“小分子所有原子电荷设为0”毫无意义
如果你不想考虑静电和溶剂贡献部分，读取数据时候不考虑就完了

老师，我是想做FEP来着，借用MM/PBSA计算复合物的每个snap的能量，现在有部分alchemical states 小分子原子电荷为0，就算计算中小分子的静电贡献为0是可以接受的，但现在就是不能正常结束，请问老师有什么高招吗

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