请选择 进入手机版 | 继续访问电脑版

计算化学公社

 找回密码
 现在注册!
查看: 1769|回复: 15

[综合交流] 计算RESP原子电荷的超级懒人脚本(一行命令就算出结果)

[复制链接]

2万

帖子

25

威望

2万

eV
积分
46973

管理员

公社社长

发表于 2019-4-17 20:51:35 | 显示全部楼层 |阅读模式
计算RESP原子电荷的超级懒人脚本(一行命令就算出结果)

文/Sobereva@北京科音
First release: 2019-Apr-17  Last update: 2019-May-8

RESP电荷主要优点是特别适合对柔性分子做分子动力学计算。之前笔者写过《RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算》(http://sobereva.com/441)一文,极其详细地介绍了RESP电荷,并结合实际例子充分展现了Multiwfn在计算RESP电荷上的强大性,可谓极度便利而且极度灵活,明显比Antechamber等其它能计算RESP的程序好用、方便得多得多得多。但在网上的答疑过程中,笔者也看到很多要计算RESP电荷的人完全是量子化学外行,甚至GaussView都不会用,Gaussian的关键词一点也不会写,需要一个极度傻瓜化的“一键”工具来计算RESP电荷,为此笔者在这里介绍一个基于Gaussian和Multiwfn的仅仅需要写一条命令就可以算出RESP电荷的Linux环境下的脚本,可谓将RESP电荷的计算极尽简化,不可能做到更简单了。

1 准备工作

在机子里安装Gaussian。不会装的话仔细看《Gaussian的安装方法及运行时的相关问题》(http://sobereva.com/439)。

http://sobereva.com/multiwfn下载Multiwfn,必须是2019-Apr-17及以后的版本。然后严格按照手册2.1.2节说的方式安装到Linux下面。

对Multiwfn目录下的examples\RESP\目录下的RESP.sh根据需要进行恰当的修改。此脚本默认调用的是g09,Gaussian16的用户应当将其中的g09替换为g16。此脚本默认为在B3LYP-D3(BJ)/def2-SVP级别下对结构进行优化,然后在B3LYP-D3(BJ)/def2-TZVP级别下计算单点能同