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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 计算RESP原子电荷的超级懒人脚本(一行命令就算出结果)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-6 07:04:46 | 只看该作者 Only view this author
yaochuang 发表于 2019-10-5 10:28
sob老师,利用orca产生的molden文件结合Multiwfn产生RESP电荷,有没有像Gaussian那样调用cube进行加速的 ...

把ORCA的.molden载入Multiwfn,用主功能100的主功能2转换成fch,重启后再用fch作为输入文件,就可以直接调用cubegen加速静电势计算。
ORCA据我所知没有类似的工具
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2019-12-22 16:28:30 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 snljty 于 2019-12-22 16:32 编辑

请问卢老师,以下观点是否正确。我算了一下感觉是这样。谢谢!
脚本里算单点和拟合静电势一步的色散校正可以是不需要的,因为原理上这对拟合静电势并没有影响。D3色散校正不影响某个结构的波函数。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-12-22 19:40:10 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2019-12-22 16:28
请问卢老师,以下观点是否正确。我算了一下感觉是这样。谢谢!
脚本里算单点和拟合静电势一步的色散校正可 ...

不能这么说

很多情况分子内色散作用会严重影响构象,此时光靠B3LYP没法合理表现,若结构优化明显不合理,最终导致电荷也会不合理。如果任何情况下脚本里加D3都没意义的话显然就不会加了。
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发表于 Post on 2019-12-22 20:03:52 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-12-22 19:40
不能这么说

很多情况分子内色散作用会严重影响构象,此时光靠B3LYP没法合理表现,若结构优化明显不合 ...

卢老师,我是说结构优化用D3,单点和拟合静电势就不写了,这样说对么?谢谢。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-12-22 20:27:35 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2019-12-22 20:03
卢老师,我是说结构优化用D3,单点和拟合静电势就不写了,这样说对么?谢谢。

虽然不影响结果,但也没必要刻意把这个脚本里单点部分的D3去掉
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发表于 Post on 2019-12-22 20:43:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-12-22 20:27
虽然不影响结果,但也没必要刻意把这个脚本里单点部分的D3去掉

我就是想确认下原理上是一样的~谢谢老师的回答!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-2-1 05:20:59 | 只看该作者 Only view this author
今日更新的Multiwfn文件包里的对应本文的脚本进行了更新,并相应地更新了本文。
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发表于 Post on 2020-4-16 22:38:34 | 只看该作者 Only view this author
厉害,学习一下

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发表于 Post on 2020-9-18 08:54:58 | 只看该作者 Only view this author
卢老师好,请问Multiwfn_3,8版本中RESP.sh脚本中高斯计算了3次,第一次是“Running optimization task via Gaussian...”,第二次什么都没有注释,第三次是“echo Running single point task via Gaussian...”,第2次是高斯计算是什么目的,是多余的吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-9-19 09:21:48 | 只看该作者 Only view this author
yang001 发表于 2020-9-18 08:54
卢老师好,请问Multiwfn_3,8版本中RESP.sh脚本中高斯计算了3次,第一次是“Running optimization task via  ...

第二次是多余的,应该是之前调试脚本的时候忘删了,谢谢指出。我已经更新了官网上的Multiwfn 3.8(dev)里的这个脚本,删除了多算的这一次
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发表于 Post on 2020-10-7 11:11:33 | 只看该作者 Only view this author
对脚本编写还不熟悉,空下来得好好学习一下了。社长您好,请教一下,怎么在脚本里添加gaussian的CPU和内存限定词呢?特别是核数多的机子,同时还在运行有任务的,想利用空余的核数计算应该如何实现?谢谢了。

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发表于 Post on 2021-7-23 17:26:28 | 只看该作者 Only view this author
用RESP.sh脚本计算电荷报错,out文件内容如下,请假老师是那里的问题呢。
Gaussian 09:  IA32L-G09RevA.01  8-May-2009
                24-Jul-2021
******************************************
%chk=gau.chk
----------------------------------------------------------------------
# B3LYP/def2TZVP em=GD3BJ scrf(solvent=water) pop=MK IOp(6/33=2,6/42=6
) geom=allcheck guess=read
----------------------------------------------------------------------
QPErr --- A syntax error was detected in the input line.
# B3LYP/def2TZVP em=GD3BJ scrf(solvent=w
         '
Last state="GCL"
TCursr= 1177 LCursr=    8
Error termination via Lnk1e in /home/sbg/g09/l1.exe at Sat Jul 24 17:14:48 2021.
Job cpu time:  0 days  0 hours  0 minutes  0.1 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=      1 Int=      0 D2E=      0 Chk=      1 Scr=      1

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发表于 Post on 2021-7-23 21:19:55 | 只看该作者 Only view this author
sun666 发表于 2021-7-23 17:26
用RESP.sh脚本计算电荷报错,out文件内容如下,请假老师是那里的问题呢。
Gaussian 09:  IA32L-G09RevA.0 ...

http://bbs.keinsci.com/thread-20395-1-1.html

看2楼和3楼
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-23 23:28:57 | 只看该作者 Only view this author
sun666 发表于 2021-7-23 17:26
用RESP.sh脚本计算电荷报错,out文件内容如下,请假老师是那里的问题呢。
Gaussian 09:  IA32L-G09RevA.0 ...

Gaussian太老
要么换更新Gaussian版本,要么去掉脚本里的em=GD3BJ。本文已经明确说了

注意Gaussian09 D.01版本之前不支持DFT-D3校正,因此用老版本者应当把脚本里em=GD3BJ关键词取消,相关信息看《DFT-D色散校正的使用》(http://sobereva.com/210)。


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发表于 Post on 2021-7-27 22:21:46 | 只看该作者 Only view this author
多谢社长的脚本,使用过程中发现两个小问题,还向社长请教!

1.直接执行脚本 “./RESP.sh abc.pdb -1 0”,
  高斯报错“FileIO operation on non-existent file.”
  看了一下,怀疑是和 $keyword_SP geom=allcheck guess=read 有关;

2.对 $keyword_SP geom=allcheck guess=read 进行修改
   只改为 $keyword_SP
   高斯报错为电荷和自旋多重度的信息读不到

请问有什么解决的思路吗,多谢!

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