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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 计算RESP原子电荷的超级懒人脚本(一行命令就算出结果)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-28 01:20:12 | 只看该作者 Only view this author
CCmaters 发表于 2021-7-27 22:21
多谢社长的脚本,使用过程中发现两个小问题,还向社长请教!

1.直接执行脚本 “./RESP.sh abc.pdb -1 0 ...

1 修改脚本保留中间产生的Gaussian输出文件 ,看是否运行有出错的地方
正常情况下不会有这种报错

2 不要做这种修改
非要改的话,必须输入文件里直接提供坐标、电荷、自旋多重度
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发表于 Post on 2021-11-7 10:47:25 | 只看该作者 Only view this author
请问sob老师,这个脚本是默认使用1个核来计算吗

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-7 23:19:46 | 只看该作者 Only view this author
nwafu-zc 发表于 2021-11-7 10:47
请问sob老师,这个脚本是默认使用1个核来计算吗

看你Default.Route怎么设的
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-6 06:30:38 | 只看该作者 Only view this author
今日更新的Multiwfn文件包里加入了RESP_noopt.sh脚本,此脚本和RESP.sh用法完全一样,只不过不自动做优化,免得输入文件里结构已经足够理想了但还再做优化白浪费时间。
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发表于 Post on 2022-10-22 22:34:23 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好,最近在整理使用resp电荷进行模拟的相关知识。
由于我做resp电荷拟合是为了做蛋白-配体的MD模拟。所以想请问老师我这样的步骤可行吗?
对于GROMACS:
1.小分子先用sobtop或acpype生成拓扑相关文件
2.利用RESP懒人脚本对小分子的mol2生成chg文件,将最后一列的电荷替换小分子的itp的atoms列的电荷列。并在总拓扑文件中include。

对于Amber:(主要是对这个过程有疑惑,不清楚对不对)
小分子mol2用懒人脚本生成chg文件,将最后一列的电荷替换mol2文件的最后一列。
使用parmchk2对mol2文件生成frcmod文件。
在tleap中load小分子与parm文件后再生成小分子的拓扑文件。

老师您看这样可以吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-23 04:11:36 | 只看该作者 Only view this author
Ryanchen 发表于 2022-10-22 22:34
sob老师您好,最近在整理使用resp电荷进行模拟的相关知识。
由于我做resp电荷拟合是为了做蛋白-配体的MD模 ...

我如今不怎么用Amber
产生gmx拓扑文件后也可以用parmED之类转成AMBER的格式
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发表于 Post on 2022-10-23 09:41:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-10-23 04:11
我如今不怎么用Amber
产生gmx拓扑文件后也可以用parmED之类转成AMBER的格式

明白了,谢谢老师指导!

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发表于 Post on 2022-11-2 10:24:05 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-4-18 17:36
可以修改下脚本,检查一下中间产生的Gaussian输入输出文件。注意一定得是最新的Multiwfn版本

老师,这个懒人脚本对windows系统能用吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-3 08:38:49 | 只看该作者 Only view this author
ZHIMING123 发表于 2022-11-2 10:24
老师,这个懒人脚本对windows系统能用吗?

在cmder模拟的bash环境下,或者在虚拟机下都能用
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发表于 Post on 2022-11-3 10:57:10 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-10-23 04:11
我如今不怎么用Amber
产生gmx拓扑文件后也可以用parmED之类转成AMBER的格式

老师,我用sob生成小分子立场文件,itp文件不加原子电荷那块行吗?(我看您说算resp然后加上),能正常跑就是不知道会不会影响结果?

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ZHIMING123 发表于 2022-11-3 10:57
老师,我用sob生成小分子立场文件,itp文件不加原子电荷那块行吗?(我看您说算resp然后加上),能正常跑 ...

没有叫sob的程序

没有原子电荷怎么描述静电相互作用
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发表于 Post on 2022-11-4 11:11:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-11-4 07:52
没有叫sob的程序

没有原子电荷怎么描述静电相互作用

是sobtop生成amber力场的小分子文件,但是itp里原子电荷那列都是0,然后我就拿去动力学了,目前到npt结束一直正常,不知道会不会影响结果

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发表于 Post on 2022-11-4 12:22:15 | 只看该作者 Only view this author
ZHIMING123 发表于 2022-11-4 11:11
是sobtop生成amber力场的小分子文件,但是itp里原子电荷那列都是0,然后我就拿去动力学了,目前到npt结束 ...

当然不对啊,电荷是非常重要的啊。
简单的一个例子,如果所有的电荷都是0,那你如何区别难溶于水三乙胺和易溶于水三乙胺盐酸盐的阳离子部分。
又菜又爱玩

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-6 09:29:34 | 只看该作者 Only view this author
ZHIMING123 发表于 2022-11-4 11:11
是sobtop生成amber力场的小分子文件,但是itp里原子电荷那列都是0,然后我就拿去动力学了,目前到npt结束 ...

结果没意义
诸如模拟水的时候所有原子电荷都为0,相当于氢键都完全无法描述,标况下水就全蒸发了
不要以为不报错结果就能用
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发表于 Post on 2022-11-6 10:56:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-11-6 09:29
结果没意义
诸如模拟水的时候所有原子电荷都为0,相当于氢键都完全无法描述,标况下水就全蒸发了
不要 ...

好的,谢谢老师,老师,我看您说用1fs可以不加约束去做nvt、npt,然后我做了也没有报错,那我想问您跑md那步也是1fs 不加约束吗?还是说可以2fs加约束?

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