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[Amber] 请问如何将amber计算轨迹后的每一帧都叠加到一张图里面

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在公社的帮助下已经解决了MD的运行和设置问题,谢谢大家的帮助。
这里有个新的问题。
最近期再做小分子在不同突变酶里面的模拟,得到了结果。想把2ns的模拟结果的轨迹叠加在一起。请问有软件可以实现这个功能吗?
类似于这中图片,还有一个问题,如何用统计的方法来表述我蛋白质中的小分子确实已经出现在了两种不同的分子构型?谢谢



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发表于 Post on 2019-4-26 10:57:35 | 只看该作者 Only view this author



“两种不同的分子构型”指代不明
如果你是指出现了两种构象,用对某个特征性的几何参数绘制随时间变化的图像,或者进行分布统计来说明这点。或者对小分子进行叠合(align)后,把所有帧叠加到一起显示也可以体现
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-4-26 11:12:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-4-26 10:57
“两种不同的分子构型”指代不明
如果你是指出现了两种构象,用对某个特征性的几何参数绘制随时间变 ...

您好:
我并没有参见GROMACS的培训班,今年才接触的MD,赶不上6月的培训。
这个是VMD软件吗? 能说的再具体一些吗
谢谢

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发表于 Post on 2019-4-27 01:22:09 | 只看该作者 Only view this author
delbert 发表于 2019-4-26 11:12
您好:
我并没有参见GROMACS的培训班,今年才接触的MD,赶不上6月的培训。
这个是VMD软件吗? 能说的再 ...

显然是
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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