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[GROMACS] 在跑完氯化铵与乙醇胺的反应后,怎么求出它的吉布斯自由能?

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请问老师我在跑完氯化铵与乙醇胺的反应后,怎么求出它的吉布斯自由能呢?

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发表于 Post on 2019-4-29 15:38:29 | 只看该作者 Only view this author
问题不明确
GROMACS根本不支持反应力场,怎么跑的反应?自由能具体指什么自由能?
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-4-30 08:13:38 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,我用的是AMBER力场,最后想测一个吉布斯自由能。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-2 22:54:24 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,GROMACS不支持反应力场是什么意思啊?

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发表于 Post on 2019-5-3 06:44:29 | 只看该作者 Only view this author
模拟小菜鸟 发表于 2019-5-2 22:54
请问老师,GROMACS不支持反应力场是什么意思啊?

gromacs里支持的力场都是那些在模拟过程中要求键连关系保持不变的力场,没法研究MD过程的化学反应。反应力场才能描述这类问题,比如ReaxFF力场,lammps支持

吉布斯自由能你还是没说清楚,一般能算的是溶解自由能、反应对应的自由能变(需要反应力场或从头算动力学)等等。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-4 21:20:52 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,我想问的就是反应对应的自由能变

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发表于 Post on 2019-5-5 06:44:36 | 只看该作者 Only view this author
模拟小菜鸟 发表于 2019-5-4 21:20
老师您好,我想问的就是反应对应的自由能变

GROMACS没法研究这个,原因前面说了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-5 16:35:01 | 只看该作者 Only view this author
我明白了,谢谢老师!

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