第一性原理计算学习资料链接大全 （更新中）

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title: 第一性原理计算学习资料链接大全 （更新中）date: 2019-05-01author: Jincheng Liucategories:- 理论计算化学tags:- 第一性原理计算- 链接

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晶体结构数据库：

（1）ICSD – the Inorganic Crystal Structure Database

无机晶体数据库。

http://www2.fiz-karlsruhe.de/icsd_home.html

（2）CCDC – The Cambridge Crystallographic Data Centre

剑桥晶体数据库

https://www.ccdc.cam.ac.uk/

（3） COD – 开放晶体结构数据库（Crystallography Open Database）

http://www.crystallography.net/cod/

（4） Materials Project（强烈推荐）

https://materialsproject.org/

（5） AMCSD – American Mineralogist Crystal Structure Database，美国矿物质晶体结构数据库

http://rruff.geo.arizona.edu/AMS/amcsd.php，

（6）AFLOW：http://www.aflowlib.org/

（7）拓扑材料：（该部分内容参考：http://blog.sciencenet.cn/blog-1502061-1130705.html）

Materiae ：http://materiae.iphy.ac.cn/#/

Topological Materials Arsenal：https://ccmp.nju.edu.cn/

Topological Materials Database: http://topologicalquantumchemistry.org/#/

（8）二维材料：

Materials Cloud：https://www.materialscloud.org/discover/2dstructures/dashboard/ptable

2D Materials：https://materialsweb.org/twodmaterials

（9）超导材料：

第I类超导体：http://www.superconductors.org/Type1.htm

第II类超导体：http://www.superconductors.org/Type2.htm

（10）磁结构数据库：

MAGNDATA: http://webbdcrista1.ehu.es/magndata/index.php?show_db=1

相关第一性原理计算程序主页

VASP: Vienna Ab-initio Simulation Package主页：www.vasp.at

VASP官网vasp简介：https://www.vasp.at/index.php/about-vasp/59-about-vasp

CP2K主页： www.cp2k.org

Quantum espresso 主页：https://www.quantum-espresso.org/

abinit主页：https://www.abinit.org/

Castep主页：http://www.castep.org/

MS的介绍可以到创腾科技的网站上看：http://www.neotrident.com/product/detail.aspx?id=9

VESTA：http://jp-minerals.org/vesta/en/

Jmol：http://jmol.sourceforge.net/

VASPKIT：http://vaspkit.sourceforge.net/

VASPKIT手册：https://tamaswells.github.io/VASPKIT_manual/manual0.73/vaspkit-manual-0.73.html

qvasp：https://sourceforge.net/projects/qvasp/

VTST脚本库：http://theory.cm.utexas.edu/vasp/scripts.html

P4vasp：http://www.p4vasp.at

wxDragon：http://www.wxdragon.de/

phonopy：https://atztogo.github.io/phonopy/

phono3py：https://atztogo.github.io/phono3py/

Atomic Simulation Environment：https://wiki.fysik.dtu.dk/ase/

Pymatgen (Python Materials Genomics) ：https://pymatgen.org/

CatMap：https://catmap.readthedocs.io/

Lobster：http://schmeling.ac.rwth-aachen.de/cohp/index.php?menuID=6

Periodic NBO：https://schmidt.chem.wisc.edu/nbosoftware

ssAdNDP：http://ion.chem.usu.edu/~boldyrev/ssadndp.php

Wannier90：http://www.wannier.org/

BoltzTraP：https://www.imc.tuwien.ac.at/forschungsbereich_theoretische_chemie/forschungsgruppen/prof_dr_gkh_madsen_theoretical_materials_chemistry/boltztrap/

学习资料：

VASP英文学习资料，VASP官网（可能需要翻墙） documentaion：

https://www.vasp.at/index.php/documentation

最新的VASP workshop（推荐）：

2017年：http://cms.mpi.univie.ac.at/wiki/index.php/VASP_workshop

2016年：http://cms.mpi.univie.ac.at/wiki/index.php/NERSC_Berkeley_2016

A 3-day VASP Workshop at NERSC （2016）：

https://www.bilibili.com/video/av50761532?from=search&seid=301275256182197154

http://www.nersc.gov/users/training/events/3-day-vasp-workshop/

文档资料链接：https://pan.baidu.com/s/1w5drGqQtWT6dWznk_l9uig 提取码：6pb5

National Energy Research Scientific Computing Center，这是VASP更新5.4版本以后，由VASP作者之一Martijn Marsman讲解的，适合有一定基础的同学看，有配套的ppt和完整的视频。

VASP Workshop （2014）：

美国布鲁克黑文国家实验室（Brookhaven National Laboratory，简称BNL） 举行的vasp workshop，更为详细内容也更为丰富。

https://wiki.bnl.gov/CFN-Computation/index.php/Workshop2014

网盘：链接：https://pan.baidu.com/s/1-Wv6TtAoapS-W1KiA2eh1Q 密码：0nnn

VASPwiki上所有的计算案例：

https://cms.mpi.univie.ac.at/wiki/index.php/Category:Examples

VASP官方论坛：（需要vasp license注册）

https://cms.mpi.univie.ac.at/vasp-forum/forum.php

最好的中文资料：大师兄科研网

http://www.bigbrosci.com

VASP 0基础入门中文视频资料：

https://space.bilibili.com/45550176/#/

第一性原理计算相关博文专栏：

学术之友微信公众号和知乎专栏：https://zhuanlan.zhihu.com/gangtangdft

兰一CP2k知乎专栏：https://zhuanlan.zhihu.com/cp2k-tutorial

一个人就是一个叠加态（Li pai）：http://blog.sina.com.cn/lipai91

ruichun xiao：http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=1502061

yunhai Li：http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=2909108

jicun Li：http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=548663

Pengfei Liu: http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=3352196

zheyong fan：http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=3102863

zhaofu zhang: http://blog.sciencenet.cn/u/zhangfrank

zhibin gao：http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=1524047

xiaoxia yu：http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=3222255

zhiqiang zhao：http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=3388193

lingju guo：http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=478347

Jin-Cheng Liu：http://blog.wangruixing.cn/

叶小球：http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=567091

Nan Xu github：https://github.com/tamaswells

QijingZheng github：https://github.com/QijingZheng

Chenists github：https://github.com/Chenists/VASP

ChengCheng Xiao github：https://github.com/Chengcheng-Xiao?tab=repositories

ShaoZhengjiang github：https://github.com/PytLab

量子化学学习网站：

思想家公社的门口:

http://sobereva.com

谈谈学量子化学如何正确地入门:

http://sobereva.com/355

计算化学公社论坛：

http://bbs.keinsci.com/forum.php

补充内容

单位转化：

http://www.colby.edu/chemistry/PChem/Hartree.html

https://www.unitconverters.net/length-converter.html

狄拉克符号：

https://en.wikipedia.org/wiki/Bra%E2%80%93ket_notation

算符：

https://en.wikipedia.org/wiki/Operator_(physics)

VASP中所支持的GGA泛函:

http://cms.mpi.univie.ac.at/wiki/index.php/GGA

空间群对称性和其布里渊区的信息：http://cryst.ehu.es/

http://www.cryst.ehu.es/cryst/get_kvec.html

看布里渊区和自动生成高对称点路径的网站:

https://www.materialscloud.org/work/tools/seekpath

ISMEAR，SIGMA控制如何处理费米能级附近，分数占据的轨道和能级的展宽。

vaspwiki:http://cms.mpi.univie.ac.at/wiki/index.php/ISMEAR

简单的原理介绍：https://docs.quantumwise.com/v2017/manuals/technicalnotes/occupation_methods/occupation_methods.html

傅里叶变换科普:

https://zhuanlan.zhihu.com/p/19763358

关于VASP电子步能量输出内容的细节的讨论：

https://cms.mpi.univie.ac.at/vasp-forum/viewtopic.php?t=273

pyscf

补充一个QVASP from Wencai Yi
http://www.goscience.cn/user/uservideo?id=195

alonewolfyang

pyscf 发表于 2019-5-4 06:12
补充一个QVASP from Wencai Yi
http://www.goscience.cn/user/uservideo?id=195

啥玩意？还要买的？

Novice

A 3-day VASP Workshop at NERSC （2016）百度盘链接失效。。。