巨大体系的范德华表面静电势图的快速绘制方法

beidiwu · 发表于 Post on 2021-4-9 08:48:09

社长您好，我在尝试用该方法计算离子态有机物，得出的结果似乎丢失了电荷信息。按步骤生成xyz文件，fch文件似乎均按照charge 0, spin 2再进行下一步。请问是哪里出了问题？

sobereva · 发表于 Post on 2021-4-12 09:06:26

beidiwu 发表于 2021-4-9 08:48
社长您好，我在尝试用该方法计算离子态有机物，得出的结果似乎丢失了电荷信息。按步骤生成xyz文件，fch文件 ...

看不懂你的意思
确保xtb计算时候明确设定了实际的电荷和自旋多重度，并且确保之后Multiwfn载入xtb产生的molden.input文件后屏幕上正确提示了此体系的电荷和自旋多重度

JZS12345 · 发表于 Post on 2021-4-24 09:46:49

sob老师，您好！请问一下按这种方法（主功能5）计算出来的静电势和主功能12计算出来的表面静电势的异同点在哪里。PS：我现在想从静电势分析两个物质结合的难易程度

sobereva · 发表于 Post on 2021-4-24 11:52:43

JZS12345 发表于 2021-4-24 09:46
sob老师，您好！请问一下按这种方法（主功能5）计算出来的静电势和主功能12计算出来的表面静电势的异同点在 ...

主功能5本身是计算静电势格点数据的，即计算一个矩形区域内均匀分布的各个点的静电势。而主功能12才是计算分子表面上各个点的静电势。目的和用处完全不同。

JZS12345 · 发表于 Post on 2021-4-24 20:03:23

sobereva 发表于 2021-4-24 11:52
主功能5本身是计算静电势格点数据的，即计算一个矩形区域内均匀分布的各个点的静电势。而主功能12才是计 ...

好的，谢谢sob老师

mol · 发表于 Post on 2022-4-11 10:20:20

sobereva 发表于 2020-6-27 17:55
悬
如果愣算的话，可能需要给很大内存cubegen才能工作
如果你非要算的话，建议先用比如1700原子左右的 ...

sob老师好，最近想用chg文件结合功能5计算分子表面各个静电势区域的面积分布，但是体系较大，2000多原子，出现如下错误，请问有什么好的建议么，多谢。
Spatial range of grid data:
X is from 50.1911  to  125.0999 Bohr
Y is from 39.0417  to  148.3246 Bohr
Z is from 4.2330  to 96.7351 Bohr
The number of point in x,y,z: 301 438 371  Total:  48911898

Calculating grid data of electron density...
Note: Promolecular approximation is used
Note: All exponential functions exp(x) with x< -40.000 will be ignored
Progress: [##################################################]  100.00 %    /
Calculation of grid data took up wall clock time       37 s

The number of boundary cubes:          926527
The number of corners of boundary cubes: 1849560
Generating isosurface by Marching Tetrahedra algorithm, please wait...
The number of surface vertices (V): 2745878
The number of surface edges (E):    8237514
The number of triangular facets (F): 5491676
V+F-E-2=       38
Warning: V+F-E-2=0 is violated! Probably grid spacing is too large or the isosurface is not closed
Volume enclosed by the isosurface:170683.80325 Bohr^3  (********** Angstrom^3)
Among all surface vertices:
Min-X:    27.2773  Max-X: 65.7392 Angstrom
Min-Y:    21.4109  Max-Y: 77.8648 Angstrom
Min-Z:    2.8069  Max-Z: 50.7219 Angstrom

Eliminating redundant surface vertices...
After elimination, V= 830465,  E=  2491276,  F=  1660850,  V+F-E-2= 37
Isosurface area: 38573.07375 Bohr^2  (********** Angstrom^2)
Sphericity:  0.3858

Calculating electrostatic potential at surface vertices, please wait patiently

Initializing LIBRETA library (fast version) for ESP evaluation ...

Intel MKL ERROR: Parameter 8 was incorrect on entry to DGEMM .
forrtl: severe (41): insufficient virtual memory

sobereva · 发表于 Post on 2022-4-11 18:46:44

mol 发表于 2022-4-11 10:20
sob老师好，最近想用chg文件结合功能5计算分子表面各个静电势区域的面积分布，但是体系较大，2000多原子 ...

说明具体用的输入文件，以及怎么操作的

mol · 发表于 Post on 2022-4-12 16:44:01

sobereva 发表于 2022-4-11 18:46
说明具体用的输入文件，以及怎么操作的

sob老师好，输入文件是chg文件，2786个原子，包括四列，原子名，x,y,z,charge。
muliwfn3.8中依次输入：
12
0
产生以上错误信息

sobereva · 发表于 Post on 2022-4-12 16:58:10

mol 发表于 2022-4-12 16:44
sob老师好，输入文件是chg文件，2786个原子，包括四列，原子名，x,y,z,charge。
muliwfn3.8中依次输入： ...

chg文件不包含波函数信息，所以12-0之后没法正常产生分子表面

mol · 发表于 Post on 2022-4-12 17:00:04

sobereva 发表于 2022-4-12 16:58
chg文件不包含波函数信息，所以12-0之后没法正常产生分子表面

酱紫，那像这种情况有比较好的处理方法吗

sobereva · 发表于 Post on 2022-4-13 04:45:25

mol 发表于 2022-4-12 17:00
酱紫，那像这种情况有比较好的处理方法吗

看此文
基于原子电荷极快速绘制超大体系的分子表面静电势图
http://sobereva.com/639（http://bbs.keinsci.com/thread-28913-1-1.html）

mol · 发表于 Post on 2022-4-13 08:38:36

sobereva 发表于 2022-4-13 04:45
看此文
基于原子电荷极快速绘制超大体系的分子表面静电势图
http://sobereva.com/639（http://bbs.kein ...

非常感谢sob老师！

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