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[Lammps] 经验之谈,如何解决:Out of range atoms - cannot compute PPPM

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发表于 2019-5-15 06:11:59 | 显示全部楼层 |阅读模式
最近刚开始学习LAMMPS,遇到 Out of range atoms - cannot compute PPPM 问题时,不知道是什么原因,在网上也找不到有效的解决办法。一般的经验之谈是减小步长,和导师交流了一下,我导师也告诉我减小步长去算,结果就是治标不治本。
经过一天的试验摸索后,我得出结论:Out of range atoms 的错误根本在于分子在趋近平衡的运动过程中有分子重叠了,减小步长的结果就是在计算足够时间后还是会重叠,只不过步数变长了。
我尝试的解决办法是重新定义box size,具体看报错之前的box size或者Lx,y,z是多少,然后将体系的box size设置大概在那个范围内,然后重新run,就可以了。

以下是我的Debug过程:Lx,y,z设置为40时,减小步长还是会报错,大致报错前输出的Lx为25~左右,然后我设置Lx为20或30后,就没再报错。
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 楼主| 发表于 2019-7-9 03:44:30 | 显示全部楼层
本帖最后由 SherryLiu 于 2019-7-9 03:53 编辑

补更,最近随着慢慢深入了解 LAMMPS 中的 Force Field 以及 LAMMPS in.file 的书写规则,发现其实出现上述问题是因为在 in.file 中设置 kspace_style pppm 这一项 (当然,其实错误提示中已经告诉了是这一项,但当时自己对 LAMMPS 的理解尚浅,不知道到底是哪错了)。

在 LAMMPS 手册中有写明 pair_style lj/cut/coul/long (既计算L-J势能又计算库仑力)跟 kspace_style ewald or pppm 配对使用,效果等同于 pair_style lj/cut/coul/cut,具体如下所述:Styles lj/cut/coul/long and lj/cut/coul/msm compute the same Coulombic interactions as style lj/cut/coul/cut except that an additional damping factor is applied to the Coulombic term so it can be used in conjunction with the kspace_style command and its ewald or pppmoption. The Coulombic cutoff specified for this style means that pairwise interactions within this distance are computed directly; interactions outside that distance are computed in reciprocal space.


所以在 Equilibrate stage 的 in.file 中 pair_style 设置为 lj/cut/coul/cut,而在 Production Run 阶段改为 pair_style lj/cut/coul/long + kspace_style pppm 0.0001。
附上我在 LAMMPS 中使用 OPLS-AA 力场的 in.file 脚本 (计算的力场参数来源于LigGenPar):
    units real
    boundary p p p
    atom_style full
  # interaction styles
    bond_style harmonic
    angle_style harmonic
    dihedral_style opls
  # improper_style cvff
    pair_style lj/cut/coul/cut 15.0
    pair_modify mix geometric tail yes
  # OPLS considers 1-4 interactions with 50%.
    special_bonds lj/coul 0.0 0.0 0.5
    neighbor 2.0 bin
    neigh_modify every 5 delay 0 check yes   
  # kspace_style pppm 0.0001

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发表于 2019-7-30 20:14:01 | 显示全部楼层
SherryLiu 发表于 2019-7-9 03:44
补更,最近随着慢慢深入了解 LAMMPS 中的 Force Field 以及 LAMMPS in.file 的书写规则,发现其实出现上述 ...

楼主 你好 我也遇到了这样的问题 您的意思是应该在初始阶段不使用kspace_style pppm命令吗?

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 楼主| 发表于 2019-7-31 03:51:44 | 显示全部楼层
wangyf 发表于 2019-7-30 20:14
楼主 你好 我也遇到了这样的问题 您的意思是应该在初始阶段不使用kspace_style pppm命令吗?

对的 在没平衡之前不使用 kspace_style 的命令

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发表于 2019-7-31 10:03:37 | 显示全部楼层
SherryLiu 发表于 2019-7-31 03:51
对的 在没平衡之前不使用 kspace_style 的命令

好的 十分感谢!
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