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[GROMACS] 体系是否平衡与计算RDF问题

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发表于 2019-5-15 21:18:55 | 显示全部楼层 |阅读模式
背景:有机分子A+有机溶剂B+水体系,以B改善A的分散稳定性
(1)目前有点迷糊如何判断体系已经达到平衡?上个帖子Sob老师说可以计算A的sasa,或者氢键之类的:A的sasa图是这样的 3.png :然后我又计算了B的sasa 1.png 以及B和水之间的氢键数目 2.png :这两张图可以说体系大约在5ns已经达到平衡了吗?A的sasa图该怎么解释?(目前小服务器跑的,体系比较小,跑了em-nvt-npt-md)
(2)RDF的计算是不是计算体系达到平衡后的时间段才有意义?
(3)感谢解答!

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发表于 2019-5-16 00:20:45 | 显示全部楼层
1
5ns基本平衡了
A没什么好解释的
2 是
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 楼主| 发表于 2019-5-16 08:33:53 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-5-16 00:20
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5ns基本平衡了
A没什么好解释的

好的,谢谢sob老师!
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