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[文献推荐] 一篇全面测试Autodock、Vina和其它程序对接精度的文章(JCIM,2018)

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发表于 Post on 2019-5-17 05:59:04 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
用知名的CASF测试集测试了最主流的对接程序Autodock和后来的Vina,并与其它主流对接程序的精度做了对比,测试和讨论全面充分,文章有普遍意义,值得一看。
Evaluation of AutoDock and AutoDock Vina on the CASF-2013 Benchmark
Thomas Gaillard
J. Chem. Inf. Model. 2018, 58, 1697−1706

Evaluation of AutoDock and AutoDock Vina on the CASF-2013 Benchmark.pdf (1.94 MB, 下载次数 Times of downloads: 437)

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发表于 Post on 2019-5-17 08:10:53 | 显示全部楼层 Show all
谢谢社长的分享!

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发表于 Post on 2019-5-17 10:12:50 | 显示全部楼层 Show all
2018年度实际D3R竞赛测试下来 vina的表现烂得掉渣...

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发表于 Post on 2019-5-17 11:00:22 | 显示全部楼层 Show all
里面用到的DS和SYBYL的一推打分函数,实际都是不怎末用的。当然显得vina的能力很强。
比较对接能力(结合pose的RMSD),免费软件里面还是LEdock最强。

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发表于 Post on 2019-5-17 12:27:57 | 显示全部楼层 Show all
caohuiming 发表于 2019-5-17 11:00
里面用到的DS和SYBYL的一推打分函数,实际都是不怎末用的。当然显得vina的能力很强。
比较对接能力(结合p ...

那包括收费软件的话,哪款软件精度好一点,有相关的文献吗?

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发表于 Post on 2019-5-17 12:45:47 | 显示全部楼层 Show all
cokoy 发表于 2019-5-17 12:27
那包括收费软件的话,哪款软件精度好一点,有相关的文献吗?

可以参考这篇测评文献Comprehensive evaluation of ten docking programs on a diverse set of protein–ligand complexes: the  prediction  accuracy  of  sampling  power  and  scoring  power. Phys Chem Chem Phys18(18):12964–12975

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发表于 Post on 2019-5-17 14:19:18 | 显示全部楼层 Show all
caohuiming 发表于 2019-5-17 12:45
可以参考这篇测评文献Comprehensive evaluation of ten docking programs on a diverse set of protein– ...

这是在LEDOCK首页上那篇吧,我以前看过,不过还是很感谢了。
http://www.lephar.com/software.htm

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发表于 Post on 2019-5-17 14:46:51 | 显示全部楼层 Show all
cokoy 发表于 2019-5-17 12:27
那包括收费软件的话,哪款软件精度好一点,有相关的文献吗?

搜索构象上ledock很厉害了,只不过打分函数还有提升空间,对比glide的gscore之类还是有一点差距
我需要一些假日,但我不希望每天都是假日。因为我没有承担痛苦,因为那不是真正的自由。

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发表于 Post on 2019-5-19 11:15:10 | 显示全部楼层 Show all
本帖最后由 azero 于 2019-5-19 11:20 编辑
ene 发表于 2019-5-17 14:46
搜索构象上ledock很厉害了,只不过打分函数还有提升空间,对比glide的gscore之类还是有一点差距

最近才开始用gold,貌似CHEMPLP打分总体略好点?
见到手册推荐这个,但不知道什么时候才选用goldscore,chemscore或ASP

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发表于 Post on 2019-5-20 09:43:09 | 显示全部楼层 Show all
分子对接软件,个人认为最好的是以前的Molgero(MVD)。
我多次试过,取个Complex,将原来的配体取出进行对接,基本上和原来是重叠的,而且操作简单。

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发表于 Post on 2019-9-17 09:18:54 | 显示全部楼层 Show all
stevenabing 发表于 2019-5-20 09:43
分子对接软件,个人认为最好的是以前的Molgero(MVD)。
我多次试过,取个Complex,将原来的配体取出进行 ...

多谢推荐!

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发表于 Post on 2020-2-10 22:13:19 | 显示全部楼层 Show all
请问对于初学者而言,免费对接程序中哪个比较合适呢?autodock似乎在用户群体与知名度上好像更高,而横测表示好像ledock在构象搜索上更胜一筹。另外,已经有那么多在线的服务器了,但与程序相比似乎没啥存在感,为啥呀……

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-2-11 12:03:27 | 显示全部楼层 Show all
tjuptz 发表于 2020-2-10 22:13
请问对于初学者而言,免费对接程序中哪个比较合适呢?autodock似乎在用户群体与知名度上好像更高,而横测表 ...


ledock就挺好,容易上手,速度也不错
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班基础(中级)量子化学培训班分子动力学与GROMACS培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的最佳途径。培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2020-2-11 12:31:39 | 显示全部楼层 Show all
本帖最后由 tjuptz 于 2020-2-11 13:57 编辑
puzhongji 发表于 2020-2-11 12:22
特殊时期,ledock开发者免费提供专业版ledock:
lephar.com/product/ledock.zip
lephar.com/product/lepo ...

谢谢,没想到还有这个。另,这个群搜不到呀

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发表于 Post on 2020-2-11 14:04:27 | 显示全部楼层 Show all
sobereva 发表于 2020-2-11 12:03
ledock就挺好,容易上手,速度也不错

谢谢老师

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