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[文献推荐] 一篇全面测试Autodock、Vina和其它程序对接精度的文章(JCIM,2018)

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发表于 2019-5-17 05:59:04 | 显示全部楼层 |阅读模式
用知名的CASF测试集测试了最主流的对接程序Autodock和后来的Vina,并与其它主流对接程序的精度做了对比,测试和讨论全面充分,文章有普遍意义,值得一看。
Evaluation of AutoDock and AutoDock Vina on the CASF-2013 Benchmark
Thomas Gaillard
J. Chem. Inf. Model. 2018, 58, 1697−1706

Evaluation of AutoDock and AutoDock Vina on the CASF-2013 Benchmark.pdf (1.94 MB, 下载次数: 115)

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发表于 2019-5-17 08:10:53 | 显示全部楼层
谢谢社长的分享!

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发表于 2019-5-17 10:12:50 | 显示全部楼层
2018年度实际D3R竞赛测试下来 vina的表现烂得掉渣...

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发表于 2019-5-17 11:00:22 | 显示全部楼层
里面用到的DS和SYBYL的一推打分函数,实际都是不怎末用的。当然显得vina的能力很强。
比较对接能力(结合pose的RMSD),免费软件里面还是LEdock最强。

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发表于 2019-5-17 12:27:57 | 显示全部楼层
caohuiming 发表于 2019-5-17 11:00
里面用到的DS和SYBYL的一推打分函数,实际都是不怎末用的。当然显得vina的能力很强。
比较对接能力(结合p ...

那包括收费软件的话,哪款软件精度好一点,有相关的文献吗?

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发表于 2019-5-17 12:45:47 | 显示全部楼层
cokoy 发表于 2019-5-17 12:27
那包括收费软件的话,哪款软件精度好一点,有相关的文献吗?

可以参考这篇测评文献Comprehensive evaluation of ten docking programs on a diverse set of protein–ligand complexes: the  prediction  accuracy  of  sampling  power  and  scoring  power. Phys Chem Chem Phys18(18):12964–12975

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发表于 2019-5-17 14:19:18 | 显示全部楼层
caohuiming 发表于 2019-5-17 12:45
可以参考这篇测评文献Comprehensive evaluation of ten docking programs on a diverse set of protein– ...

这是在LEDOCK首页上那篇吧,我以前看过,不过还是很感谢了。
http://www.lephar.com/software.htm

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发表于 2019-5-17 14:46:51 | 显示全部楼层
cokoy 发表于 2019-5-17 12:27
那包括收费软件的话,哪款软件精度好一点,有相关的文献吗?

搜索构象上ledock很厉害了,只不过打分函数还有提升空间,对比glide的gscore之类还是有一点差距

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发表于 2019-5-19 11:15:10 | 显示全部楼层
本帖最后由 azero 于 2019-5-19 11:20 编辑
ene 发表于 2019-5-17 14:46
搜索构象上ledock很厉害了,只不过打分函数还有提升空间,对比glide的gscore之类还是有一点差距

最近才开始用gold,貌似CHEMPLP打分总体略好点?
见到手册推荐这个,但不知道什么时候才选用goldscore,chemscore或ASP

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发表于 2019-5-20 09:43:09 | 显示全部楼层
分子对接软件,个人认为最好的是以前的Molgero(MVD)。
我多次试过,取个Complex,将原来的配体取出进行对接,基本上和原来是重叠的,而且操作简单。
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