计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 10262|回复 Reply: 5
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 求助粗粒化的膜蛋白能量Min的问题

[复制链接 Copy URL]

25

帖子

0

威望

351

eV
积分
376

Level 3 能力者

拜托各位大神看过来……求助问题,我用Martini和insane的脚本做了一个粗粒化的膜蛋白(脂质成分较复杂,已溶剂化),在进行minimization时的结果不太理解……我的mdp文件如图,是教程的文件略改

当我输入grompp -f minimization.mdp -c system-solvated.gro -p system.top -o minimization.tpr
会出现图一的note
当我输入mdrun -deffnm minimization -v
则如图二……

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120196

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2019-5-17 22:38:16 | 只看该作者 Only view this author
盒子里没加抗衡离子?
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

25

帖子

0

威望

351

eV
积分
376

Level 3 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-18 09:58:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-5-17 22:38
盒子里没加抗衡离子?

谢谢老师回复!我在用insane生成膜&盒子时有加入0.15的nacl,之后直接进行的这步min,我看到note说non-zero total charge,但我不是很清楚为什么和怎么加这个抗衡离子呢?

25

帖子

0

威望

351

eV
积分
376

Level 3 能力者

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-18 15:11:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-5-17 22:38
盒子里没加抗衡离子?

老师,我搜到了这个命令行:$gmx/genion -s ions.tpr -o solv_ions.gro -p topol.top -pname NA -np 225 -nname CL 加入了225个NA之后,不会出现那个note了!~但是我还不是很理解为什么会出现这个问题?现在加的na+很明显比cl-多出好多……

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120196

管理员

公社社长

5#
发表于 Post on 2019-5-19 00:24:22 | 只看该作者 Only view this author
路过的一只 发表于 2019-5-18 15:11
老师,我搜到了这个命令行:$gmx/genion -s ions.tpr -o solv_ions.gro -p topol.top -pname NA -np 225  ...

本来蛋白质、磷脂在水环境下就并不都是中性的,整体带净电荷是司空见惯的,不加抗衡离子显然不行。我建议你先把普通力场的蛋白质动力学基本流程搞明白再去做粗粒化的。盒子整体电荷必须通过加抗衡离子使之为0,否则化学意义上说不通,程序计算上也会遇到问题
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

25

帖子

0

威望

351

eV
积分
376

Level 3 能力者

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-19 09:45:53 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-5-19 00:24
本来蛋白质、磷脂在水环境下就并不都是中性的,整体带净电荷是司空见惯的,不加抗衡离子显然不行。我建议 ...

谢谢老师回复!好的老师~

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-18 03:10 , Processed in 0.355539 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list