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[Multiwfn资源与经验] 快速绘制高清LOL-pi等值面图

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发表于 2019-5-19 22:37:42 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 exity 于 2019-5-21 09:18 编辑

更新@2019/5/21
昨天有人问我,用VMD来绘制这种图固然很好很漂亮,但是我之前做图都是用GV做的,为了保证前后的一致性,能不能用GV来画这种图,我摸索了一下,发现GV绘制也很简单,虽然效果不如VMD,但是每个人都有每个人的需求,希望能对大家有用。
这次我绘制的是一个EE2(雌二醇)的结构,前面处理步骤都一模一样,直到VMD文件价里生成LOL.cub文件。
这时用GV打开这个cub文件
右键-results-Surfaces/Contours
把Surface Avaiable里的 Density调节成0.5,然后点击Surface Actions-New surface即可见LOL的等值面图,精心调教一下图形参数,效果也不错,还能自带原子序号和符号,算是为数不多的优点了,笑!
1.png
成品图如下
2.png
END!

======================================================================================

LOL填色图很好用,特别是用于表示含苯环结构中的电子离域性的时候,但是multiwfn绘制该平面填色图的时候有一个缺陷,就是当要考察的共轭环结构(例如:苯环)平面不在xz,xy,yz平面上的时候,不能设置平面的偏移距离(例如设置Z轴偏移1.2bohr,以更好的考察pi电子),例如对于联苯的结构,若优化后两个苯环不在一个平面上,就不能用LOL的填色图来考察某一个苯环上的pi电子结构。
这时,利用强大的Multiwfn软件里的“单独考察pi电子”的能力(见http://sobereva.com/432),就能绘制出3D的LOL等值面图,方便考察电子离域性,效果颇佳。
但是点击起来步骤还挺多的,为了避免出错,特意从卢老师的一个帖子里修改了一个批处理文件,联用VMD,快速绘制LOL高清图,主要的思路也是参卢老师的帖子(http://sobereva.com/447),特意分享给大家,请批评指正。

1. 下载我上传的压缩文件夹,解压缩到桌面,文件夹里包括VMD和Multiwfn两个文件夹
2.把fch文件放入multiwfn文件夹里,假设名为“test.fch

3. 用记事本编辑multiwfn文件夹中的showlol.bat文件,内容如下:

Multiwfn 123.fch < showlol.txt
move /Y *.cub C:\urownpathway\for_LOL_3D\VMD

把其中的“123.fch”更换成你的fch文件名,这里是“test.fch
把其中的“C:\urownpathway\for_LOL_3D\VMD”更换成你自己的路径,例如“C:\Users\blackfish\Desktop\for_LOL_3D\VMD”

保存

4.双击showlol.bat文件,耐心等待multiwfn运行并自行关闭
5.若一切顺利,你能在VMD文件夹里发现一个新增的LOL.cub文件
6.双击打开VMD,在命令行的输入 orb LOL即可


至于怎么输出超高清图片教程,也在此一并说予大家
File-Render-Tachyou-Start Rendering
等输出后点击VMD文件夹的highresolution.bat脚本,即可得到一张4K分辨率的高清图片。

这是我自己做的一个例子的截图,效果还不错,最后感谢大家收看!!!
貌似论坛不能上传大附件,文件夹放百度盘里了,欢迎大家下载

链接: https://pan.baidu.com/s/18jzwF9hKT6upExUks-tANg

提取码: w2y7


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发表于 2019-5-20 02:59:15 | 显示全部楼层
如果想绘制像这种体系的平面上方比如1埃的平面图,可以用下文提到的alignplane脚本先使得某个环平行于XY平面
调节平面分子间距的方法
http://sobereva.com/178

然后算一次单点得到波函数文件。算的时候加上nosymm,并且用guess=read从之前的chk里直接读取初猜,这样跑一轮迭代就能收敛,基本没有耗时。

之后,用得到的波函数文件,绘制平面上方1埃的平面图就直接用http://sobereva.com/432的方法就行了
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 楼主| 发表于 2019-5-20 05:59:18 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-5-20 02:59
如果想绘制像这种体系的平面上方比如1埃的平面图,可以用下文提到的alignplane脚本先使得某个环平行于XY平 ...

谢谢社长提供的新方法
昨天我还实验了另外一种方法,就是用GV读取对应out文件后另存为一个新的gjf,然后复制一个平行苯环,手工调整在大约离要考察的苯环上方1angstorm的地方,然后保存用TXT打开读取新苯环上的三个原子坐标,在multiwfn里用“三个点确定面”的方法,我脑补了很多次,理论上说应该完全可以实现但是都失败了不知为何。

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发表于 2019-5-20 21:49:45 | 显示全部楼层
VMD 里有提供制作高清图的*.bat 吗?

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发表于 2019-5-21 01:56:57 | 显示全部楼层
Aristotler 发表于 2019-5-20 21:49
VMD 里有提供制作高清图的*.bat 吗?

没有

自行写.bat调用Tachyon渲染出的图像的分辨率想要多大就可以设多大,此文1.4节说了
用Multiwfn+VMD做RDG分析时的一些要点和常见问题
http://sobereva.com/291http://bbs.keinsci.com/thread-1206-1-1.html
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 楼主| 发表于 2019-5-21 08:22:33 | 显示全部楼层
Aristotler 发表于 2019-5-20 21:49
VMD 里有提供制作高清图的*.bat 吗?

VMD不自带,我上传的VMD文件夹里包括了一个高清的.bat,名字叫 highresolution.bat

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发表于 2019-5-21 10:16:18 | 显示全部楼层
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发表于 2019-5-21 10:52:29 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-5-21 01:56
没有

自行写.bat调用Tachyon渲染出的图像的分辨率想要多大就可以设多大,此文1.4节说了

好的,老师,谢谢

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发表于 2019-5-21 10:52:40 | 显示全部楼层
exity 发表于 2019-5-21 08:22
VMD不自带,我上传的VMD文件夹里包括了一个高清的.bat,名字叫 highresolution.bat

感谢感谢

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 楼主| 发表于 2019-5-21 15:06:21 | 显示全部楼层

确实吊打!!!
话说你怎么会有我的文件?顺,顺手算了一个嘛

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发表于 2019-5-21 15:22:09 | 显示全部楼层
exity 发表于 2019-5-21 15:06
确实吊打!!!
话说你怎么会有我的文件?顺,顺手算了一个嘛

输入文件是我原来的帖子里的
绘图脚本是我完全自己写的
格点数据是我重算的
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 楼主| 发表于 2019-5-21 15:44:08 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-5-21 15:22
输入文件是我原来的帖子里的
绘图脚本是我完全自己写的
格点数据是我重算的

误会,误会,社长威武!!!
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