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[综合交流] 以前针对lammps和gromacs的选择

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发表于 Post on 2019-5-23 10:59:56 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
今天和另一位初学小白聊天,问及当初为啥选择gromacs作为第一个分子模拟软件,这里突然有些话想说,我们组的情况不同,可能大多数的人都是这样的情况,没有人带,自己一个人做研究,这也应该是正常的 。导师和师姐的方向也不是这个,自己扣扯扣扯半天能有些许进展就非常高兴了,本人学习了快一年的gromacs,之间又被叫去学习lammps。对于这两个软件,目前我的想法就是gromacs更偏向生物,他自带的力场可能更精准些,导入其他力场实为费劲,是我自己才疏学浅没领悟精髓。lammps可能更为适合我的方向力场的选择也方便些 只要参数准确些就行,但是我选择的最重要的一点是 sob老师不做lammps。还有就是这个公社和Q群里的良师益友给我的帮助与鼓励,虽然目前也没啥大进展,但是总觉得像是一个有组织有后盾的感觉,在这里想对那些有同样情景的师弟师妹们说一句,希望你们不在迷茫!欢迎找到组织!
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发表于 Post on 2019-5-23 11:22:05 | 显示全部楼层 Show all
gmx相对于用户,尤其是初学者更友好一些。lammps功能更强一些

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发表于 Post on 2019-5-23 12:14:19 | 显示全部楼层 Show all
gromacs 容易上手

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-23 16:46:01 | 显示全部楼层 Show all
fhh2626 发表于 2019-5-23 11:22
gmx相对于用户,尤其是初学者更友好一些。lammps功能更强一些

对的,感觉官网的例子就很友好了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-23 16:46:30 | 显示全部楼层 Show all

我看科音官网,sob老师有意出版书籍,不知道什么时候会有
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发表于 Post on 2019-5-24 03:39:19 | 显示全部楼层 Show all
“gromacs更偏向生物”这种说法不确切,生物体系只是gmx最擅长的问题类型之一
gmx什么都能模拟,只要有力场。溶液也是gmx非常重要的传统应用领域。现在能被gmx支持的金属、无机力场也开始不断出现,gmx的应用面会越来越宽。像科音的gromacs培训班里也有基于GROMACS纳米体系、金属模拟的例子。到高级班的时候还会给GROMACS研究无机固体的模拟例子。

gmx导入力场一点也不费劲,由于gmx知名度极高,很多力场甚至都有现成的gmx的包,直接把力场文件夹靠到gmx的top目录下就能用。gmx在力场方面格式定义得非常清楚,只要把基本逻辑弄明白,手动改也很容易,自己去添加参数没有什么难度。

到底要研究什么体系什么问题,这是对于选择程序最关键的问题。gmx模拟速度远快于lammps,使用更方便,用户数目是lammps两、三倍甚至更多,因此得到解答也明显更容易。lammps优势是力场形式支持得更丰富一些,但gmx模拟不了而非得lammps才能模拟的问题越来越少,因为采用gmx支持的力场函数形式的力场越来越丰富。

所以,除非要研究的问题非用lammps不可,否则一律建议用gromacs。如果从头学MD,gromacs也是绝对的首选,其它的程序适合作为gmx研究不了的问题的补充。

2019-Sep-25补充:
这是一个关于计算速度对比图,虽然版本比较老,但仍然有可参考性。可见gmx的速度完爆Lammps
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-24 08:18:27 | 显示全部楼层 Show all
sobereva 发表于 2019-5-24 03:39
“gromacs更偏向生物”这种说法不确切,生物体系只是gmx最擅长的问题类型之一。
gmx什么都能模拟,只要有 ...

非常非常非常感谢sob老师这么精心的回答!!!!  我对于gromacs的见解太浅险些带偏了新进的学生,一打开帖子看到这么多的字吓了一跳!不亏是sob,凡事都是认真负责的态度!学生在这里拜谢了!!!!
PS: 您的课程是我这一年最期待的一件事
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发表于 Post on 2019-5-24 20:41:16 | 显示全部楼层 Show all
要学的话 就报名参加吧,绝对很好的~ ;收获会很多~

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-24 21:02:13 | 显示全部楼层 Show all
Scienceme 发表于 2019-5-24 20:41
要学的话 就报名参加吧,绝对很好的~ ;收获会很多~

你这是参加过啦?
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发表于 Post on 2019-5-24 22:59:19 | 显示全部楼层 Show all

建议你去参加卢老师的班~,现场班,卢老师讲得很好, 值的付出这点学费~

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-25 09:07:33 | 显示全部楼层 Show all
Scienceme 发表于 2019-5-24 22:59
建议你去参加卢老师的班~,现场班,卢老师讲得很好, 值的付出这点学费~

好哒好哒!
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发表于 Post on 2019-6-5 15:03:52 | 显示全部楼层 Show all
gromacs类比lammps好比于ios类比安卓。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-6-11 08:06:27 | 显示全部楼层 Show all
sgc006357 发表于 2019-6-5 15:03
gromacs类比lammps好比于ios类比安卓。

你觉得哪个是ios呢?哈哈
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发表于 Post on 2019-6-11 08:15:32 | 显示全部楼层 Show all
少年爱吃地三鲜 发表于 2019-6-11 08:06
你觉得哪个是ios呢?哈哈

明显gromacs是ios啊

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-6-11 08:19:17 | 显示全部楼层 Show all

你这个比喻 社长是绝对不能接受的,他最讨厌的就是苹果了。如果说的是用户使用量的话,也是gromacs更多一些。现在还是用安卓的多
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