计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 8210|回复 Reply: 5
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[新手求助] 过渡态搜索中的频率问题

[复制链接 Copy URL]

114

帖子

0

威望

481

eV
积分
595

Level 4 (黑子)

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
大家好,最近仿照文献计算一个体系(甲基提取正戊铜端部氢原子)的过渡态,采用M062X/6-311G(2df,2p)方法进行过渡态搜素,出现两个多余虚频,分别对应甲基和正戊铜的整体震动,尝试过以下方式:
     1、在b3lyp/6-31g(d,p)优化成功,改用文献方法继续优化
     2、在b3lyp/6-311g(2df,2p)优化成功,改用文献方法继续优化
     3 、m062x/6-311g(d,p)优化成功,再采用文献方法
以上均未能消除虚频(int=ultrafine格点精度)
     最后,采用M062X/6-311(2df,2p)  结合int=superfine ,才成功消除多余虚频,问题如下:
   1:对于m062x泛函,积分格点精度是否必须在整个几何优化和走IRC过程中一致,要是我用int=superfine消除虚频,难道之前int=ultrafine的优化结果都要作废吗?
   2:如何根据体系确定积分格点,比如我觉得不肯上来就用int=superfine,毕竟耗时。
   3:特别地,针对我上面解决的过程,有无建议意见,感谢提出
   谢谢大家!

3097

帖子

29

威望

1万

eV
积分
17221

Level 6 (一方通行)

2#
发表于 Post on 2019-5-24 21:49:05 | 只看该作者 Only view this author
可以用你的路径中ultrafine和superfine都能收敛到正确的过渡态的结构测试一下使用superfine的几何结构计算ultrafine下的单点、然后将superfine的频率计算得出的热力学校正量加上去的做法会造成多大的误差。

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125156

管理员

公社社长

3#
发表于 Post on 2019-5-25 02:52:17 | 只看该作者 Only view this author
6-311G(2df,2p)是很垃圾的基组,大小相近的def2-TZVP比其好得多得多,仔细看
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336http://bbs.keinsci.com/thread-3545-1-1.html

对于优化过渡态目的,根本没必要用6-311G(2df,2p)这个档次的,用def-TZVP或6-311(2d,p)就足够了。

M06-2X一般都用ultrafine,有诸如你这种情况搞不定的时候再试superfine
总的来说对于稍大的体系而且还涉及一批体系的研究不太建议在opt freq IRC这些阶段用M06-2X,否则这类问题比较烦人。用B3LYP-D3(BJ)一般就够了,速度还快很多,对积分格点只需要fine程度就完全够用了。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

114

帖子

0

威望

481

eV
积分
595

Level 4 (黑子)

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-25 09:18:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-5-25 02:52
6-311G(2df,2p)是很垃圾的基组,大小相近的def2-TZVP比其好得多得多,仔细看
谈谈量子化学中基组的选择
h ...

谢谢老师,主要是我后期想采用kisthelp来计算反应速率常数,感觉优化的方法要是精度不够的话,可能热力学校正也不准,不知道我理解有没有错,或者老师有无好的建议?

114

帖子

0

威望

481

eV
积分
595

Level 4 (黑子)

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-25 09:25:36 | 只看该作者 Only view this author
liyuanhe211 发表于 2019-5-24 21:49
可以用你的路径中ultrafine和superfine都能收敛到正确的过渡态的结构测试一下使用superfine的几何结构计算u ...

好的我尝试一下,谢谢李老师

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125156

管理员

公社社长

6#
发表于 Post on 2019-5-25 09:41:23 | 只看该作者 Only view this author
jing-quan63 发表于 2019-5-25 09:18
谢谢老师,主要是我后期想采用kisthelp来计算反应速率常数,感觉优化的方法要是精度不够的话,可能热力学 ...

仔细看
浅谈为什么优化和振动分析不需要用大基组
http://sobereva.com/387http://bbs.keinsci.com/thread-6600-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-25 00:36 , Processed in 0.305303 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list