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[GROMACS] 使用gromacs计算溶剂化自由能时,在经历npt模拟时,体系跑散

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发表于 2019-6-11 10:49:39 | 显示全部楼层 |阅读模式
按照李老师的微博上讲解的步骤进行的,在只有ILs-PI的体系平衡后的.gro里插入一个C02分子,之后进行以下步骤,在进行完NVT之后,NPT会出现体系跑散的情况。

  • 最速下降能量最小化
  • NVT平衡
  • NPT平衡
  • NPT系综的数据收集




NPT.jpg

npt.mdp

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发表于 2019-6-11 12:38:16 | 显示全部楼层
做NVT是多余的。直接做NPT,把控压时间常数改大让盒子变化别那么快就完了

先跑个最正常的NPT模拟,别加不是必需的参数,确保NPT过程正常
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 楼主| 发表于 2019-6-11 17:13:16 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-6-11 12:38
做NVT是多余的。直接做NPT,把控压时间常数改大让盒子变化别那么快就完了

先跑个最正常的NPT模拟,别加 ...


谢谢sob老师 ,之前在跑过npt平衡在使用md算法时过程是正常的,但是改成sd之后就会跑散掉

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 楼主| 发表于 7 天前 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-6-11 12:38
做NVT是多余的。直接做NPT,把控压时间常数改大让盒子变化别那么快就完了

先跑个最正常的NPT模拟,别加 ...

sob老师  在跑最正常的npt时 没有遇到这样的问题  在计算溶剂化自由能的时候 将压力常数修改到了0.2还是会散掉

在计算自由能的时候体系散掉,目前找到的原因是integrator  = sd 在使用 md 时体系没有散掉

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发表于 7 天前 | 显示全部楼层
you837554 发表于 2019-6-12 10:12
sob老师  在跑最正常的npt时 没有遇到这样的问题  在计算溶剂化自由能的时候 将压力常数修改到了0.2还是 ...

我不晓得你用sd有什么意义,这种郎之万动力学如今没什么实际意义
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