使用acpype将GAFF力场文件转化为gromacs文件后怎么include？

哪有这么脆弱 · 发表于 Post on 2021-6-9 23:36:16

sobereva 发表于 2020-2-26 20:22
不是非得include amber力场
给你看个例子，多个离子的水溶液，离子都是acpype搞的，电荷都是Multiwfn算 ...

社长请问用acpype生成的GAFF力场的文件中，错误的还是include了amber力场下的forcefield.itp，那进行模拟的时候，会给分子使用amber力场下的参数，覆盖GAFF力场下的参数嘛，谢谢社长

sobereva · 发表于 Post on 2021-6-15 18:41:03

哪有这么脆弱发表于 2021-6-9 23:36
社长请问用acpype生成的GAFF力场的文件中，错误的还是include了amber力场下的forcefield.itp，那进行模拟 ...

不会冲突
AMBER的原子类型是大写，GAFF的是小写，而且有多个[atomtypes]、[bondtypes]等字段的时候会取并集

哪有这么脆弱 · 发表于 Post on 2021-6-16 16:25:29

谢谢社长

yuman · 发表于 Post on 2023-2-13 18:50:12

让你变成回忆发表于 2019-6-17 15:43
当然，参数都已经齐全了还要include干啥。

如果我要在GAFF力场中include spce.itp，其中是需要指明其所属力场的？但是在top文件夹中找不到以gaff命名的力场文件怎么办

七尺贱 · 发表于 Post on 2023-11-20 15:39:12

本帖最后由七尺贱于 2023-11-21 08:16 编辑

sobereva 发表于 2021-6-15 18:41
不会冲突
AMBER的原子类型是大写，GAFF的是小写，而且有多个[atomtypes]、等字段的时候会取并集

我想请问一下有一篇文章计算的乙二醛这种有机小分子在气液界面的运动，乙二醛用的力场是CHARMM，我在gromacs可以换成AMBER或者GAFF吗

sobereva · 发表于 Post on 2023-11-21 01:46:48

七尺贱发表于 2023-11-20 15:39
我想请问一下有一篇文章计算的乙二醛这种有机小分子在气液界面的运动，乙二醛用的力场是charm22，我在gro ...

除了GAFF都拼错了

既不应当用CHARMM也不应当用AMBER，那都是主要给生物分子用的，就应当用GAFF之类给小分子专门设计的力场

七尺贱 · 发表于 Post on 2023-11-21 08:17:04

sobereva 发表于 2023-11-21 01:46
除了GAFF都拼错了

既不应当用CHARMM也不应当用AMBER，那都是主要给生物分子用的，就应当用GAFF之类给 ...

谢谢社长回复，已经改正过来了

xishaofan · 发表于 Post on 前天 14:36

sobereva 发表于 2020-2-26 20:22
不是非得include amber力场
给你看个例子，多个离子的水溶液，离子都是acpype搞的，电荷都是Multiwfn算 ...

sob老师，我已经用sobtop生成基于gaff力场的小分子top文件。我的体系还需要NA+和水的itp文件，我可以直接使用amber99sb下的水和离子参数吗？请问是与gaff通用的吗。

#include "amber99sb-ildn.ff/forcefield.itp"
#include "amber99sb-ildn.ff/ions.itp"
#include "amber99sb-ildn.ff/spce.itp"

[ system ]
MOL

[ molecules ]
NA+ 20
SOL 791

sobereva · 发表于 Post on 前天 18:00

xishaofan 发表于 2024-11-20 14:36
sob老师，我已经用sobtop生成基于gaff力场的小分子top文件。我的体系还需要NA+和水的itp文件，我可以直接 ...

可以
通用

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[GROMACS] 使用acpype将GAFF力场文件转化为gromacs文件后怎么include？